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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】相同保存条件下古老样本DNA更易降解，哪位能讲讲其中的原理
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rechkov

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】相同保存条件下古老样本DNA更易降解，哪位能讲讲其中的原理

最近在做一个历史燕麦品种的遗传多样性分析，有一些DNA样品是从120年前的燕麦样本中提取的，当然这些燕麦种子都已经失去活力，无法发芽，所以DNA是直接从种子提取的。另外一些当代对照品种的DNA是从叶片提取的。我发现，同样在4度冰箱保存，经过两三天后历史品种的DNA降解就很明显，而从新鲜组织提取的DNA却可以保存几个月以上。当然如果在零下二十度保存，历史品种也很稳定。不知道哪位有这方面的经验，给讲解一下其中的原理。是不是由于古老材料的DNA更不稳定，如果有文献证明就更好了（我找了半天也没找到相关文献）。
另外需要指出的是，刚刚提取出来的古老材料DNA质量是很好的，AFLP谱带几乎与新鲜组织提取的一样，所以我想在DNA提取之前，古老材料的DNA几乎是完整的。
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1楼 2010-12-20 04:39:40
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ben1147

木虫 (正式写手)
rechkov(金币+5):很有道理，要是有文献支持就更好了 2010-12-20 16:44:11
古老DNA链或多或少都会有一些损伤吧，虽然磷酸二酯键结构比较完整，但一些基团的丧失、碱基的缺失与修饰都有可能导致分子对环境中的不利物理化学因素更敏感，也更容易受到核酸酶的攻击
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6楼2010-12-20 11:49:04
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silicare

荣誉版主 (文坛精英)
你自己的实验能够说明这个问题吗

对照做了吗

做过几次重复？
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2楼2010-12-20 08:15:42
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rechkov

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by silicare at 2010-12-20 08:15:42:
你自己的实验能够说明这个问题吗

对照做了吗

做过几次重复？

古老样本有24个，新鲜样本70个，然后检测了34个SSR位点，几乎每个SSR位点都是对新鲜样本正常扩增，但对古老样本则出现问题。
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3楼2010-12-20 08:38:02
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)
rechkov(金币+2):是呀，我也这么想过，只是找不到证据。 2010-12-20 16:42:42
引用回帖:
Originally posted by rechkov at 2010-12-20 04:39:40:
最近在做一个历史燕麦品种的遗传多样性分析，有一些DNA样品是从120年前的燕麦样本中提取的，当然这些燕麦种子都已经失去活力，无法发芽，所以DNA是直接从种子提取的。另外一些当代对照品种的DNA是从叶片提取的。我 ...

会不会跟DNA上面的一些个修饰相关，只是瞎猜的，呵呵。
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4楼2010-12-20 09:02:28
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