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yabxxh

木虫 (正式写手)

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[求助] 该选哪个荧光定量PCR仪，ABI的stepone plus 和 Biorad的cfx96，用过的指点一下

最近单位要买一台荧光定量PCR仪，经过排除现在就剩下两个，ABI的stepone plus 和 Biorad的cfx96。因为要做高分辨率溶解曲线（HRM），所以，初步选定cfx96，因为ABI的没有和我们联系说做HRM，我们怀疑stepone plus不能做HRM。但是还有一个问题就是，cfx96的样机（09年07月出厂）和stepone plus的全新机器价格差不多，所以比较纠结，请用过这两台机器的同学指教一下，stepone plus到底能不能做HRM，该如何选择比较好。谢谢

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1楼 2011-05-04 13:20:36

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cguitar

新虫 (初入文坛)

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在相同的光程和光源强度情况下，光敏二极管的灵敏度的确不如PMT和冷CCD，但是整个系统的灵敏度不是单个元件就能决定的。CFX的飞梭检测器贴近PCR板，光程很短，而且每个孔检测光程一直，不仅能达到1拷贝的检测灵敏度，而且能达到1.33倍的分辨率。罗氏480的CCD成像检测设计，仍然保留了桶形畸变和边缘效应的缺陷，需要技术方法来消除这个问题。罗氏采用的是多次反射拉长光程的方法，由于光程拉长，检测距离变大，采用高灵敏度的冷CCD也是没办法的选择，这个系统的检测灵敏度也是标称1拷贝。所以比较单个器件而不看整个系统的设计是没意义的。另外罗氏为了增加灵敏度还采用了高强度的氙灯，寿命短，更换成本高。但是其Block的高均一性确实是开展HRM实验的保障。然而HRM本身是种粗筛的实验方法，很受样本DNA本身的质量影响，所以至今全球都没有一款临床可用的HRM试剂盒。
还需要指出的一点，AB的stepone plus具有很大的迷惑性，不明白为什这么大的公司对用户常常采用欺骗的手段。比如AB的Solid 二代测序系统，标称了那么高的读长、read数，却一直到机器都死掉了，也没达到。而stepone plus只有蓝色LED光源，去标称能做4重定量检测，实在不明白怎么做得出来，而官方至今也无4重荧光定量实验数据加以证明。经过拆解发现，stepone plus，皮带带动的飞梭扫描式的检测器，跟CFX基本结构差不多的，却告诉用户他们是固定的检测器，无运动部件。如果说飞梭检测器设计不佳，那为什么ABI的高端机7900HT也是采用的这种结构呢。stepone plus的block均一性为±0.5℃，官方也说能做HRM，这点我相信。因为就SNP分型来讲，第四类突变就是HRM的鼻祖idaho做起来都难，都要通过改进的方法来区分。HRM的发明人说过，罗氏做得出来的，其他机器也能做出来，其他机器做不出来的，罗氏的也不一定就能做出来。原因就i是HRM是粗筛的方法。