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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】怎样用VMD查看DL_POLY的HISTORY文件
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he66yuan88

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】怎样用VMD查看DL_POLY的HISTORY文件 已有3人参与

VMD是最新版本的VMD-1.8.7
DL_POLY是2.20
系统是fedora13
具体的操作该是怎样的呢
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存在了很久
1楼 2011-01-13 13:45:23
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he66yuan88

金虫 (正式写手)
VMD运行及初步显示已能实现。
但是其结果是只有键，怎么把原子也显示出来呢。
图1取自zyj8119 的HISTORY：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2786121&fpage=1
图2取自Atomeye的例子：DNA.PDB
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存在了很久
4楼2011-01-13 18:43:04
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043114076

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2):谢谢 2011-01-14 14:47:26
vmd 格式中有DLPOLY History 这一项，选择以后打开就行了。
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2楼2011-01-13 14:34:38
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he66yuan88

金虫 (正式写手)
谢谢楼上回复，我先让VMD在Linux下能运行了来。
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存在了很久
3楼2011-01-13 14:52:04
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-01-16 20:55:04
引用回帖:
Originally posted by he66yuan88 at 2011-01-13 18:43:04:
VMD运行及初步显示已能实现。
但是其结果是只有键，怎么把原子也显示出来呢。
图1取自zyj8119 的HISTORY：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2786121&fpage=1
图2取自Atomeye的例子：DN ...

你这个是line显示的，在graph representation里面有选择不同的显示形式的。
赞一下(3人) 回复此楼
好好学习，天天向上。
5楼2011-01-15 20:57:10
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