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wangdandelia

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】DNA退火 已有7人参与

大家谁做过单链DNA片段退火,形成双链的实验呢?还有DNA的磷酸化,都需要注意哪些问题?
我做了很多歌DN片段的退火和磷酸化,在确定载体没有问题的情况下,都不能与退火形成的DNA双链连接,哪个细节出错了呢。。。

我是先进行DNA退火,然后再将退火后的双链DNA进行磷酸化,具体步骤如下:
退火体系: 100pmol/uL的互补DNA单链各自加入10uL,再加入去离子水80uL,组成了100uL的体系,混匀,在PCR仪中退火,退火步骤如下:95摄氏度3min;每8s降低0.1摄氏度,降至25摄氏度,然后4摄氏度长期保存。

退火后的双链DNA进行磷酸化,用的是NEB公司的T4 多聚核苷酸激酶,是50uL体系:加入激酶Buffer 5 uL, DNA 15uL, T4多聚核苷酸激酶1 uL,ddH2O 29uL, 于37℃ 温育30min, 然后65℃ 20min 热失活。

以上是我的具体实验步骤,谢谢!

[ Last edited by wangdandelia on 2011-1-10 at 09:27 ]
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wangdandelia

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 三磷酸腺苷 at 2011-01-10 09:54:21:


我用的是碧云天的退火buffer(其实自己配的也一样,只是我懒)
然后先95℃充分变性,你的这种短片段,估计2min就足够了
然后每60~90s下降1度,使片段慢慢退火。

哦,好啊,我也试一试,谢谢啊,呵呵~!!请问DNA的浓度和体系都是按照参考说明上混合吗?
如果用这Buffer的话,是不是需要纯化才能进行T4 DNA多聚核苷酸激酶的磷酸化呢?
7楼2011-01-10 11:13:57
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):鼓励交流 2011-01-10 09:06:20
你的单链多长?我通常是两条59nt互补形成双链,毫无鸭梨~次次成功
2楼2011-01-09 23:43:55
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jinhx87

至尊木虫 (知名作家)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
2楼得能否把具体过程详细的记录下来呢?
期待着。
3楼2011-01-10 06:57:52
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wangdandelia

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 三磷酸腺苷 at 2011-01-09 23:43:55:
你的单链多长?我通常是两条59nt互补形成双链,毫无鸭梨~次次成功

我的DNA单链是21个碱基组成的小DNA片段。
可以说详细点吗?我这两天需要做这个实验,谢谢啊~!

[ Last edited by wangdandelia on 2011-1-10 at 09:28 ]
4楼2011-01-10 09:10:13
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