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【求助/交流】NCBI中的核酸序列方向?
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王有朝
新虫
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[交流]
【求助/交流】NCBI中的核酸序列方向?
从5撇端到3撇端吗?
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1楼
2011-03-22 14:58:09
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Aileen_lee
新虫
(初入文坛)
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在线: 1.7小时
虫号: 3539428
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
最近看到一个序列
CDS join(75..2556,2556..4072)
/ribosomal_slippage
/codon_start=1
/product="ORF1ab"
/protein_id="AER30008.1"
/db_xref="GI:354682141"
感觉这个序列开始于75是不正确的,不是应该要求符合3n+1 的位置吗
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6楼
2016-01-20 15:29:16
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ljsh
铁杆木虫
(著名写手)
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帖子: 1836
在线: 381.9小时
虫号: 152856
王有朝(金币+3): 2011-03-22 15:32:46
yes,you are right!
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2楼
2011-03-22 15:14:37
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ls2046
铁杆木虫
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帖子: 3053
在线: 120小时
虫号: 350727
★
小木虫(金币
+0.5
):给个红包,谢谢回帖交流
不一定,有人提交的是互补序列,要甄别啊
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3楼
2011-03-22 15:51:54
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西瓜
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应助: 94
(初中生)
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金币: 1849.6
帖子: 7553
在线: 1449.5小时
虫号: 271749
★
小木虫(金币
+0.5
):给个红包,谢谢回帖交流
不一定的。下面举例说明:
1.“join”表示序列是正向的,即ATG的A位置在49060,TAA的末位A位置在41766。
gene 40960..41766
/locus_tag="F46C8.1"
/db_xref="WormBase:WBGene00018484"
CDS join(40960..41015,41071..41180,41236..41357,41671..41766)
/locus_tag="F46C8.1"
2.complement表示序列是方向互补的,即27241-27243是TTA(TAA反向互补),28374-28376是CAT(ATG反向互补)。
gene complement(27241..28376)
/gene="dpy-7"
/locus_tag="F46C8.6"
/db_xref="WormBase:WBGene00001069"
CDS complement(join(27241..28041,28221..28376))
/gene="dpy-7"
/locus_tag="F46C8.6"
/standard_name="F46C8.6"
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4楼
2011-03-22 18:35:11
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