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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化新手直通车 » 紧急求助，大家能不能帮忙提供个计算的思路
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happy111839

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yongma2008 at 2011-04-21 00:06:19:
在进攻的坐标方向取点，算单点能，找到最高能量，做过渡态优化，计算频率，说的很简单，做起来会比较麻烦一些

问题是我第一步的离子对的中间体找不到啊
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11楼2011-04-21 07:27:38
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xjw040

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

happy111839(金币+2): 2011-04-21 12:01:56
happy111839(金币+2): 2011-06-30 22:25:28
我认为从分子力学角度来讲，这个离子对中间体主要是靠分子间静电相互作用（当然范德华力也起到一定贡献），而静电相互作用不具有氢键那样的饱和性和方向性(http://baike.baidu.com/view/904.htm#sub904)，所以两个离子的“键合”方式应该不是确定的。
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12楼2011-04-21 09:22:27
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奔鲨

铁虫 (著名写手)
用的什么方法？
可以先考虑B3LYP/6-31+dp
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to realize something, never complain too much about the effort, you have no right to say you don't like.
13楼2011-04-22 16:15:19
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happy111839

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xjw040 at 2011-04-21 09:22:27:
我认为从分子力学角度来讲，这个离子对中间体主要是靠分子间静电相互作用（当然范德华力也起到一定贡献），而静电相互作用不具有氢键那样的饱和性和方向性([url]http://baike.baidu.com/view/904.htm#sub904)[/ur ...

能不能讲的详细一点啊，我还是不太明白，关键我还是优化不出这两个结构
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14楼2011-05-31 21:15:37
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XYLF

金虫 (小有名气)
话说和我遇到的问题一样！都是模拟Sn反应找不到合适的过渡态！
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15楼2011-06-01 00:00:21
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happy111839

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by XYLF at 2011-06-01 00:00:21:
话说和我遇到的问题一样！都是模拟Sn反应找不到合适的过渡态！

请问一下，你是怎么解决的呢
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16楼2011-06-07 14:01:23
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XYLF

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

happy111839(金币+2): 2011-06-30 22:25:40
引用回帖:
Originally posted by happy111839 at 2011-06-07 14:01:23:
请问一下，你是怎么解决的呢

之前是用scan做硬性扫描，但是后来想想觉得不合理~如果把初试构型和最终构型做TS的话应该好点，如果手动找IRC就不知道了~我还没做过~看你那个四个过程，蛮复杂的~做到最后就不知道是否合理了！PS：不知道你是什么学术级别的~我就以本科生，对此了解不是很多，提出只做参考方向！
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17楼2011-06-08 14:36:39
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happy111839

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by XYLF at 2011-06-08 14:36:39:
之前是用scan做硬性扫描，但是后来想想觉得不合理~如果把初试构型和最终构型做TS的话应该好点，如果手动找IRC就不知道了~我还没做过~看你那个四个过程，蛮复杂的~做到最后就不知道是否合理了！PS：不知道你是什 ...

呵呵，我是研究生，也是什么也不懂，我扫了一下第一步反应没得到我想要的结构
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18楼2011-06-09 17:04:25
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tty

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

happy111839(金币+5): 2011-06-11 09:56:18
happy111839(金币+2): 2011-06-30 22:26:02
高斯是不能区分你所谓的离子对的。因为为你把两个离子放在一起优化，总的电荷就是0，计算中所有的电子就分布在整个的两个离子中，至于每个部分带多少电荷，只能从计算结果的布局数中把每部分的原子电荷相加才能知道，计算结果可能和你要的偏差很远。而且这种计算会有轨道重叠效应。我个人认为，如果这两个离子在溶液中是自由分布的，二者间没什么相互作用，没有必要这么优化。如果这两个离子是配对的，那就很可能二者间有氢键相连，你就要具体分析一下，你的阳离子上的哪个H最可能和酸根中的氧形成氢键，这样你就能有一个二者配对的大概结构，也就有了一个比较合理的初始优化结构了。
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19楼2011-06-10 16:38:25
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happy111839

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by tty at 2011-06-10 16:38:25:
高斯是不能区分你所谓的离子对的。因为为你把两个离子放在一起优化，总的电荷就是0，计算中所有的电子就分布在整个的两个离子中，至于每个部分带多少电荷，只能从计算结果的布局数中把每部分的原子电荷相加才能知 ...

非常感谢，我也试过让N上的氢跟阴离子中的氧成氢键，没成功，可能是我基础不行，调的结构不好吧
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20楼2011-06-11 09:59:21
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