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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助成功】vasp测试K点收敛性的脚本问题
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mazuju028

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助成功】vasp测试K点收敛性的脚本问题

在用VASP进行K点收敛测试时，我基本上就是照抄侯柱锋VASP指南上的那个脚本，不过添加了个变量，后面就出现了语法错误，瞎搞了一个多小时都没弄好，请指教。

------run_k脚本如下----------------------------------------------

#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 3 5 7 9 11
j=`expr "$i" "+" 2`
do
cat > KPOINTS < Automatic generation
0
Monhkorst-Pack
$i $j $i
0.0 0.0 0.0
!
echo "k mesh = $i*$j*$i" ; mpirun -np 8 vasp
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5}'`
KP=`grep "irreducible" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%5i \n", $2}'`
echo $i $KP $E >> result
done
----------------------------------------------------------------------------------------
--------log---------------------
./run_k: line 4: syntax error near unexpected token `j=`expr "$i" "+" 2`'

-----------------------------------------------------------------------------------------

谢谢。

[ Last edited by mazuju028 on 2011-4-16 at 16:59 ]
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1楼 2011-03-09 09:47:55
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

g_wcai

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
mpirun -np 8 vasp
请问这句代表什么意思？！
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20楼2015-12-02 10:02:00
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普通回帖

江山2010

木虫 (小有名气)
mazuju028(金币+1): 不行啊。 2011-03-09 14:45:37
let "j=expr $i + 2" 试一下
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2楼2011-03-09 11:57:27
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mazuju028

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 江山2010 at 2011-03-09 11:57:27:
let "j=expr $i + 2" 试一下

呵呵，试了，还是不行。
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3楼2011-03-09 14:45:21
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guitar2033

至尊木虫 (职业作家)
★
gzqdyouxia(金币+1): 谢谢提示 2011-03-11 19:02:04
mazuju028(金币+2): 谢谢提示。 2011-03-13 09:53:24
do所在的第5行与j所在的第4行换位置～～
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4楼2011-03-11 15:02:19
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babaleo

木虫 (正式写手)
★
sunyang1988(金币+1): 谢谢交流 2011-03-12 11:00:03
mazuju028(金币+2): 谢谢提示。 2011-03-13 09:53:37
LS正解. 或用
.....
do
j=$[$i + 2]
.....
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5楼2011-03-12 09:20:04
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yshl7237

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by mazuju028 at 2011-03-09 09:47:55:
在用VASP进行K点收敛测试时，我基本上就是照抄侯柱锋VASP指南上的那个脚本，不过添加了个变量，后面就出现了语法错误，瞎搞了一个多小时都没弄好，请指教。

------run_k脚本如下----------------------------- ...

请问你进行K点测试时。KPOINT 文件怎么写呢？
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6楼2011-04-15 15:26:27
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mazuju028

木虫 (正式写手)
★
youzhizhe(金币+1): 谢谢提示。 2011-04-18 08:33:38
引用回帖:
Originally posted by yshl7237 at 2011-04-15 15:26:27:
请问你进行K点测试时。KPOINT 文件怎么写呢？

就是写个run_k脚本啊，我帖子中就写有啊
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7楼2011-04-15 22:21:35
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yshl7237

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by mazuju028 at 2011-04-15 22:21:35:
就是写个run_k脚本啊，我帖子中就写有啊

那输入文件中就写 INCAR，POSCAR，POTCAR，run-k 这四个就可以是吗？
要是测试ecut的话，就写poscar，potcar，kpoints，run-e。我这样理解对吗？
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8楼2011-04-16 10:54:52
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mazuju028

木虫 (正式写手)
★
youzhizhe(金币+1): 谢谢提示。 2011-04-18 08:33:48
引用回帖:
Originally posted by yshl7237 at 2011-04-16 10:54:52:
那输入文件中就写 INCAR，POSCAR，POTCAR，run-k 这四个就可以是吗？
要是测试ecut的话，就写poscar，potcar，kpoints，run-e。我这样理解对吗？

对啊
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9楼2011-04-16 16:58:22
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nwx_ky

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
qsub: script file 'run' cannot be loaded - No such file or directory
我按上面说的做了。为何会出现这一说？验证encut 时，请问不写INCAR文件吗？
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zhouhongpeng
10楼2011-04-17 10:42:25
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mazuju028

木虫 (正式写手)
★
franch(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-04-22 14:25:29
引用回帖:
Originally posted by nwx_ky at 2011-04-17 10:42:25:
qsub: script file 'run' cannot be loaded - No such file or directory
我按上面说的做了。为何会出现这一说？验证encut 时，请问不写INCAR文件吗？

你可能没有设置权限吧，要吧run_k设置成可执行。
chmod +x run_k
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11楼2011-04-17 13:09:26
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
mazuju028(金币+1): 谢谢交流 2011-05-15 11:36:05
j=`expr "$i" "+" 2`

这一行的位置放错了，要放在do所在行的下一行。
赞一下(2人) 回复此楼
12楼2011-05-15 11:32:50
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tider

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yshl7237 at 2011-04-15 15:26:27:
请问你进行K点测试时。KPOINT 文件怎么写呢？

已经包含了
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13楼2011-05-17 07:57:16
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sungjen

银虫 (著名写手)
请问你的脚本如何使用的？是把脚本和另外三个文件放到一个文件夹里吗？还是别的？求指导
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14楼2013-10-21 16:04:42
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sungjen

银虫 (著名写手)
放到同一个文件夹里后再怎么操作呢？遇到这个问题很久了，一直没弄会，求指导啊
赞一下 回复此楼
15楼2013-10-21 16:06:08
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计算化学新人

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
12楼: Originally posted by valenhou001 at 2011-05-15 11:32:50
j=`expr "$i" "+" 2`

这一行的位置放错了，要放在do所在行的下一行。

请问，如果我想写一个测试k点的脚本，三个参数都可能不一样，请问应该怎么写呢？能不能给一个实例范本啊？谢谢了！
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16楼2015-03-06 09:00:22
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匿名

用户注销 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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17楼2015-12-01 15:45:18
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mazuju028

木虫 (正式写手)
引用回帖:
17楼: Originally posted by zhouhongpeng at 2015-12-01 15:45:18
请问 你解决这个问题了吗 能不能告诉我一下  我也 遇到了相同的问题...

好好看看回复，上面都有解答
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18楼2015-12-01 22:06:15
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匿名

用户注销 (正式写手)
本帖仅楼主可见
19楼2015-12-02 09:35:49
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heechao

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
应该是 let j=$i+2
可以在命令窗口里面输入 i=1
                                  let j=$i+2
                                  echo $j
结果会显示 3的
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21楼2015-12-20 20:06:05
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