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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】PCR产物的琼脂糖电泳图片
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hhb7610076

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】PCR产物的琼脂糖电泳图片



这是用3个DNA模板对14对SSR引物的PCR产物的电泳图。
用的是20微升的体系
buffer                   2微升
mg（2.5mM）     2微升
dDTP（2.5mM）  1.5微升
模板                     1微
引物（10um）     上游 1微升
                            下游 1微升
Taq                       1U

退火温度我用的温度范围

为什么同一引物有的出有的不出，麻烦大家帮看一下引物能用吗？
体系还有什么问题。谢谢了！


这是DNA的电泳图。

[ Last edited by hhb7610076 on 2010-12-21 at 09:39 ]
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1楼 2010-12-19 20:29:35
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千与千寻oO

铁虫 (小有名气)
★
hhb7610076(金币+1):谢谢参与
看了所有的回帖。感觉上应该是你的DNA的质量问题。如果条件允许的话，可以测下DNA的OD值。我也做多样性，一般浓度在100纳克左右。然后A260/280=1.8~2.0，A260/230＞2就说明DNA质量很好。
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20楼2011-04-01 13:15:07
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haitian0625

金虫 (小有名气)
★
hhb7610076(金币+1):谢谢参与
是否应该自己做一下小试，摸一下退火温度呢，合适的退火温度也是PCR的条件之一啊，合适了才可能清晰的，当然不要求产物浓度也无所谓。
不知你模板浓度有多少，模板有些少吧。
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2楼2010-12-19 20:48:11
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rioarsenal

金虫 (正式写手)
★
hhb7610076(金币+1):谢谢参与
这么多引物，首先应该用primer等软件看看是否符合做引物的条件，然后再选出合适的来做梯度PCR，确定比较合适的条件。

不知道楼主做这个实验的目的是什么
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4楼2010-12-20 02:50:04
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rechkov

木虫 (正式写手)
★
hhb7610076(金币+1):谢谢参与
我的经验呢，DNA质量对引物的扩增效率是有很大影响的，所以在相通扩增条件下，三个DNA模板的扩增效果是有很大差异的。这里你只说模板是1微升，太不精细了，你应该首先给DNA定量，然后稀释到大约相同的浓度，做SSR一般50到100纳克DNA就够了，太多了有时反而扩增不出来。
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5楼2010-12-20 05:07:37
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