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mars20081587

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】DGGE遇到了难题,向大家求助! 已有6人参与

最近在做水体里细菌的V3区DGGE,引物是341f-GC和907r(参考国内外文献),我把同一个DNA模板用了不同的PCR方法跑琼脂糖电泳胶,求得最好的方法,然后用这些PCR产物跑DGGE胶,40%-64%,6%胶,明明PCR条带很亮,可是DGGE的条带却都不清晰,请教各位高手,希望能得到解答,第一张图片是PCR的图,第二张是DGGE的图。

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tsq0126

金虫 (小有名气)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 在雨中 at 2011-01-08 10:28:46:
我一般使用338F 518R的引物做DGGE。341F和907R引物扩增的片段太长,不容易分离,得不出好图。
我觉得你们的胶有问题。

做胶的各种试剂是从上海生工买的,很多人建议用SIGMA的,不过我们做的不多,买进口的太贵了,就买了国产的了。
制胶过程有什么需要特别注意的地方吗?
8楼2011-01-08 14:06:02
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biocontrol

金虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
看天(金币+1):鼓励回答 2010-12-14 12:45:53
我以前的办法是把PCR产物浓缩2倍或者3倍。这样DGGE条带会清楚,但是背景颜色也会相应变重。
裸奔进行时...
2楼2010-12-14 08:53:19
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tsq0126

金虫 (小有名气)

求助

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by mars20081587 at 2010-12-13 20:23:22:
最近在做水体里细菌的V3区DGGE,引物是341f-GC和907r(参考国内外文献),我把同一个DNA模板用了不同的PCR方法跑琼脂糖电泳胶,求得最好的方法,然后用这些PCR产物跑DGGE胶,40%-64%,6%胶,明明PCR条带很亮,可是 ...

同学,你的问题解决了吗?我现在和你面临一样的问题,帮帮忙。


3楼2011-01-06 14:44:29
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tsq0126

金虫 (小有名气)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by tsq0126 at 2011-01-06 14:44:29:




同学,你的问题解决了吗?我现在和你面临一样的问题,帮帮忙。



这两个图是我的V3片段的PCR产物和DGGE的结果,同学相信你的问题已经解决了吧,我现在也遇到瓶颈啦,希望得到你的帮助。
4楼2011-01-06 14:54:23
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