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honey宝贝金虫 (初入文坛)
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【转载】Gaussian入门技巧六（关于虚频）已有14人参与
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关于虚频 首先，什么是频率。 中学的时候我们学过简谐振动，对应的回复力是f=-kx,对应的能量曲线，是一个开口向上的二次函数E=kx^2/2. 这样的振动，对应的x=0的点是能量极小值点（简单情况下也就是最小值点）。这时的振动频率我们也会求：ω=2π sqrt(k/m)。显然它是一个正的频率，也就是通常意义下的振动频率。 那么，一维情况下，如果能量曲线是一个开口向下的二次曲线呢？首先，从能量上看，这是个不稳定的点，中学的物理书上称为“不稳平衡”。用现在的观点看，就是这一点导数是零（受力为0），且是能量极大值。如果套用上面的公式，“回复力”f=-k'x（实际上已经不是回复，而是让x越来越远了），这里k'是个负数，ω=2π sqrt(k'/m)显然就是一个虚数了，即所谓的虚频。Gaussian里面给出一个负的频率，就是对应这个虚频的。 实际情况下，分子的能量是一个高维的势能面，构型优化的时候，有时得到了极小值点，这样这个点的任意方向上，都可以近似为开口向上的二次函数，这样这里对应的振动频率就都是正的。对于极大值点，在每个方向都是开口向下的二次函数，那么频率就会都是负的——当然一般优化很少会遇到这样的情况。对于频率有正有负的情况，说明找到的点在某些方向上是极大值，有些方向上是极小值。如果要得到稳定的能量最低构型，显然需要通过微调分子的构型，消去所有的虚频。如何微调？要看虚频的振动方向。想象着虚频对应的就是开口向下的二次函数，显然，把分子坐标按照振动的方向移动一点点，分子应该就可以顺着势能面找到新的稳定点，但是也不能太小。而所谓的过渡态，则是连接反应物和产物之间的最低能量路径上的能量极大值。好比山谷中的A，B两点，它们之间的一个小土丘，就是过渡态，从A到B的反应，需要越过的是这个小土丘，而不是两边的高山。这样，过渡态就是在一个方向上是极大值，而在其它方向上都是极小值的点。因此，过渡态只有一个虚频。 优化得到虚频，消虚频的方法，就是根据虚频对应的振动位移(输出文件每一个频率下面都有一个类似坐标的3列数值，给出的就是每个原子在这个振动频率时候的移动方式)，把这些位移，乘以一个适当大小的因子，直接和原来平衡构型相加，就得到新的构型了。 举例说明： #HF/3-21G opt freq test 0 2 H 0.0 0.0 0.0 H 0.0 0.0 1.0 H 0.0 0.0 -1.0 上面的计算，是优化一个 H-H-H的直线构型然后算频率。我们知道，3个H的稳定构型，应该是一个H2分子，加上一个H原子。但是由于我们输入的时候，中间H原子两边的H的键长相等，因此，在这个对称性的限制下，结果给出的“稳定构型”是： H 0.000000 0.000000 0.000000 H 0.000000 0.000000 0.934091 H 0.000000 0.000000 -0.934091 频率分析，有一个虚频： 1 2 3 SGU PIU PIU Frequencies -- -2291.1909 1121.1486 1121.1486 Red. masses -- 1.0078 1.0078 1.0078 Frc consts -- 3.1172 0.7464 0.7464 IR Inten -- 42.9706 8.8167 8.8167 Raman Activ -- 0.0000 0.0000 0.0000 Depolar (P) -- 0.0000 0.0000 0.0000 Depolar (U) -- 0.0000 0.0000 0.0000 Atom AN X Y Z X Y Z X Y Z 1 1 0.00 0.00 0.82 0.82 0.03 0.00 -0.03 0.82 0.00 2 1 0.00 0.00 -0.41 -0.41 -0.02 0.00 0.02 -0.41 0.00 3 1 0.00 0.00 -0.41 -0.41 -0.02 0.00 0.02 -0.41 0.00 第一个是虚频。可以看出，其振动模式是：中间的H的z坐标变大，两边的两个H的z坐标变小，（然后是中间的H的z坐标变小，两边的H的z坐标变大，完成一次振动），这个如果还不清楚，画一下图就知道了。 现在，我们就把原来的坐标，加上振动模式对应的坐标： H 0.000000 0.000000 0.000000 H 0.000000 0.000000 0.934091 ＋ H 0.000000 0.000000 -0.934091 0.00 0.00 0.82 0.00 0.00 -0.41 0.00 0.00 -0.41 直接加的结果，是 H 0.000000 0.000000 0.820000 H 0.000000 0.000000 0.524091 H 0.000000 0.000000 -1.344091 画图知道，显然对原来的构型，变化太多了。对这个例子，如果取一个系数0.1乘以振动坐标，再求和，那么结果就是： H 0.000000 0.000000 0.082000 H 0.000000 0.000000 0.893091 H 0.000000 0.000000 -0.975091 显然就合理多了。用这个坐标去重新优化，就可以得到真正的没有虚频的稳定结构了。 这个系数0.1，只是个经验的数值，对于不同体系，可以自己设定。设置过小，会得到同样的虚频，设置过大，可能会得到别的构型（当然也可能碰巧得到更好的构型）。 频率分析只能在势能面的稳定点进行，这样，频率分析就必须在已经优化好的结构上进行。频率分析的另外一个用处是判断稳定点的本质。稳定点表述的是在势能面上力为零的点，它即可能是极小值，也可能是鞍点。极小值在势能面的各个方向都是极小的。而鞍点则是在某些方向上是极小的，但在某一个方向上是极大的，因为鞍点是连接两个极小值的点。有关鞍点的信息: 1.负的频率2.频率相应简正振动的模式 当一个结构产生负的振动频率时，可以表明在该振动方向可能存在着能量更低的结构。判断所得鞍点是不是需要的鞍点的方法，就是察看它的简正振动模式，分析是不是可以导向所需要的产物或反应物。进一步的，更好的办法是通过IRC计算来判断反应物，产物与得到的鞍点是否有关系。 |
