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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】DGGE遇到了难题，向大家求助！
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mars20081587

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】DGGE遇到了难题，向大家求助！已有6人参与

最近在做水体里细菌的V3区DGGE，引物是341f-GC和907r（参考国内外文献），我把同一个DNA模板用了不同的PCR方法跑琼脂糖电泳胶，求得最好的方法，然后用这些PCR产物跑DGGE胶，40%-64%，6%胶，明明PCR条带很亮，可是DGGE的条带却都不清晰，请教各位高手，希望能得到解答，第一张图片是PCR的图，第二张是DGGE的图。
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1楼2010-12-13 20:23:22
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tsq0126

金虫 (小有名气)
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Originally posted by 在雨中 at 2011-01-08 10:28:46:
我一般使用338F 518R的引物做DGGE。341F和907R引物扩增的片段太长，不容易分离，得不出好图。
我觉得你们的胶有问题。

做胶的各种试剂是从上海生工买的，很多人建议用SIGMA的，不过我们做的不多，买进口的太贵了，就买了国产的了。
制胶过程有什么需要特别注意的地方吗？
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8楼2011-01-08 14:06:02
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biocontrol

金虫 (小有名气)
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看天(金币+1):鼓励回答 2010-12-14 12:45:53
我以前的办法是把PCR产物浓缩2倍或者3倍。这样DGGE条带会清楚，但是背景颜色也会相应变重。
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裸奔进行时...
2楼2010-12-14 08:53:19
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tsq0126

金虫 (小有名气)

求助

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引用回帖:
Originally posted by mars20081587 at 2010-12-13 20:23:22:
最近在做水体里细菌的V3区DGGE，引物是341f-GC和907r（参考国内外文献），我把同一个DNA模板用了不同的PCR方法跑琼脂糖电泳胶，求得最好的方法，然后用这些PCR产物跑DGGE胶，40%-64%，6%胶，明明PCR条带很亮，可是 ...

同学，你的问题解决了吗？我现在和你面临一样的问题，帮帮忙。
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3楼2011-01-06 14:44:29
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tsq0126

金虫 (小有名气)
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Originally posted by tsq0126 at 2011-01-06 14:44:29:




同学，你的问题解决了吗？我现在和你面临一样的问题，帮帮忙。



这两个图是我的V3片段的PCR产物和DGGE的结果，同学相信你的问题已经解决了吧，我现在也遇到瓶颈啦，希望得到你的帮助。
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4楼2011-01-06 14:54:23
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