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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】单机上优化截断能，K点，sigma值出现错误
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kuangfg1987

至尊木虫 (职业作家)

[交流] 【求助】单机上优化截断能，K点，sigma值出现错误

我在单机上优化截断能，K点，sigma值时总是出现下面的错误，下面以一个优化sigma值为例子，请大家帮忙分析下
文件INCAR：
SYATEM =Al-fcc
ENCUT=250
ISTART=0;ICHARG=2
ISMEAR=0;SIGMA=0.30
PREC=Accurate
KPOINTS：
Automatic generation
0
Monkhorst-Pack
9 9 9
0.0 0.0 0.0
POSCAR：
Al-fcc                                   
5.430
    0.0    0.5    0.5
    0.5    0.0    0.5
    0.5    0.5    0.0
2   
Direct
    0.0    0.0    0.0
    0.25   0.25   0.25
runsm文件：
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 0.10 0.12 0.14 0.16 0.18 0.20 0.22 0.24 0.26 0.28 0.30
do
cat >INCAR< SYATEM =Al-fcc
ENCUT=250
ISTART=0;ICHARG=2
ISMEAR=0;SIGMA=$i
PREC=Accurate
!
echo "SIGMA=$i eV"; time vasp
TS=`grep "EENTRO" OUTCAR |tail-1| awk '{printf "%12.6f\n",$5}'`
echo $i $TS >>comment_sigma
done
用命令./runsm >& log命令运行后，在log文件出现：
SIGMA=0.10 eV
time: cannot run vasp: No such file or directory
Command exited with non-zero status 127
0.00user 0.00system 0:00.00elapsed ?%CPU (0avgtext+0avgdata 0maxresident)k
0inputs+0outputs (0major+70minor)pagefaults 0swaps
./runsm: 15: tail-1: not found
SIGMA=0.12 eV
time: cannot run vasp: No such file or directory
Command exited with non-zero status 127
0.00user 0.00system 0:00.00elapsed ?%CPU (0avgtext+0avgdata 0maxresident)k
0inputs+0outputs (0major+70minor)pagefaults 0swaps
./runsm: 15: tail-1: not found
SIGMA=0.14 eV
time: cannot run vasp: No such file or directory
Command exited with non-zero status 127
0.00user 0.00system 0:00.00elapsed ?%CPU (0avgtext+0avgdata 0maxresident)k
0inputs+0outputs (0major+70minor)pagefaults 0swaps
./runsm: 15: tail-1: not found
SIGMA=0.16 eV
time: cannot run vasp: No such file or directory
Command exited with non-zero status 127
0.00user 0.00system 0:00.00elapsed ?%CPU (0avgtext+0avgdata 0maxresident)k
0inputs+0outputs (0major+70minor)pagefaults 0swaps
./runsm: 15: tail-1: not found
SIGMA=0.18 eV
time: cannot run vasp: No such file or directory
Command exited with non-zero status 127
0.00user 0.00system 0:00.00elapsed ?%CPU (0avgtext+0avgdata 0maxresident)k
0inputs+0outputs (0major+70minor)pagefaults 0swaps
./runsm: 15: tail-1: not found
SIGMA=0.20 eV
time: cannot run vasp: No such file or directory
Command exited with non-zero status 127
0.00user 0.00system 0:00.00elapsed ?%CPU (0avgtext+0avgdata 0maxresident)k
0inputs+0outputs (0major+70minor)pagefaults 0swaps
./runsm: 15: tail-1: not found
SIGMA=0.22 eV
time: cannot run vasp: No such file or directory
Command exited with non-zero status 127
0.00user 0.00system 0:00.00elapsed ?%CPU (0avgtext+0avgdata 0maxresident)k
0inputs+0outputs (0major+70minor)pagefaults 0swaps
./runsm: 15: tail-1: not found
SIGMA=0.24 eV
time: cannot run vasp: No such file or directory
Command exited with non-zero status 127
0.00user 0.00system 0:00.00elapsed ?%CPU (0avgtext+0avgdata 0maxresident)k
0inputs+0outputs (0major+70minor)pagefaults 0swaps
./runsm: 15: tail-1: not found
SIGMA=0.26 eV
time: cannot run vasp: No such file or directory
Command exited with non-zero status 127
0.00user 0.00system 0:00.00elapsed ?%CPU (0avgtext+0avgdata 0maxresident)k
0inputs+0outputs (0major+70minor)pagefaults 0swaps
./runsm: 15: tail-1: not found
SIGMA=0.28 eV
time: cannot run vasp: No such file or directory
Command exited with non-zero status 127
0.00user 0.00system 0:00.00elapsed ?%CPU (0avgtext+0avgdata 0maxresident)k
0inputs+0outputs (0major+70minor)pagefaults 0swaps
./runsm: 15: tail-1: not found
SIGMA=0.30 eV
time: cannot run vasp: No such file or directory
Command exited with non-zero status 127
0.00user 0.00system 0:00.00elapsed ?%CPU (0avgtext+0avgdata 0maxresident)k
0inputs+0outputs (0major+70minor)pagefaults 0swaps
./runsm: 15: tail-1: not fou
在comment_sigma文件里面出现
0.10
0.12
0.14
0.16
0.18
0.20
0.22
0.24
0.26
0.28
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1楼 2011-04-15 08:16:51
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snail594

金虫 (小有名气)
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢提示 2011-04-15 09:05:31
kuangfg1987(金币+2): 2011-04-15 21:32:07
vasp没有计算，把执行路径export
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3楼2011-04-15 08:48:24
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haowenping

木虫 (著名写手)
★
youzhizhe(金币+1): 谢谢提示。 2011-04-15 22:09:12
引用回帖:
Originally posted by kuangfg1987 at 2011-04-15 08:16:51:
我在单机上优化截断能，K点，sigma值时总是出现下面的错误，下面以一个优化sigma值为例子，请大家帮忙分析下
文件INCAR：
SYATEM =Al-fcc
ENCUT=250
ISTART=0;ICHARG=2
ISMEAR=0;SIGMA=0.30
PREC=Accurate
...

