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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 【求助/交流】有谁用过T-RFLP 的方法做真菌多样性的吗？
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wuzunfeng416

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】有谁用过T-RFLP 的方法做真菌多样性的吗？ 已有5人参与

想问下，如果做真菌多样性，方法是T-RFLP，选择引物为18s，出结果以后有数据库比对吗？我在MICA上没有见到相关数据库，在RDP里也没见到，想问问大家有没有相关信息分享下，谢谢
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树宝宝zyx

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1楼 2011-03-28 18:16:06
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小小木虫8580

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
rainwander(金币+1): 鼓励交流~~~ 2011-04-20 18:18:33
18S分辨率太低，一般用ITS来做吧
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2楼2011-03-29 13:03:44
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xukewei

铁杆木虫 (正式写手)
★
rainwander(金币+1): 鼓励交流~~~ 2011-04-20 18:18:42
对数据库根本对不出来的，有-6~+6bp的误差，建议做克隆文库后模拟酶切
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Do what you love and love what you do!Do more than you are paid for!
3楼2011-03-29 14:07:17
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wuzunfeng416

银虫 (小有名气)
真菌18s做t-rflp的话有数据库么？我只想知道这个
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4楼2011-04-20 11:46:05
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xiadongliang

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
rainwander(金币+1): 鼓励交流~~~ 2011-04-20 18:18:55
相比细菌来说，真菌数据库是太少了，好像是没有关于真菌RFLP的数据库。
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5楼2011-04-20 15:04:26
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bear0329

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小小木虫8580 at 2011-03-29 13:03:44:
18S分辨率太低，一般用ITS来做吧

我提的DNA可以很好的扩出16s，但是扩出的ITS很淡，优化了条件还是一样，引物为ITS1/ITS4，谢谢，能否参考下您的体系和程序啊
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以马内利！
6楼2011-08-05 10:29:33
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小小木虫8580

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ITS还是蛮好扩的哦，你再优化优化
我的条件和体系肯定干适合你的，不同样品需要的条件差异很大。
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7楼2011-08-08 09:14:35
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树宝宝zyx

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
我也是做T-RFLP的，我用的是细菌引物，请问MICA、RDP数据库的网址是什么？能否指导下如何比对的，不胜感谢
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科研真辛苦！
8楼2011-10-31 19:58:58
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wuzunfeng416

银虫 (小有名气)
引用回帖:
1224184楼: Originally posted by 树宝宝zyx at 2011-10-31 19:58:58:
我也是做T-RFLP的，我用的是细菌引物，请问MICA、RDP数据库的网址是什么？能否指导下如何比对的，不胜感谢

http://mica.ibest.uidaho.edu/pat.php
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9楼2012-03-26 18:03:49
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