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zyj8119

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-21 17:13:51
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Originally posted by zyj8119 at 2011-04-21 14:17:38:
做烷烃,必须选择CBMC,构型偏移蒙特卡罗模拟。。。

configuration bias monte carlo simulation..
好好学习,天天向上。
11楼2011-04-21 14:18:12
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hukd

银虫 (小有名气)

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Originally posted by ghcacj at 2011-04-21 09:51:03:
既然是较大的烷烃,接受概率低也算正常,那么取样的方法你选择的不会还是Metropolis吧。

那到没有,用的是CBMC
路漫漫其修远兮,吾将上下而求索
12楼2011-04-21 18:42:32
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hukd

银虫 (小有名气)

对同一分子在同一温度下的吸附,如果1000kpa用500万时,前面的点是不是也应该用500万步?  我试了一下发现,前面的点用500万的话,出来的结果没有100万或50万步的结果好啊,怎么办啊? 能不能前面的用小一点的步数,后面高压的用高步数?
路漫漫其修远兮,吾将上下而求索
13楼2011-04-21 18:47:45
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+5): 谢谢 2011-04-22 08:57:21
hukd(金币+5): 谢谢 2011-04-22 09:21:35
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Originally posted by hukd at 2011-04-21 18:47:45:
对同一分子在同一温度下的吸附,如果1000kpa用500万时,前面的点是不是也应该用500万步?  我试了一下发现,前面的点用500万的话,出来的结果没有100万或50万步的结果好啊,怎么办啊? 能不能前面的用小一点的步数 ...

什么叫结果好?理论上说500万的结果肯定比50万的好,50万步循环结果可能是并未真正平衡,可以这么说吧,我看到现在做这种体系的,都选择parellel temping算法,可以有效提高接受概率,同时,对于你的体系,可能Sorption将吸附质考虑为刚性分子本身就是不合适的。
14楼2011-04-21 19:00:12
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hukd

银虫 (小有名气)

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Originally posted by ghcacj at 2011-04-21 19:00:12:
什么叫结果好?理论上说500万的结果肯定比50万的好,50万步循环结果可能是并未真正平衡,可以这么说吧,我看到现在做这种体系的,都选择parellel temping算法,可以有效提高接受概率,同时,对于你的体系,可能 ...

我说的好结果是指能和人家模拟的和实验值对的上,有些文献上写的是用了1.5*10^5步平衡的。请问一下 parellel temping sorption里面有吗?我怎么没见过。
路漫漫其修远兮,吾将上下而求索
15楼2011-04-22 09:21:09
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ghcacj

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阿超

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【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-04-22 16:25:46
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Originally posted by hukd at 2011-04-22 09:21:09:
我说的好结果是指能和人家模拟的和实验值对的上,有些文献上写的是用了1.5*10^5步平衡的。请问一下 parellel temping sorption里面有吗?我怎么没见过。

Sorption里肯定没有,这个技术我也是最近的文献里才看到,Sorption很多年没有更新了所以没有,1.5*10^5少了些,尝试提高到50W-100W试试看。
16楼2011-04-22 09:43:10
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hukd

银虫 (小有名气)

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Originally posted by ghcacj at 2011-04-22 09:43:10:
Sorption里肯定没有,这个技术我也是最近的文献里才看到,Sorption很多年没有更新了所以没有,1.5*10^5少了些,尝试提高到50W-100W试试看。

好的,我做cyclopentane在MFI 吸附,300k, 1000kpa时都用了1500万步步平衡啊,郁闷。
路漫漫其修远兮,吾将上下而求索
17楼2011-04-22 17:34:56
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zyj8119

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-22 22:33:20
hukd(金币+3): 2011-04-24 19:25:15
引用回帖:
Originally posted by hukd at 2011-04-22 09:21:09:
我说的好结果是指能和人家模拟的和实验值对的上,有些文献上写的是用了1.5*10^5步平衡的。请问一下 parellel temping sorption里面有吗?我怎么没见过。

这就是商业软件的更新缓慢性,做科研还是要源码开放的才行。。。
好好学习,天天向上。
18楼2011-04-22 21:26:50
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ghcacj

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阿超

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+5): 谢谢 2011-04-23 21:29:53
hukd(金币+4): 2011-04-24 19:25:09
可以这么说,Sorption应对的体系不是很广,对于你做的这类大分子吸附,Sorption有点搞不定。你可以尝试对Sorption中的MC trials设置进行调整,如果设置得当,可以在较少的步数里达到平衡。
此外,不知道你的吸附质是不是采用了united-atom,如果使用all-atom模型,计算量会很大,更加难以平衡。

[ Last edited by ghcacj on 2011-4-23 at 21:19 ]
19楼2011-04-23 21:18:14
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hukd

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2011-04-23 21:18:14:
可以这么说,Sorption应对的体系不是很广,对于你做的这类大分子吸附,Sorption有点搞不定。你可以尝试对Sorption中的MC trials设置进行调整,如果设置得当,可以在较少的步数里达到平衡。
此外,不知道你的吸附 ...

我用的是pcff 力场,你说的united-atom 我不知道是什么,在文献上看到过,但不知道怎么看,怎么设置,能讲讲吗? 谢谢
路漫漫其修远兮,吾将上下而求索
20楼2011-04-24 19:24:50
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