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lhm_hnyj

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】PCR引物二聚体问题 已有5人参与

急求帮助。下面是我的目的序列:
TGATATGCTTAAGTTCAGCGGGTATCCCTACCTGATCCGAGGTCAACTGGAGGGTGTGGTGGTTTCACGGCGTGACCGCCTCCGCGCTCCCGGTGCGAGGTTCTCAGCGAGCTACTGCGCAGGGGAGCCGCGGCGGGGTCGCCACTGCGTTTAGGGGGCGGCGCGGGGCCGTGACCCCCAAGGCCGGGCCCCGCCGCCGCGAGGCGGGGGGCTCGAGGGTTGAGATGACGCTCGGACAGGCATGCCCGCCAGAGTGCTGGCGGGCGCAATGTGCGTTCAAAGATTCGATGGTTCACTGAATTCTGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTCATCGATGCCAGAACCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTTTGATTCATTTGCTTGCTTCTTGACTGAGAGATGCCACTGCGACAGGAGGGTCTGGGGGTCCTCCGGCGGGCGCCCTGGTCCGGGCCCTGGGGCGCCGGGGCGGTCCCGCCGAGGCAACTGCTGTGGTGTTCGCAGGGGGTTTGGGAGTGGTGACTCGATAATG;选用的引物为GTCAAGAAGCAAGCAAAGGAATC与TCAACTGGAGGGTGTGGTGG,在上述序列中已用括号隔开。我的实验目的是同属物种真伪鉴别,用这对引物只有正品获得目的条带,伪品没有,问题是均存在非特异扩增,从电泳图上来看应该是引物二聚体导致的。现在用SYBR实时荧光PCR来定性,实验结果一致,溶解曲线图谱中引物二聚体的峰明显,倒是不影响结果判断。Tm值阴性71.7°,阳性78.3与88.7°;Ct值阴性34,阳性19.
        因为用探针法时间来不及,想请教大家,避免引物二聚体我该怎么将现有的引物加以改进呢;还有阴性和阳性非特异扩增的Tm值差异是什么导致的呢。
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lhm_hnyj

金虫 (小有名气)


silicare(金币+1): 鼓励上图 2011-01-20 08:24:37
引用回帖:
Originally posted by yixuanwin at 2011-01-19 21:20:27:
电泳图呢?



Tm单峰的为阴性,另两个为阳性

[ Last edited by lhm_hnyj on 2011-1-19 at 22:37 ]
3楼2011-01-19 22:34:24
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amilie030312

金虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
dhd997(金币+1): 鼓励交流 2011-01-20 09:20:25
我觉得你这个阴性对照里面的引物二聚体是比较明显的,但你你怀疑的引物二聚体的位置为啥位置比较靠后啊?
4楼2011-01-19 22:43:13
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lhm_hnyj

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by amilie030312 at 2011-01-19 22:43:13:
我觉得你这个阴性对照里面的引物二聚体是比较明显的,但你你怀疑的引物二聚体的位置为啥位置比较靠后啊?

是啊,缺乏这方面的理论基础,正是要向大家请教的问题之一
5楼2011-01-19 22:54:46
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lhm_hnyj

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by amilie030312 at 2011-01-19 22:43:13:
我觉得你这个阴性对照里面的引物二聚体是比较明显的,但你你怀疑的引物二聚体的位置为啥位置比较靠后啊?

对不起,看了电泳图,发现应该是非特异性扩增,那我该咋办呢,都已经是60°退火延伸了
6楼2011-01-19 23:04:09
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