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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 请教NaA分子筛骨架结构的搭建？
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061302102

银虫 (小有名气)

[求助] 请教NaA分子筛骨架结构的搭建？

最近做到模型的构建，想知道NaA分子筛骨架结构的构建，MS中并没有现成的结构，资料也不多，希望各位高手能指点指点
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1楼 2011-04-19 16:29:30
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-19 19:30:25
MS中有LTA骨架，导入后，根据硅铝比将其中部分Si原子修改为Al，之后往骨架中放入若干Na离子，要么选择文献中的Na离子坐标，或者采用MD方法将Na离子在骨架内跑到最合适的位置。
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2楼2011-04-19 16:55:31
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061302102

银虫 (小有名气)
非常感谢 文献中的Na离子坐标？ 一般的文献中就直接告诉可已添加进去的Na离子的吸附位，
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3楼2011-04-19 22:08:11
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061302102

银虫 (小有名气)
MS中导出的LTA结构已经是一定硅铝比的分子筛了，还需要再修改其他的硅么
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4楼2011-04-19 22:11:57
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零度不结冰

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2011-04-19 16:55:31:
MS中有LTA骨架，导入后，根据硅铝比将其中部分Si原子修改为Al，之后往骨架中放入若干Na离子，要么选择文献中的Na离子坐标，或者采用MD方法将Na离子在骨架内跑到最合适的位置。

请问采用MD方法优化Na离子位置时，骨架原子的电荷是如何计算？采用Qeq方法还是forcefield asigned合适呢？计算中采用力场设置电荷，手动赋予Na离子电荷，会出现不能计算的情况。
还有，用MD方法优化其位置时，采用forcite的G.O，但是Na离子位置并没有得到合适的优化。
您能不能具体讲一下优化的前电荷的处理，以及优化的步骤。
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我的态度决定我的高度。
5楼2011-07-22 16:36:53
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ghcacj

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阿超

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-08-03 21:43:30
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-08-04 20:35:32
061302102(金币+8): 2011-08-05 22:28:59
分子筛的电荷一般文献中都有，按照文献来设置就可以了，包括Si O Al和Na，你出错的原因可能是设置不对，比如某些原子未设置电荷导致总电荷不为0.一般推荐手动设置。用MD优化Na原子的位置，肯定不能用Forcite的GO，那是分子力学的优化，应该用Dynamic吧
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6楼2011-07-23 09:29:10
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061302102

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ghcacj at 2011-04-19 16:55:31:
MS中有LTA骨架，导入后，根据硅铝比将其中部分Si原子修改为Al，之后往骨架中放入若干Na离子，要么选择文献中的Na离子坐标，或者采用MD方法将Na离子在骨架内跑到最合适的位置。

通过何种手段可以将Na离子添加进入分子筛骨架中？
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7楼2011-08-02 14:37:18
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ghcacj

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阿超

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★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-08-03 21:43:58
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-08-04 20:35:41
引用回帖:
7楼: Originally posted by 061302102 at 2011-08-02 14:37:18:
通过何种手段可以将Na离子添加进入分子筛骨架中？

通过NVTMC方法将Na+加入结构中。
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8楼2011-08-03 09:28:47
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061302102

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by ghcacj at 2011-08-03 09:28:47:
通过NVTMC方法将Na+加入结构中。

请教一下版主，我在用MC方法进行吸附计算的时候，各项参数中并没有一项是选择何种系综，那我如何确定我计算所使用的是哪种系综？
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9楼2011-08-04 09:46:59
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