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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 【求助/交流】NCBI中的核酸序列方向？
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王有朝

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】NCBI中的核酸序列方向？

从5撇端到3撇端吗？
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1楼 2011-03-22 14:58:09
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Aileen_lee

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
最近看到一个序列
   CDS             join(75..2556,2556..4072)
                     /ribosomal_slippage
                     /codon_start=1
                     /product="ORF1ab"
                     /protein_id="AER30008.1"
                     /db_xref="GI:354682141"

感觉这个序列开始于75是不正确的，不是应该要求符合3n+1 的位置吗
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6楼2016-01-20 15:29:16
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ljsh

铁杆木虫 (著名写手)
王有朝(金币+3): 2011-03-22 15:32:46
yes,you are right!
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2楼2011-03-22 15:14:37
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ls2046

铁杆木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
不一定，有人提交的是互补序列，要甄别啊
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3楼2011-03-22 15:51:54
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
不一定的。下面举例说明：
1.“join”表示序列是正向的，即ATG的A位置在49060，TAA的末位A位置在41766。
gene            40960..41766
                     /locus_tag="F46C8.1"
                     /db_xref="WormBase:WBGene00018484"
CDS             join(40960..41015,41071..41180,41236..41357,41671..41766)
                  /locus_tag="F46C8.1"


2.complement表示序列是方向互补的，即27241-27243是TTA（TAA反向互补），28374-28376是CAT（ATG反向互补）。
gene            complement(27241..28376)
                     /gene="dpy-7"
                     /locus_tag="F46C8.6"
                     /db_xref="WormBase:WBGene00001069"
CDS             complement(join(27241..28041,28221..28376))
                     /gene="dpy-7"
                     /locus_tag="F46C8.6"
                     /standard_name="F46C8.6"
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4楼2011-03-22 18:35:11
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