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【分享】openmpi-intelmkl-siesta3.0 并行安装--两种方式---原创
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首先介绍一个大家常用那个的方法，然后自己试了一个简单的方法也可以， 1.将siesta-3.0-rc2.tgz文件拷贝到一个临时的目录里面（如tem） 2.解压文件：$ tar -zxvf siesta-3.0-rc2.tgz 3.进入要生成执行文件的目录，可以自己随便建立。这样可以利用不同参数编译 不同版本的siesta 放在不同的目录里。这是与siesta-2.0.2 相比，采用的一种新的 执行文件生成机制，例如到Obj 目录生成执行文件：$ cd siesta-3.0-rc2/Obj/ 4. 如果Obj 目录和Src 目录是平级的，运行：$ sh ../Src/obj_setup.sh 总之要在你要生成可执行文件的目录下用sh 运行Src/obj_setup.sh。 5. 在执行文件生成目录里运行Src/configure，即： $ ../Src/configure 6.进入/Src/MPI 7.修改Makefile vi Makefile 把 ARCH_MAKE_DEFAULT=../arch.make 修改为绝对路径 ARCH_MAKE_DEFAULT=/home/zhou/soft/siesta/siesta-3.0-rc2/Obj/arch.make 8.再make 9.再切换到Obj目录 10.修改arch.make # # This file is part of the SIESTA package. # # Copyright (c) Fundacion General Universidad Autonoma de Madrid: # E.Artacho, J.Gale, A.Garcia, J.Junquera, P.Ordejon, D.Sanchez-Portal # and J.M.Soler, 1996- . # # Use of this software constitutes agreement with the full conditions # given in the SIESTA license, as signed by all legitimate users. # .SUFFIXES: .SUFFIXES: .f .F .o .a .f90 .F90 SIESTA_ARCH=x86_64-unknown-linux-gnu--Intel FPP= FPP_OUTPUT= FC=/public/openmpi-141-icc/bin/mpif90 RANLIB=ranlib SYS=nag SP_KIND=4 DP_KIND=8 KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND) FFLAGS= -O2 -i-static FFLAGS_DEBUG= -g LDFLAGS=-Vaxlib FPPFLAGS= -DMPI # -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DMPI ARFLAGS_EXTRA= FCFLAGS_fixed_f= FCFLAGS_free_f90= FPPFLAGS_fixed_F= FPPFLAGS_free_F90= BLAS_LIBS=-L/public/intel/mkl/lib/em64t -lmkl_solver_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lguide LAPACK_LIBS=-L/public/intel/mkl/lib/em64t -lmkl_sequential -lmkl_core BLACS_LIBS=-L/public/intel/mkl/lib/em64t -lmkl_blacs_openmpi_lp64 SCALAPACK_LIBS=-L/public/intel/mkl/lib/em64t -lmkl_scalapack_lp64 COMP_LIBS= NETCDF_LIBS= NETCDF_INTERFACE= LIBS=$(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(NETCDF_LIBS) #SIESTA needs an F90 interface to MPI #This will give you SIESTA's own implementation #If your compiler vendor offers an alternative, you may change #to it here. MPI_INTERFACE=/home/zhou/soft/siesta/siesta-3.0-rc2/Src/MPI/libmpi_f90.a MPI_INCLUDE=/public/openmpi-141-icc/include #Dependency rules are created by autoconf according to whether #discrete preprocessing is necessary or not. .F.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F) $< .F90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $< .f.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f) $< .f90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90) $< 11，make 完成了 这是我根据网上的编译不成功后自己看代码改的 第二种 其实另外一个方法不会这么麻烦 就是我们在Sys目录下编译步骤如下： 1.将siesta-3.0-rc2.tgz文件拷贝到一个临时的目录里面（如tem） 2. tar -zxvf siesta-3.0-rc2.tgz 3 ，cd Syc 4 ， cd .. 5 ，sh ./obj_setup.sh 6 ， ./configure 7 ， vi arch.make 内容和上面的一样 8 ， cd MPI 9 ， make 10 ，cd .. 11 ，make [ Last edited by 贺仪 on 2011-3-27 at 23:17 ] |
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 siesta问题 | 科研工具 |
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5. 在执行文件生成目录里运行Src/configure，即： $ ../Src/configure 6.进入/Src/MPI 7.修改Makefile vi Makefile 把 ARCH_MAKE_DEFAULT=../arch.make 修改为绝对路径 ARCH_MAKE_DEFAULT=/home/zhou/soft/siesta/siesta-3.0-rc2/Obj/arch.make 8.make 请问在第五步，configure的时候需不需要加上FC=mpif90？ 第八步之前按您说的方法修改了makefile，但make的时候报错。 [mengfc@localhost MPI]$ make mpif90 -c -g -I mpi__include.f90 ifort: command line error: no files specified; for help type "ifort -help" make: *** [mpi__include.o] Error 1 请问这是什么问题呢？ |
5楼2011-10-15 12:51:04
6楼2011-10-27 22:14:14
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veryman3楼
2011-03-28 08:12
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