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dhd997

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1360691楼: Originally posted by leishuang at 2012-07-10 23:02:37
怎么查我需要的目的蛋白的大小？望细说，感谢！

跑胶吧

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人生不过几十年，成败荣辱都在天，是非恩怨莫在意，健康快乐最值钱，自古人间苦无边，看得高远境如仙，愿你不为凡事恼，轻松快乐每一天。

31楼2012-07-11 15:43:48

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tiandizao

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不断的修正问题，改正错误中走向永恒

32楼2012-07-18 15:37:37

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lesley47

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怎么发帖子呀？

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33楼2012-07-24 13:27:15

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juchenjun

34楼2012-08-06 15:56:11

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tybo

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35楼2012-08-07 09:16:11

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邓霞

支持支持。。。。

36楼2012-09-11 21:45:53

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蒲公英嘟嘟

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好多东西不知道啊，请多多指教

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37楼2012-09-12 20:56:50

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yuanyanf

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知道了，谢谢版主

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38楼2012-12-16 10:58:07

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w盛鸿

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嗯，无规矩不成方圆，日后一定好好遵守

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39楼2012-12-20 11:59:58

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1014805712

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【求助】我想问一下用过DNAWORKS的虫子，设计完的引物方案里有的有misprime，什么意思啊？求帮助！
----------------------------------------------------------------
                  PARAMETERS FOR TRIAL 8
----------------------------------------------------------------
            Total Size Of Gene ......... 227 nt
            Protein Residues ........... 0
            Mutatable Residues ......... 0
            Fixed Nucleotides .......... 227 nt
            Degenerate Nucleotides ..... 0 nt
            Oligo Size ................. 60 nt
            Annealing Temp ............. 69 +/- 1*C
            Oligo Concentration ........ 1.00E-7 M
            Sodium Concentration ....... 5.00E-2 M
            Mg2+ Concentration ......... 2.00E-3 M
            Codon Frequency Threshold .. 10%
            Repeat Threshold ........... 8 nt
            Mispriming Threshold ....... 8/18 (6 exact) nt

--------------------------------------------------------------------------------

The DNA sequence # 8 is:
----------------------------------------------------------------
1 GCTCTAGATTCGAAAGAGCTCTGTCGACGAGGCCTTGAATTCTCATCAGTGATGGTGATG
  61 ATGGTGATGATGTGGCGCGCCTTTTCCTTTTGCGGCCGCCGCAAAGGCAGAATGCGCCGC
121 CGCCGCCAAAAGCACATATAAAACAATAGCGCTTACCATCTTGCTTGTGTGTTCCTTATT
181 GAAGCCTTGGTGTGACTGATTTACTAGTAGCATGGTGGCGGATCCGC
----------------------------------------------------------------

The oligonucleotide assembly is:
----------------------------------------------------------------
   1    10       20       30       40       50       60
   |       |       |       |       |       |       |

   1 --->
1 GCTCTAGATTCGAAAGAGCTCTGTCGACGAGGCCTTGAATTCTCAT
               ********                         *********** < repeat
                        ACAGCTGCTCCGGAACTTAAGAGTAGTCACTACCACTAC



   |       |       |       |       |       |       |

   3 --->
  61 ggtgatgatgtggcgcgccttttccttttgcggccgccgcaaaggcagaatgcgccgc
   ************ ********    *****************       ****** < repeat
                                             **************** < misprime
               ********       ***********          ******* < GC rich
   TACCACTACTACACCGCGCGG                      ccgtcttacgcggcg
               <---  2


   |       |       |       |       |       |       |

               5 --->
121 cg          CATATAAAACAATAGCGCTTACCATCTTGCTTGTGTGTTCCTTATT
   *******                                                    < repeat
   *****                                                       < misprime
   *******                                                    < GC rich
                  ********                                     < AT rich
   gcggcggttttcgtgtatattttgttatcgcgaatggtagaacga  ACACAAGGAATAA
                                       <---  4


   |       |       |       |       |       |       |


181 GAAGCCTTGGTGTG
                        ********       ********** < repeat
   CTTCGGAACCACACTGACTAAATGATCATCGTACCACCGCCTAGGCG
                                          <---  6

