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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » VMD软件能否做到模拟两个分子相互作用？
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wufengjian

木虫 (正式写手)

[求助] VMD软件能否做到模拟两个分子相互作用？

请教高手，用VMD软件能否做到模拟两个分子在不同环境下的相互作用？比如在水环境中，在真空环境中，在油脂环境中等等。能够随意的引入这些变量么？》
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1楼 2011-05-03 15:56:52
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tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-05-04 10:51:29
Firstly, you should know what is VMD.

It is just a program for displaying, animating and analyzing large molecular system using 3-D graphics and built-in scripting.
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2楼2011-05-03 18:18:44
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superdirac

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
wufengjian(金币+10): 谢谢啊。 2011-05-03 22:17:31
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-05-04 10:51:38
引用回帖:
Originally posted by wufengjian at 2011-05-03 15:56:52:
请教高手，用VMD软件能否做到模拟两个分子在不同环境下的相互作用？比如在水环境中，在真空环境中，在油脂环境中等等。能够随意的引入这些变量么？》

vmd 只是用来看的。
　呵呵。不过，你可以用namd来模拟。
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
3楼2011-05-03 21:44:22
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wufengjian

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by superdirac at 2011-05-03 21:44:22:
vmd 只是用来看的。
　呵呵。不过，你可以用namd来模拟。

多谢楼上两位，不过看到的文献里面确实是VMD。我回头再看看。
用namd来模拟？我先查查，不懂再来问。
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4楼2011-05-03 22:19:51
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superdirac

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-05-04 10:51:48
引用回帖:
Originally posted by wufengjian at 2011-05-03 22:19:51:
多谢楼上两位，不过看到的文献里面确实是VMD。我回头再看看。
用namd来模拟？我先查查，不懂再来问。

呵呵。
  那可能是 interactive MD.  但问题的本质是在vmd里调用namd来做计算的。呵呵。
imd的具体教程。呵呵。
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/imd/tutorial/
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
5楼2011-05-04 08:52:32
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wufengjian

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by superdirac at 2011-05-04 08:52:32:
呵呵。
  那可能是 interactive MD.  但问题的本质是在vmd里调用namd来做计算的。呵呵。
imd的具体教程。呵呵。
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/imd/tutorial/

多谢superdirac，我先看一下，不懂再来请教。
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6楼2011-05-04 09:26:59
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