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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 急！！！Sorption 做吸附后在输出文件中出现C/D Ratio=0/0。
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zyj8119

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-21 17:13:51
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Originally posted by zyj8119 at 2011-04-21 14:17:38:
做烷烃,必须选择CBMC,构型偏移蒙特卡罗模拟。。。

configuration bias monte carlo simulation..
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好好学习，天天向上。
11楼2011-04-21 14:18:12
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hukd

银虫 (小有名气)
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Originally posted by ghcacj at 2011-04-21 09:51:03:
既然是较大的烷烃，接受概率低也算正常，那么取样的方法你选择的不会还是Metropolis吧。

那到没有，用的是CBMC
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路漫漫其修远兮，吾将上下而求索
12楼2011-04-21 18:42:32
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hukd

银虫 (小有名气)
对同一分子在同一温度下的吸附，如果1000kpa用500万时，前面的点是不是也应该用500万步？  我试了一下发现，前面的点用500万的话，出来的结果没有100万或50万步的结果好啊，怎么办啊？ 能不能前面的用小一点的步数，后面高压的用高步数？
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路漫漫其修远兮，吾将上下而求索
13楼2011-04-21 18:47:45
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+5): 谢谢 2011-04-22 08:57:21
hukd(金币+5): 谢谢 2011-04-22 09:21:35
引用回帖:
Originally posted by hukd at 2011-04-21 18:47:45:
对同一分子在同一温度下的吸附，如果1000kpa用500万时，前面的点是不是也应该用500万步？  我试了一下发现，前面的点用500万的话，出来的结果没有100万或50万步的结果好啊，怎么办啊？ 能不能前面的用小一点的步数 ...

什么叫结果好？理论上说500万的结果肯定比50万的好，50万步循环结果可能是并未真正平衡，可以这么说吧，我看到现在做这种体系的，都选择parellel temping算法，可以有效提高接受概率，同时，对于你的体系，可能Sorption将吸附质考虑为刚性分子本身就是不合适的。
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14楼2011-04-21 19:00:12
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hukd

银虫 (小有名气)
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Originally posted by ghcacj at 2011-04-21 19:00:12:
什么叫结果好？理论上说500万的结果肯定比50万的好，50万步循环结果可能是并未真正平衡，可以这么说吧，我看到现在做这种体系的，都选择parellel temping算法，可以有效提高接受概率，同时，对于你的体系，可能 ...

我说的好结果是指能和人家模拟的和实验值对的上，有些文献上写的是用了1.5*10^5步平衡的。请问一下 parellel temping sorption里面有吗？我怎么没见过。
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路漫漫其修远兮，吾将上下而求索
15楼2011-04-22 09:21:09
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ghcacj

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阿超

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【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-04-22 16:25:46
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Originally posted by hukd at 2011-04-22 09:21:09:
我说的好结果是指能和人家模拟的和实验值对的上，有些文献上写的是用了1.5*10^5步平衡的。请问一下 parellel temping sorption里面有吗？我怎么没见过。

Sorption里肯定没有，这个技术我也是最近的文献里才看到，Sorption很多年没有更新了所以没有，1.5*10^5少了些，尝试提高到50W-100W试试看。
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16楼2011-04-22 09:43:10
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hukd

银虫 (小有名气)
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Originally posted by ghcacj at 2011-04-22 09:43:10:
Sorption里肯定没有，这个技术我也是最近的文献里才看到，Sorption很多年没有更新了所以没有，1.5*10^5少了些，尝试提高到50W-100W试试看。

好的，我做cyclopentane在MFI 吸附，300k, 1000kpa时都用了1500万步步平衡啊，郁闷。
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17楼2011-04-22 17:34:56
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zyj8119

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-22 22:33:20
hukd(金币+3): 2011-04-24 19:25:15
引用回帖:
Originally posted by hukd at 2011-04-22 09:21:09:
我说的好结果是指能和人家模拟的和实验值对的上，有些文献上写的是用了1.5*10^5步平衡的。请问一下 parellel temping sorption里面有吗？我怎么没见过。

这就是商业软件的更新缓慢性，做科研还是要源码开放的才行。。。
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好好学习，天天向上。
18楼2011-04-22 21:26:50
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ghcacj

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阿超

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+5): 谢谢 2011-04-23 21:29:53
hukd(金币+4): 2011-04-24 19:25:09
可以这么说，Sorption应对的体系不是很广，对于你做的这类大分子吸附，Sorption有点搞不定。你可以尝试对Sorption中的MC trials设置进行调整，如果设置得当，可以在较少的步数里达到平衡。
此外，不知道你的吸附质是不是采用了united-atom，如果使用all-atom模型，计算量会很大，更加难以平衡。

[ Last edited by ghcacj on 2011-4-23 at 21:19 ]
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19楼2011-04-23 21:18:14
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hukd

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2011-04-23 21:18:14:
可以这么说，Sorption应对的体系不是很广，对于你做的这类大分子吸附，Sorption有点搞不定。你可以尝试对Sorption中的MC trials设置进行调整，如果设置得当，可以在较少的步数里达到平衡。
此外，不知道你的吸附 ...

我用的是pcff 力场，你说的united-atom 我不知道是什么，在文献上看到过，但不知道怎么看，怎么设置，能讲讲吗？ 谢谢
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20楼2011-04-24 19:24:50
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