----------------------------------------------------------------

The total codon usage score ...........    0.000
The total length score ................    0.000
The total melting temperature score ...    0.000
The total repeat score ................ 15.859
The total pattern score ...............    0.000
The total mispriming score ............    3.172
The total AT content score ............    0.705
The total GC content score ............    8.458
The total fixed gap score .............    N/A
            The OVERALL score ...... 28.194

               Tm Range # of Overlaps
         -------------------------------------
               <67          0
                  67          0
                  68          3
                  69          2
                  70          0
                  71          0
                  72          0
                  73          0
                  74          0
               >=75          0
         -------------------------------------
            Tm Range =  1.2

            Ovrlap Len Range  # of Oligos
         -------------------------------------
               <20          2
                  20          0
                  21          0
                  22          0
                  23          0
                  24          0
                  25          1
                  26          0
                  27          1
                  28          0
                  29          0
               >=30          0
         -------------------------------------
            Lowest Overlap = 17

            Length Range # of Oligos
         -------------------------------------
               < 49          1
               49- 50          0
               51- 52          0
               53- 54          0
               55- 56          0
               57- 58          0
               59- 60          5
               61- 62          0
               63- 64          0
               65- 66          0
               67- 68          0
               >= 69          0
         -------------------------------------
            Longest =  60

There are 1 potential misprimings with <=  8 non-identical nts:
----------------------------------------------------------------
  Oligo Type 5'-start    Sequence    3'-start  Identical
----------------------------------------------------------------
   3 DS 105  AGGCAGAATGCGCCGCCG 122    10/18
                  | |    ||||||||
            108  caGaAtgcgcCGCCGCCG 125

----------------------------------------------------------------

  There are  10 repeats greater than  8 nt:
----------------------------------------------------------------
PR Pos1 = 15 Pos2 = 15 Size =  8 Seq1 = AGAGCTCT
                                          Seq2 = AGAGCTCT
DR Pos1 = 50 Pos2 = 59 Size = 14 Seq1 = TGATGGTGATGATG
                                          Seq2 = TGATGGTGATGATG
PR Pos1 = 74 Pos2 = 74 Size =  8 Seq1 = GGCGCGCC
                                          Seq2 = GGCGCGCC
IR Pos1 = 89 Pos2 = 98 Size =  8 Seq1 = TTTGCGGC
                                          Seq2 = GCCGCAAA
PR Pos1 = 92 Pos2 = 92 Size =  8 Seq1 = GCGGCCGC
                                          Seq2 = GCGGCCGC
DR Pos1 = 95 Pos2 =  116 Size =  8 Seq1 = GCCGCCGC
                                          Seq2 = GCCGCCGC
DR Pos1 = 95 Pos2 =  119 Size =  8 Seq1 = GCCGCCGC
                                          Seq2 = GCCGCCGC
DR Pos1 =  115 Pos2 =  118 Size = 10 Seq1 = CGCCGCCGCC
                                          Seq2 = CGCCGCCGCC
PR Pos1 =  202 Pos2 =  202 Size =  8 Seq1 = TACTAGTA
                                          Seq2 = TACTAGTA
PR Pos1 =  218 Pos2 =  218 Size = 10 Seq1 = GCGGATCCGC
                                          Seq2 = GCGGATCCGC
----------------------------------------------------------------

      Sequence Patterns Screened (As Supplied By User)
----------------------------------------------------------------
                     None found
----------------------------------------------------------------

      6 oligonucleotides need to be synthesized
----------------------------------------------------------------
  1 GCTCTAGATTCGAAAGAGCTCTGTCGACGAGGCCTTGAATTCTCAT  46
  2 GGCGCGCCACATCATCACCATCATCACCATCACTGATGAGAATTCAAGGCCTCGTCGACA  60
  3 GGTGATGATGTGGCGCGCCTTTTCCTTTTGCGGCCGCCGCAAAGGCAGAATGCGCCGCCG  60
  4 AGCAAGATGGTAAGCGCTATTGTTTTATATGTGCTTTTGGCGGCGGCGGCGCATTCTGCC  60
  5 CATATAAAACAATAGCGCTTACCATCTTGCTTGTGTGTTCCTTATTGAAGCCTTGGTGTG  60
  6 GCGGATCCGCCACCATGCTACTAGTAAATCAGTCACACCAAGGCTTCAATAAGGAACACA  60

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40楼2012-12-22 00:11:09

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