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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】蛋白质三级结构分析
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xtaqo045

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】蛋白质三级结构分析

请教：
    我现在正在分析蛋白质的三级结构，问题是，我的氨基酸序列在NCBI上比对结果是和好多未知蛋白同源性达到100%，但是它们都没有结构模型，所以我的在线分析也没有三级结构。因此，想请教各位高手，我该用什么软件分析蛋白质三级结构，怎么分析、操作等？
    非常感谢大家来帮忙！
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1楼2010-12-28 11:05:42
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)
xtaqo045(金币+2): 2010-12-28 11:17:13
Swiss-model预测。
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2楼2010-12-28 11:09:33
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)
★ ★
xtaqo045(金币+2): 2010-12-28 11:17:24
amisking(金币+2):鼓励交流！ 2010-12-28 19:41:05
这个都只能叫做预测，呵呵。要想分析的话只能自己做晶体、X-ray或者核磁。

如果要是预测的话，我给你推荐一个在线软件，Phyre。还不错。

具体操作方法你自己看看，我懒得打字了。09年的文章，被引用了将近200次了。

文献题目：

Protein structure prediction on the web: a case study using the Phyre server.

[ Last edited by brightfuture01 on 2010-12-28 at 11:12 ]
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3楼2010-12-28 11:11:15
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trc9527

新虫 (小有名气)
xtaqo045(金币+2): 2010-12-28 11:17:48
xtaqo045(金币+2): 2010-12-28 11:17:57
Swiss-model
也要有比较同源的模型才能做高级结构预测
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4楼2010-12-28 11:12:34
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xtaqo045

金虫 (小有名气)
非常感谢
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5楼2010-12-28 11:18:56
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870609

金虫 (小有名气)
★ ★
xtaqo045(金币+1):谢谢参与
zhang8826857(金币+1): 大力鼓励交流^_^ 2012-01-12 11:07:19
证明你ncbi比对的时候所选的数据库不对，应该选pdb数据库而不是nr，pdb比对出来的都带结构可以下载以后作为模板，当然也可能你的蛋白确实找不到同源性高的模板。
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6楼2012-01-11 10:08:19
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doublehelix

木虫 (著名写手)
★
xtaqo045(金币+1):谢谢参与
Swiss-model 先结构比对找比较同源的模型，再预测
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7楼2012-01-12 11:30:12
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