你先输入一下 mpd &在运行你的脚本看看！
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4楼2011-04-15 09:19:23
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kuangfg1987

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by haowenping at 2011-04-15 09:19:23:
你先输入一下 mpd &在运行你的脚本看看！

输入后显示  程序“mpd”尚未安装。  您可以使用以下命令安装：
sudo apt-get install mpd
bash: mpd：找不到命令
赞一下 回复此楼
5楼2011-04-15 09:34:54
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kuangfg1987

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by snail594 at 2011-04-15 08:48:24:
vasp没有计算，把执行路径export

能不能说清楚一些
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6楼2011-04-15 09:35:50
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haowenping

木虫 (著名写手)
★
kuangfg1987(金币+10): 谢谢的帮助，可惜还是没有好 2011-04-15 21:31:06
youzhizhe(金币+1): 谢谢提示。 2011-04-15 22:09:29
引用回帖:
Originally posted by kuangfg1987 at 2011-04-15 09:34:54:
输入后显示  程序“mpd”尚未安装。  您可以使用以下命令安装：
sudo apt-get install mpd
bash: mpd：找不到命令

你在安装vasp的时候，mpd并没有装上！
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7楼2011-04-15 09:49:23
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kuangfg1987

至尊木虫 (职业作家)
能不能教我把它装上？
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8楼2011-04-15 09:53:23
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kuangfg1987

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by haowenping at 2011-04-15 09:49:23:
你在安装vasp的时候，mpd并没有装上！

能不能教我把它装上？
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9楼2011-04-15 09:53:43
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haowenping

木虫 (著名写手)
★ ★
zzy870720z(金币+2): 谢谢详细指点 2011-04-15 10:05:46
引用回帖:
Originally posted by kuangfg1987 at 2011-04-15 09:53:43:
能不能教我把它装上？

我发个安装过程给你吧，就是mpi的安装过程，你试试：
MPI安装
1.解压。
2.进入安装包
3. ./configure --prefix=/opt/mpi2/ FC=ifort F90=ifort !安装目录可改，就设置环境变量时注意一致就行。
4. make
5.make install.
6。设置环境变量：在~/.bashrc后面加入
export PATH=/opt/mpi2/bin/:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/mpi2/lib/:$LD_LIBRARY_PATH

ulimit -s unlimited
7。source ~/.bashrc
8。敲mpd & 测试
9。可能会不行，要修改 /etc/mpd.conf,
    a.在中写入MPD_SECRETWORD=123456
    b.touch /etc/mpd.conf
    c.chmod 600 /etc/mpd.conf
10.再试，mpd & ;一般都会OK了。
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10楼2011-04-15 10:02:20
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haowenping

木虫 (著名写手)
★
youzhizhe(金币+1): 谢谢提示。 2011-04-15 22:07:56
引用回帖:
Originally posted by kuangfg1987 at 2011-04-15 09:53:23:
能不能教我把它装上？

你也可以去问侯专家！
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11楼2011-04-15 10:02:47
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snail594

金虫 (小有名气)
★
youzhizhe(金币+1): 谢谢提示。 2011-04-15 22:07:44
如果你正常安装了vasp，按10楼第六，export自己的安装路径
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12楼2011-04-15 21:52:58
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kuangfg1987

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by snail594 at 2011-04-15 21:52:58:
如果你正常安装了vasp，按10楼第六，export自己的安装路径

能不能详细点，我还属于菜鸟级别，对这个东西懂的不多！
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13楼2011-04-16 09:35:34
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snail594

金虫 (小有名气)
★
sunyang1988(金币+1): 谢谢指点 2011-04-16 15:50:48
kuangfg1987(金币+8): 能不能具体说一下该怎么操作阿？ 2011-04-16 17:40:01
恩，他已经说的很详细了啊。。。。如果你vasp顺利安装，那么就是差个声明路径，修改.bashrc，用export指令，要是还不懂，你百度下export怎么用就成
赞一下(1人) 回复此楼
14楼2011-04-16 13:30:44
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kuangfg1987

至尊木虫 (职业作家)
怎么修改啊？
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15楼2011-04-16 17:47:28
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kuangfg1987

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by snail594 at 2011-04-16 13:30:44:
恩，他已经说的很详细了啊。。。。如果你vasp顺利安装，那么就是差个声明路径，修改.bashrc，用export指令，要是还不懂，你百度下export怎么用就成

怎么修改.bashrc这个东西，改成什么东西？
赞一下 回复此楼
16楼2011-04-16 17:48:19
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snail594

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
franch(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-04-16 20:44:15
以下是十楼的，不是我说的
export PATH=/opt/mpi2/bin/:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/mpi2/lib/:$LD_LIBRARY_PATH

ulimit -s unlimited
7。source ~/.bashrc

就是这么办，PATH改成自己的vasp路径
LIBARY_PATH改成MPI并行数据库的路径（这个你如果没有装mpi的话，我不知用不用，本人没有装过单机版)，最后source即可
赞一下(2人) 回复此楼
17楼2011-04-16 19:19:27
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简单回复
RuaLl2楼
2011-04-15 08:19   回复  
youzhizhe: 以后不允许纯表情回复了。可查看置顶【特别通知】。 2011-04-15 22:08:48
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