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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】在swiss model 同源建模以后得到的结果怎么分析
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donnafeng

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】在swiss model 同源建模以后得到的结果怎么分析 已有8人参与

刚开始接触 周围的人没做过这方面 英文水平也不高 问的问题可能比较没水平 大家见谅
1.Anolea,QMEAN,Gromos,  QMEAN4这些指标怎么看
2.Final Total Energy:       -5998.126 KJ/mol这个能量是高还是低 一般要多少
3.提交到uclq-doe进行检测,
Procheck 得的Ramachandran 94.4%在最适区，5.6%较适区能看懂，其他的还有一大堆，分别标了note，warning，error的，是不是有个error\warning就是建模不成功的意思   
Verify_3D和 Errat的值是越大越好，我的分别是88.51%和92.806，这样算可以吗

What_check和Prove这两个又怎么看
4下一步应该怎么优化
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1楼 2011-04-14 17:02:41
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
御剑江湖(金币+5): 谢谢 2011-04-14 21:19:32
引用回帖:
Originally posted by donnafeng at 2011-04-14 17:02:41:
刚开始接触 周围的人没做过这方面 英文水平也不高 问的问题可能比较没水平 大家见谅
1.Anolea,QMEAN,Gromos,  QMEAN4这些指标怎么看
2.Final Total Energy:       -5998.126 KJ/mol这个能量是高还是低 一般要多 ...

这些值的具体意义你可以看SWISS-MODEL推荐你引用的论文，需要说明的是这些值的大小只是相对的，verify_3d和errat的值是越大越好，下一步优化是必需的，最好是用分子动力学软件进行一下能量最小化，gromacs或者NAMD都可以，这两个是免费的~要是你们有版权，sybyl和DS也都可以实现这个功能，仅供参考
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2楼2011-04-14 18:54:45
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donnafeng

金虫 (小有名气)
恩恩受教了
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3楼2011-04-14 21:07:42
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chongchong11

至尊木虫 (著名写手)

Senior Engineer
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
斑竹就是斑竹，太厉害了。赞，谢谢。受教了。
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Nature+Science=Wisdom
4楼2011-04-26 17:20:43
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黑藻先生

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2011-04-14 18:54:45
这些值的具体意义你可以看SWISS-MODEL推荐你引用的论文，需要说明的是这些值的大小只是相对的，verify_3d和errat的值是越大越好，下一步优化是必需的，最好是用分子动力学软件进行一下能量最小化，gromacs或者NAMD ...

讨论一下哈~

我觉得你说的大小相对的非常有道理，有些结晶出来的PDB结构其实未必完全处于拉式图的最适区，也还是会有在disallowed区域。
这方面的判断还真是不好说呢

有关能量最小化，我有些疑问。当然这一步是我们现在都那么做，但是蛋白在作用的时候是否是一个能量处于最小化的状态还有待商榷。所以这也不好说呢=。=b
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5楼2014-01-10 22:29:08
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雨落心帘

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2011-04-14 18:54:45
这些值的具体意义你可以看SWISS-MODEL推荐你引用的论文，需要说明的是这些值的大小只是相对的，verify_3d和errat的值是越大越好，下一步优化是必需的，最好是用分子动力学软件进行一下能量最小化，gromacs或者NAMD ...

你好，为什么我用SWISS-MODEL建模后不能下载PDB文件？求赐教
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6楼2016-03-22 15:53:48
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wx900901

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 雨落心帘 at 2016-03-22 15:53:48
你好，为什么我用SWISS-MODEL建模后不能下载PDB文件？求赐教...

同问，我现在就遇到这个问题，请问现在解决了么
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这个世界并非不好，只是我们没有见过好的罢了
7楼2016-04-21 18:15:19
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彼岸花开丶

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by wx900901 at 2016-04-21 18:15:19
同问，我现在就遇到这个问题，请问现在解决了么...

可以的啊
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8楼2018-08-24 16:43:16
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LBXMC

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼上几位好，我最近也在用SWISS-MODEL建蛋白3D模型，但是我的结果和模板的序列相似度低，最高的只有57.61%，GMQE和QMEAN也不高分别为0.28，-2.26，
1）请问这个预测结果能用吗？
2）据说大于25%就开始建模了，请问相似度要多高才可靠呢？我对比了结果中模板的和我的氨基酸序列图，发现只有一半能对上，还有一半多没有显示啊，所以我都怀疑预测的结构图只有其中一半序列。这种情况下是不是就不能用啊？
大家元宵快乐，求赐教啊，不胜感激！
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Nothing is impossible!
9楼2020-02-08 22:33:07
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