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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】单机上优化截断能，K点，sigma值出现错误
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kuangfg1987

至尊木虫 (职业作家)

[交流] 【求助】单机上优化截断能，K点，sigma值出现错误

我在单机上优化截断能，K点，sigma值时总是出现下面的错误，下面以一个优化sigma值为例子，请大家帮忙分析下
文件INCAR：
SYATEM =Al-fcc
ENCUT=250
ISTART=0;ICHARG=2
ISMEAR=0;SIGMA=0.30
PREC=Accurate
KPOINTS：
Automatic generation
0
Monkhorst-Pack
9 9 9
0.0 0.0 0.0
POSCAR：
Al-fcc                                   
5.430
    0.0    0.5    0.5
    0.5    0.0    0.5
    0.5    0.5    0.0
2   
Direct
    0.0    0.0    0.0
    0.25   0.25   0.25
runsm文件：
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 0.10 0.12 0.14 0.16 0.18 0.20 0.22 0.24 0.26 0.28 0.30
do
cat >INCAR< SYATEM =Al-fcc
ENCUT=250
ISTART=0;ICHARG=2
ISMEAR=0;SIGMA=$i
PREC=Accurate
!
echo "SIGMA=$i eV"; time vasp
TS=`grep "EENTRO" OUTCAR |tail-1| awk '{printf "%12.6f\n",$5}'`
echo $i $TS >>comment_sigma
done
用命令./runsm >& log命令运行后，在log文件出现：
SIGMA=0.10 eV
time: cannot run vasp: No such file or directory
Command exited with non-zero status 127
0.00user 0.00system 0:00.00elapsed ?%CPU (0avgtext+0avgdata 0maxresident)k
0inputs+0outputs (0major+70minor)pagefaults 0swaps
./runsm: 15: tail-1: not found
SIGMA=0.12 eV
time: cannot run vasp: No such file or directory
Command exited with non-zero status 127
0.00user 0.00system 0:00.00elapsed ?%CPU (0avgtext+0avgdata 0maxresident)k
0inputs+0outputs (0major+70minor)pagefaults 0swaps
./runsm: 15: tail-1: not found
SIGMA=0.14 eV
time: cannot run vasp: No such file or directory
Command exited with non-zero status 127
0.00user 0.00system 0:00.00elapsed ?%CPU (0avgtext+0avgdata 0maxresident)k
0inputs+0outputs (0major+70minor)pagefaults 0swaps
./runsm: 15: tail-1: not found
SIGMA=0.16 eV
time: cannot run vasp: No such file or directory
Command exited with non-zero status 127
0.00user 0.00system 0:00.00elapsed ?%CPU (0avgtext+0avgdata 0maxresident)k
0inputs+0outputs (0major+70minor)pagefaults 0swaps
./runsm: 15: tail-1: not found
SIGMA=0.18 eV
time: cannot run vasp: No such file or directory
Command exited with non-zero status 127
0.00user 0.00system 0:00.00elapsed ?%CPU (0avgtext+0avgdata 0maxresident)k
0inputs+0outputs (0major+70minor)pagefaults 0swaps
./runsm: 15: tail-1: not found
SIGMA=0.20 eV
time: cannot run vasp: No such file or directory
Command exited with non-zero status 127
0.00user 0.00system 0:00.00elapsed ?%CPU (0avgtext+0avgdata 0maxresident)k
0inputs+0outputs (0major+70minor)pagefaults 0swaps
./runsm: 15: tail-1: not found
SIGMA=0.22 eV
time: cannot run vasp: No such file or directory
Command exited with non-zero status 127
0.00user 0.00system 0:00.00elapsed ?%CPU (0avgtext+0avgdata 0maxresident)k
0inputs+0outputs (0major+70minor)pagefaults 0swaps
./runsm: 15: tail-1: not found
SIGMA=0.24 eV
time: cannot run vasp: No such file or directory
Command exited with non-zero status 127
0.00user 0.00system 0:00.00elapsed ?%CPU (0avgtext+0avgdata 0maxresident)k
0inputs+0outputs (0major+70minor)pagefaults 0swaps
./runsm: 15: tail-1: not found
SIGMA=0.26 eV
time: cannot run vasp: No such file or directory
Command exited with non-zero status 127
0.00user 0.00system 0:00.00elapsed ?%CPU (0avgtext+0avgdata 0maxresident)k
0inputs+0outputs (0major+70minor)pagefaults 0swaps
./runsm: 15: tail-1: not found
SIGMA=0.28 eV
time: cannot run vasp: No such file or directory
Command exited with non-zero status 127
0.00user 0.00system 0:00.00elapsed ?%CPU (0avgtext+0avgdata 0maxresident)k
0inputs+0outputs (0major+70minor)pagefaults 0swaps
./runsm: 15: tail-1: not found
SIGMA=0.30 eV
time: cannot run vasp: No such file or directory
Command exited with non-zero status 127
0.00user 0.00system 0:00.00elapsed ?%CPU (0avgtext+0avgdata 0maxresident)k
0inputs+0outputs (0major+70minor)pagefaults 0swaps
./runsm: 15: tail-1: not fou
在comment_sigma文件里面出现
0.10
0.12
0.14
0.16
0.18
0.20
0.22
0.24
0.26
0.28
0.30
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1楼 2011-04-15 08:16:51
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haowenping

