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【奖励】本帖被评价4次，作者贺仪增加金币 3.2 个

贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

[资源] 【分享】openmpi-intelmkl-siesta3.0 并行安装--两种方式---原创

首先介绍一个大家常用那个的方法，然后自己试了一个简单的方法也可以，

1.将siesta-3.0-rc2.tgz文件拷贝到一个临时的目录里面（如tem）

2.解压文件：$ tar -zxvf
siesta-3.0-rc2.tgz

3.进入要生成执行文件的目录，可以自己随便建立。这样可以利用不同参数编译
不同版本的siesta 放在不同的目录里。这是与siesta-2.0.2 相比，采用的一种新的
执行文件生成机制，例如到Obj 目录生成执行文件：$ cd siesta-3.0-rc2/Obj/

4. 如果Obj 目录和Src 目录是平级的，运行：$ sh ../Src/obj_setup.sh
总之要在你要生成可执行文件的目录下用sh 运行Src/obj_setup.sh。

5. 在执行文件生成目录里运行Src/configure，即： $ ../Src/configure

6.进入/Src/MPI

7.修改Makefile

vi Makefile

把

ARCH_MAKE_DEFAULT=../arch.make

修改为绝对路径

ARCH_MAKE_DEFAULT=/home/zhou/soft/siesta/siesta-3.0-rc2/Obj/arch.make

8.再make

9.再切换到Obj目录

10.修改arch.make

#
# This file is part of the SIESTA package.
#
# Copyright (c) Fundacion General Universidad Autonoma de Madrid:
# E.Artacho, J.Gale, A.Garcia, J.Junquera, P.Ordejon, D.Sanchez-Portal
# and J.M.Soler, 1996- .
#
# Use of this software constitutes agreement with the full conditions
# given in the SIESTA license, as signed by all legitimate users.
#
.SUFFIXES:
.SUFFIXES: .f .F .o .a .f90 .F90

SIESTA_ARCH=x86_64-unknown-linux-gnu--Intel

FPP=
FPP_OUTPUT=
FC=/public/openmpi-141-icc/bin/mpif90
RANLIB=ranlib

SYS=nag

SP_KIND=4
DP_KIND=8
KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND)

FFLAGS= -O2 -i-static
FFLAGS_DEBUG= -g
LDFLAGS=-Vaxlib
FPPFLAGS= -DMPI
# -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DMPI

ARFLAGS_EXTRA=

FCFLAGS_fixed_f=
FCFLAGS_free_f90=
FPPFLAGS_fixed_F=
FPPFLAGS_free_F90=

BLAS_LIBS=-L/public/intel/mkl/lib/em64t -lmkl_solver_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lguide
LAPACK_LIBS=-L/public/intel/mkl/lib/em64t -lmkl_sequential -lmkl_core
BLACS_LIBS=-L/public/intel/mkl/lib/em64t -lmkl_blacs_openmpi_lp64
SCALAPACK_LIBS=-L/public/intel/mkl/lib/em64t -lmkl_scalapack_lp64

COMP_LIBS=

NETCDF_LIBS=
NETCDF_INTERFACE=

LIBS=$(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(NETCDF_LIBS)

#SIESTA needs an F90 interface to MPI
#This will give you SIESTA's own implementation
#If your compiler vendor offers an alternative, you may change
#to it here.
MPI_INTERFACE=/home/zhou/soft/siesta/siesta-3.0-rc2/Src/MPI/libmpi_f90.a
MPI_INCLUDE=/public/openmpi-141-icc/include

#Dependency rules are created by autoconf according to whether
#discrete preprocessing is necessary or not.
.F.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F)  $<
.F90.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $<
.f.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f)  $<
.f90.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90)  $<

11，make

完成了
这是我根据网上的编译不成功后自己看代码改的

第二种

其实另外一个方法不会这么麻烦就是我们在Sys目录下编译步骤如下：

1.将siesta-3.0-rc2.tgz文件拷贝到一个临时的目录里面（如tem）
2. tar -zxvf siesta-3.0-rc2.tgz

3 ，cd Syc

4 ，  cd ..

5  ，sh ./obj_setup.sh

6 ， ./configure

7 ， vi arch.make 内容和上面的一样

8 ， cd MPI

9 ， make

10 ，cd ..

11 ，make

[ Last edited by 贺仪 on 2011-3-27 at 23:17 ]

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1楼2011-03-27 23:16:01

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mengfc

金虫 (正式写手)

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引用回帖:

1楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-03-27 23:16:01:
首先介绍一个大家常用那个的方法，然后自己试了一个简单的方法也可以，

1.将siesta-3.0-rc2.tgz文件拷贝到一个临时的目录里面（如tem）

2.解压文件：$ tar -zxvf
siesta-3.0-rc2.tgz

3.进入要生成执行 ...

5. 在执行文件生成目录里运行Src/configure，即： $ ../Src/configure
6.进入/Src/MPI
7.修改Makefile
vi Makefile
把
ARCH_MAKE_DEFAULT=../arch.make
修改为绝对路径
ARCH_MAKE_DEFAULT=/home/zhou/soft/siesta/siesta-3.0-rc2/Obj/arch.make
8.make

请问在第五步，configure的时候需不需要加上FC=mpif90？
第八步之前按您说的方法修改了makefile，但make的时候报错。
[mengfc@localhost MPI]$ make
mpif90 -c -g -I mpi__include.f90
ifort: command line error: no files specified; for help type "ifort -help"
make: *** [mpi__include.o] Error 1

请问这是什么问题呢？

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5楼2011-10-15 12:51:04

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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:

5楼: Originally posted by mengfc at 2011-10-15 12:51:04:
5. 在执行文件生成目录里运行Src/configure，即： $ ../Src/configure
6.进入/Src/MPI
7.修改Makefile
vi Makefile
把
ARCH_MAKE_DEFAULT=../arch.make
修改为绝对路径
ARCH_MAKE_DEFAULT=/home/zhou/ ...

请问在第五步，configure的时候需不需要加上FC=mpif90？

只要你在你的路径当中有mpoif90就可以了，不用指定

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6楼2011-10-27 22:14:14

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wuli82楼

2011-03-27 23:30 回复

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