24小时热门版块排行榜    

查看: 4964  |  回复: 12
【奖励】 本帖被评价8次,作者ChemiAndy增加金币 6.4
本帖产生 1 个 模拟EPI ,点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

ChemiAndy

木虫 (正式写手)


[资源] 【原创】CPMD3.15.1 和3.13.2在Ubuntu下的自动下载,安装,测试脚本 (Gfortran)

适用于Ubuntu 8.10 至 11.04的所有版本,和x86或x86_64平台。
同时可自动安装VMD1.8.7, CPMD编译完成后自动运行测试B2H6的波函数计算,并利用自带工具cpmd2cube.x生成波函数图片。整个过程15分钟。看到图片就表示安装成功。


以普通用户登录Ubuntu桌面。打开终端,保持在用户根目录下。
首先下载如下源文件包,并全部放到用户根目录,即 “/home/xxxx”下
(1) cpmd-v3_15_1.tgz
(2) cpmd-test.tar.gz
(3) cpmd2cube.tar.gz
(4) vmd-1.8.7.bin.LINUX.opengl.tar.gz (或vmd-1.8.7.bin.LINUXAMD64.opengl.tar.gz)

(其实,如果你没有下载,该脚本将会自动从Chemsoft.ch网站下载CPMD3.15.1 code!!! 这个这个违反协议的下载点很快会失效)

然后使用文本文件生成如下文件,命名为Ubuntucpmd15
引用回帖:
#!/bin/sh
# 'ubuntucpmd15' from Ernst Schumacher
# Version 2012-08-04
# make sure we are in /home/$USER
cd /home/$USER
export PATH=.:$PATH
echo 'check the second box "... (universe)",'
echo 'then "close", "close" again'
echo 'and later "Y" when asked to continue'
gksu gksu --desktop /usr/share/applications/software-properties.desktop /usr/bin/software-properties-gtk
sudo apt-get update
sudo apt-get install tcsh make eog gfortran libblas-dev libatlas-base-dev fftw-dev
test -e ./cpmdmake15 || wget chemsoft.ch/downloads/cpmdmake15
test -e ./cpmd-v3_15_1.tgz || wget chemsoft.ch/downloads/cpmd-v3_15_1.tgz
test -e ./cpmd2cube.tar.gz || wget chemsoft.ch/downloads/cpmd2cube.tar.gz
test -e ./cpmd-test.tar.gz || wget chemsoft.ch/downloads/cpmd-test.tar.gz
chmod +x cpmdmake15
./cpmdmake15
exit

然后将此文件加可执行权限,即:> chmod +x ubuntucpmd15
然后运行它 > ./ubuntucpmd15

然后该脚本会首先安装所有需要的编译器,数学库。此时会跳出一个窗口,是让你选择下载源的。只给main和Universe打勾,其它check掉,然后Close, close。

至此基本大功告成。该脚本会自动下载一个叫cpmdmake15的脚本,并调用它完成所有的编译测试。你只需静待15分钟,出现波函数图片窗口。

安装过程会自动生成一个CPMD的文件夹。那个可爱的cpmd.x就在那里等待着你用它跑出绚丽的模拟。。。

其它:
(1) cpmd.x可拷至其它Linux上运行,不过需要同时将 /usr/lib/libgfortran.so.3 复制到新机器的 /usr/lib 下(as root); 或者复制到cpmd.x所在目录,例如 ~/CPMD-3.15.1 然后编辑 .bashrc 加入如下环境变量:
引用回帖:
export LD_LIBRARY_PATH=/home/$USER/CPMD-3.15.1

(2) CPMD3.13.2的自动编译脚本:只需将上面脚本中的这两行
引用回帖:
test -e ./cpmdmake15 || wget chemsoft.ch/downloads/cpmdmake15
test -e ./cpmd-v3_15_1.tgz || wget chemsoft.ch/downloads/cpmd-v3_15_1.tgz

改成
引用回帖:
test -e ./cpmdmake || wget chemsoft.ch/downloads/cpmdmake
#test -e ./cpmd-v3_15_1.tgz || wget chemsoft.ch/downloads/cpmd-v3_15_1.tgz

感谢原网站作者贡献: http://www.chemsoft.ch/qc/cpmd315.htm

[ Last edited by ChemiAndy on 2011-4-17 at 00:24 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ChemiAndy 的主题更新
☆ 无星级 ★ 一星级 ★★★ 三星级 ★★★★★ 五星级
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 科研人应该花精力去思考如何解决问题,而不是去凝练问题 +5 瞬息宇宙 2026-09-01 11/550 2026-09-02 14:15 by simwe390
[基金申请] 要骂人了,新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西,结果有个评委还在说凝练得不够 +9 瞬息宇宙 2026-08-31 17/850 2026-09-02 14:04 by anjeeshine
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 10/500 2026-09-02 11:35 by 大不刘6
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗? +5 瞬息宇宙 2026-08-31 5/250 2026-09-02 10:13 by 雨冰共舞
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 8/400 2026-09-02 02:42 by Leogzhya
[基金申请] 面上函评意见出来了,像什么等级? 20+4 Tsingking1 2026-08-27 17/850 2026-09-01 19:51 by 超级无敌华子
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +13 Kittylucky 2026-08-27 14/700 2026-09-01 11:06 by feng6531
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 国社科又开始会评了,不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉? +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 基金不中,共勉 +12 eulota 2026-08-26 12/600 2026-08-31 08:42 by ZJTJZ
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
信息提示
请填处理意见