木虫 (著名写手)
★ ★
zzy870720z(金币+2): 谢谢详细指点 2011-04-15 10:05:46
引用回帖:
Originally posted by kuangfg1987 at 2011-04-15 09:53:43:
能不能教我把它装上？

我发个安装过程给你吧，就是mpi的安装过程，你试试：
MPI安装
1.解压。
2.进入安装包
3. ./configure --prefix=/opt/mpi2/ FC=ifort F90=ifort !安装目录可改，就设置环境变量时注意一致就行。
4. make
5.make install.
6。设置环境变量：在~/.bashrc后面加入
export PATH=/opt/mpi2/bin/:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/mpi2/lib/:$LD_LIBRARY_PATH

ulimit -s unlimited
7。source ~/.bashrc
8。敲mpd & 测试
9。可能会不行，要修改 /etc/mpd.conf,
    a.在中写入MPD_SECRETWORD=123456
    b.touch /etc/mpd.conf
    c.chmod 600 /etc/mpd.conf
10.再试，mpd & ;一般都会OK了。
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2011-04-15 10:02:20
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查看全部 17 个回答

snail594

金虫 (小有名气)
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢提示 2011-04-15 09:05:31
kuangfg1987(金币+2): 2011-04-15 21:32:07
vasp没有计算，把执行路径export
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-04-15 08:48:24
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haowenping

木虫 (著名写手)
★
youzhizhe(金币+1): 谢谢提示。 2011-04-15 22:09:12
引用回帖:
Originally posted by kuangfg1987 at 2011-04-15 08:16:51:
我在单机上优化截断能，K点，sigma值时总是出现下面的错误，下面以一个优化sigma值为例子，请大家帮忙分析下
文件INCAR：
SYATEM =Al-fcc
ENCUT=250
ISTART=0;ICHARG=2
ISMEAR=0;SIGMA=0.30
PREC=Accurate
...

你先输入一下 mpd &在运行你的脚本看看！
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-04-15 09:19:23
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kuangfg1987

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by haowenping at 2011-04-15 09:19:23:
你先输入一下 mpd &在运行你的脚本看看！

输入后显示  程序“mpd”尚未安装。  您可以使用以下命令安装：
sudo apt-get install mpd
bash: mpd：找不到命令
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5楼2011-04-15 09:34:54
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RuaLl2楼
2011-04-15 08:19   回复  
youzhizhe: 以后不允许纯表情回复了。可查看置顶【特别通知】。 2011-04-15 22:08:48
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