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amaya1545

铁虫 (小有名气)


[交流] 【求助/交流】RT-PCR ,内参在哪个步骤添加以及marker何时使用及确定?谢谢

大家好,
  准备做RT-PCR,看了一些资料,但是有些问题还不明;


   1. 内参一定要用,但是要何时添加,在哪个步骤添加。  
     看到论坛上有说单独p,也有说和目的基因一起p,不是很清楚。
     得到c DNA后PCR,这个体系要加入上游引物和下游引物,是不是内参就作为对照,直接P? 内参本身是为了消除差异性,如果单独p,是如何消除的呢?如果一起P,结果出现的条带又是怎样的呢?


    2.  marker 何时用,如何选择?
      提取出RNA后,要电泳鉴定其质量,此时要用marker嘛? 最终的pcr产物,电泳也要用到marker是嘛?那内参怎么用的?  marker是否单独一个孔跑还是要和目的产物混合来跑?

       marker是根据引物的产物长度来确定的还是目的基因的大小确定?

    3. 别人文献上有已知引物序列,想要使用它的序列,但是反应条件没有给出,自己要怎么确定条件呢?
        就是在找公司做引物的时候,需要注意些什么呢?他合成出的引物会有什么信息不?


   
     初学,也没有师兄师姐带,要直接学习,问的问题可能很幼稚,但希望高手能够指点。



  下面来说下我看到的PCR的过程:
    先提取出RNA (注意不要降解),然后分装,一部分用于电泳等检测RNA质量,其他4摄氏度保存,保存时间较短。
    RT:按试剂盒操作。 得到的c DNA 4℃保存,保存较久。
    PCR:设置反应参数等。 这个过程有用到上游引物和下游引物,是不是内参如参照一样,单独p?

    最后就是pcr产物的电泳测定,用到上样缓冲体系,怎样确定用?*的上样缓冲体系呢?


   希望大家给小的一些指点   大恩大德 感激不尽
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amilie030312

金虫 (正式写手)


已经有一阵子没做实验了,不知道我回答的这些是否还适用,呵呵,凑合着看吧。
10楼2011-02-15 11:19:48
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wangy0908

金虫 (正式写手)



silicare(金币+1): 谢谢参与 2011-02-12 12:21:26
amaya1545(金币+4): 2011-02-14 12:58:43
内参基因最好和目的基因一起扩,但并不是说放在一个管里面扩,而是分开。内参基因一定要有。如果分开扩的话,就要在两次不同的PCR里加量化因子,消除由不同pcr反应引起的误差!定的引物会有信息的,特别是退火温度,但是自己最好跑一次常规的pcr来确定。另外看了你下面的rna的问题,RNA提出出来后应该立刻保存在-80度,而不是4度,以及cDNA也应该是在-20度!
祝好运
2楼2011-02-12 01:50:56
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amaya1545

铁虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by wangy0908 at 2011-02-12 01:50:56:
内参基因最好和目的基因一起扩,但并不是说放在一个管里面扩,而是分开。内参基因一定要有。如果分开扩的话,就要在两次不同的PCR里加 量化因子,消除由不同pcr反应引起的误差!定的引物会有信息的,特别是退火温度 ...

谢谢 wangy0908   
  
  还有就是 量化因子是什么  需要购买的嘛?
3楼2011-02-14 13:01:01
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wangy0908

金虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+3): 感谢回复,鼓励交流 2011-02-15 10:25:21
量化因子,你就用你的一个cdna样品就可以的,但是必须要包含你所有的基因(内参和目的基因),相当于对照,每个pcr盘里面都需要,从而计算出盘与盘之间的误差并消除他。你看看这篇文章吧,说的很清楚的:qBase relative quantification framework and software for management and automated analysis of real-time quantitative PCR data.  Genome biology,2007!
4楼2011-02-15 00:07:25
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