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你好，我这个虚频是这样的，震动坐标比较小，虚频为-34但是有5个虚频，最下的是-14，系数应设多大合适呢 1 2 3 E E A2 Frequencies -- -34.2021 -34.1980 -16.2238 Red. masses -- 19.5864 19.5847 29.4864 Frc consts -- 0.0135 0.0135 0.0046 IR Inten -- 0.5560 0.5562 1.0117 Atom AN X Y Z X Y Z X Y Z 1 47 0.02 0.10 0.17 -0.08 -0.01 -0.09 0.03 0.05 0.19 2 47 -0.01 0.10 -0.16 -0.08 0.02 -0.11 0.03 -0.05 0.19 3 47 0.01 0.07 -0.01 -0.11 0.00 0.20 -0.06 0.00 0.19 4 29 0.00 -0.13 -0.01 -0.08 -0.01 0.10 -0.01 0.00 -0.23 5 29 0.08 0.03 0.09 0.08 -0.09 -0.05 0.00 0.01 -0.23 6 29 -0.09 0.02 -0.09 0.07 0.09 -0.06 0.00 -0.01 -0.23 7 29 -0.12 -0.15 0.00 0.15 -0.12 0.00 0.00 0.00 -0.21 8 29 0.11 -0.17 0.00 0.17 0.11 0.00 0.00 0.00 -0.21 9 15 -0.02 0.00 -0.01 0.04 0.09 0.10 -0.05 -0.02 0.05 10 15 0.02 0.01 0.00 0.04 -0.09 0.10 -0.05 0.02 0.05 11 15 0.05 -0.08 0.09 -0.04 0.02 -0.04 0.01 0.05 0.05 12 15 -0.09 0.02 0.09 0.05 0.01 -0.05 0.04 0.03 0.05 13 15 0.08 0.02 -0.08 0.06 -0.01 -0.06 0.04 -0.03 0.05 14 15 -0.04 -0.08 -0.09 -0.04 -0.03 -0.05 0.01 -0.05 0.05 15 1 -0.15 0.01 0.05 0.16 -0.03 -0.04 0.11 -0.09 -0.01 16 1 -0.07 0.02 0.11 0.02 0.05 -0.14 0.12 0.14 -0.04 17 1 -0.10 -0.01 0.15 0.09 0.02 -0.12 -0.01 0.07 0.09 18 1 0.04 -0.12 0.18 -0.02 0.03 -0.05 0.07 0.03 0.09 19 1 0.00 -0.06 0.17 -0.06 0.02 -0.01 0.07 0.17 -0.04 20 1 0.13 -0.17 0.06 0.00 0.03 -0.02 -0.13 0.05 -0.01 21 1 0.04 0.04 0.07 0.04 -0.05 0.16 -0.18 0.03 -0.04 22 1 0.01 -0.06 0.01 0.09 -0.19 0.07 0.02 0.14 -0.01 23 1 0.02 -0.01 0.03 0.08 -0.10 0.19 -0.06 -0.04 0.09 24 1 -0.03 -0.02 -0.05 0.08 0.10 0.18 -0.06 0.04 0.09 25 1 -0.02 -0.08 -0.01 0.08 0.18 0.06 0.02 -0.14 -0.01 26 1 -0.04 0.04 -0.08 0.04 0.06 0.15 -0.18 -0.03 -0.04 27 1 0.01 -0.06 -0.17 -0.06 -0.02 -0.02 0.07 -0.17 -0.04 28 1 -0.13 -0.17 -0.06 -0.02 -0.05 -0.03 -0.13 -0.05 -0.01 29 1 -0.04 -0.12 -0.18 -0.02 -0.04 -0.07 0.07 -0.03 0.09 30 1 0.09 -0.01 -0.14 0.10 -0.02 -0.13 -0.01 -0.07 0.09 31 1 0.13 0.00 -0.05 0.17 0.03 -0.04 0.11 0.09 -0.01 32 1 0.07 0.02 -0.09 0.02 -0.05 -0.15 0.11 -0.14 -0.04 33 1 -0.16 -0.11 -0.09 -0.01 -0.22 0.10 0.03 0.03 -0.17 34 1 0.16 -0.13 0.08 0.00 0.21 0.11 0.03 -0.03 -0.17 35 1 0.25 -0.05 0.05 0.07 0.11 -0.12 -0.04 -0.01 -0.17 36 1 -0.15 0.01 0.13 0.10 -0.22 0.03 0.01 -0.04 -0.17 37 1 -0.25 -0.04 -0.04 0.05 -0.12 -0.13 -0.04 0.01 -0.17 38 1 0.14 -0.01 -0.13 0.12 0.22 0.02 0.01 0.04 -0.17 |
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正好用到，谢谢！！2楼2011-04-02 13:39:58
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