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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】DNA提取方法（用于PCR-DGGE）
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vanewan

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】DNA提取方法（用于PCR-DGGE）

我是环境专业的，课题做到这里导师要我用PCR-DGGE生物技术来做菌群分析。
    我的反应器是陶粒反应器，具体的就是在陶粒上负载吸附了能处理特定污染物的菌体,导师让我每个实验阶段都取样去做优势菌群分析。
    请问各位大虾我这个情况，要提取菌的DNA要用怎样的方法？还有陶粒上的微生物怎样才能全部洗脱下来做菌群分析？
    在生物方面我只知道皮毛，劳请各位生物方面做过这方面研究的同仁们了！
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1楼 2011-02-24 17:20:57
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海之子211

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
GC是夹子           2007年的文献“A detailed analysis of 16S ribosomal RNA gene segments for the diagnosis of pathogenic bacteria”文献中V1-V9的分区如下：
    The nine hypervariable regions spanned nucleotides 69-99, 137-242, 433-497, 576-682, 822-879, 986-1043, 1117-1173, 1243-1294     F是上游引物
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18楼2013-01-08 14:15:16
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glidingwater

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
翱宇(金币+1): 鼓励新虫 2011-02-24 19:46:13
amisking(金币+2): 鼓励发帖交流。 2011-02-24 19:48:07
vanewan(金币+10): 2011-02-26 18:11:40
使用试剂盒提取总DNA,然后进行PCR，就是做个16s rRNA基因高可变片段的扩增，每种菌虽具有相同长度但具有碱基不同组合的片段，然后进行DGGE，得到条带的多样性，就是菌群的多样性了。
条带粗细的变化反应着优势菌群的变化

[ Last edited by glidingwater on 2011-2-24 at 19:09 ]
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2楼2011-02-24 18:46:41
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vanewan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by glidingwater at 2011-02-24 18:46:41:
使用试剂盒提取总DNA,然后进行PCR，就是做个16s rRNA基因高可变片段的扩增，每种菌虽具有相同长度但具有碱基不同组合的片段，然后进行DGGE，得到条带的多样性，就是菌群的多样性了。
条带粗细的变化反应着优势菌 ...

谢谢你的回答，再问下做RNA和DNA扩增有什么区别，哪个更好或者更简便？
有必要做GC夹板吗？
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3楼2011-02-25 10:05:45
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glidingwater

银虫 (小有名气)
★ ★
lstt09nk(金币+2): 鼓励交流 2011-02-26 08:56:35
vanewan(金币+3): 2011-02-26 18:11:30
RNA目前似乎是难以扩增的
若要增加其量，还需反转录为DNA进行扩增的
引物有必要加上GC-clamp。
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4楼2011-02-25 22:14:42
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