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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】cDNA的内参照引物选择问题？
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waldenpond

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】cDNA的内参照引物选择问题？

cDNA和DNA不一样，cDNA在逆转录的时候根据RNA的序列，去掉了许多内含子序列。
这样，根据DNA设计的引物在用作cDNA引物的时候，将cDNA扩增，出来的目的条带就有可能和DNA扩增出来的目的条带不一样，有可能因为cDNA缺少一些内含子序列而比预期的小。

这样的话，怎样设计cDNA的引物啊？

我PCR的时候选了一个内参照引物，本来文献上说扩增出的内参产物分子量是330bp，可实际我跑出来的只有290-300bp。
这该如何是好啊？
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1楼2011-04-06 19:09:53
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blackrose8089

铁杆木虫 (职业作家)
★ ★
dhd997(金币+2): 鼓励交流 2011-04-07 08:07:33
楼主可以直接根据cDNA序列设计引物！
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3楼2011-04-06 21:39:09
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
★ ★ ★
waldenpond(金币+2): 又见大侠，呵呵！我还是不太懂，明天问问老师去。 2011-04-06 19:29:54
dhd997(金币+3): good 2011-04-07 08:07:06
找到你的内参基因的cDNA序列或者mRNA序列再设计引物呗。先去NCBI搜一下序列吧。话说，330bp和300bp的区别很小，跑一般的琼脂糖胶再和maker比也未必准确的。marker的buffer和PCR的buffer有差异，有时会导致大小有差异。
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2楼2011-04-06 19:25:30
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