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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】用DL_POLY2.0跑完动力学以后，怎么看体系的势能是否达到平衡？
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tpp001

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】用DL_POLY2.0跑完动力学以后，怎么看体系的势能是否达到平衡？ 已有5人参与

我用dl_poly2.0跑完动力学以后，生成的轨迹文件history文件里面有势能这一项，我想查看势能是否达到平衡，怎么样才能把势能提取出来，大家都是怎么做到的？望帮忙谢谢！！
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
1楼 2010-12-12 19:33:33
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043114076

木虫 (正式写手)
★ ★
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zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-12 22:31:54
看statis 中的势能项就行了
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wangyulinup
2楼2010-12-12 19:52:04
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 043114076 at 2010-12-12 19:52:04:
看statis 中的势能项就行了

恩，不知道是怎么在statis提取的，自己编程了吗？如果是自己编的程序，能不能发上来给我用一下，好吗？？
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
3楼2010-12-12 20:17:17
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043114076

木虫 (正式写手)
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zh1987hs(金币+2):thank you 2010-12-13 10:41:46
zh1987hs(金币+2):thank you 2010-12-13 10:42:03
不需要编程，dlpoly 自带的gui就可以完成。具体的安装和使用需要看说明书，比较简单。
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4楼2010-12-13 08:49:22
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tpp001

金虫 (著名写手)
★ ★
zh1987hs(金币+2):thank you 2010-12-13 10:41:59
引用回帖:
Originally posted by 043114076 at 2010-12-13 08:49:22:
不需要编程，dlpoly 自带的gui就可以完成。具体的安装和使用需要看说明书，比较简单。

非常感谢你的回复，哦，可是我这里用的dlpoly是在别人的超算中心上运行的，他们没有安装gui。不知道你那里有dlpoly和gui的源程序吗，能不能给我发一个，我的邮箱是wangjy@ciac.jl.cn谢谢
其实很早以前我申请过dlpoly程序的下载，可是后面我把他们给我的下载密码给丢失了，所以我就没有在申请。
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
5楼2010-12-13 09:59:53
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tangdai

新虫 (初入文坛)
★
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两种方式
1.显示DL_Poly输出的势能数据，如果随时间增加，波动减小并趋于某一稳定数值，可以看做达到平衡；
2.在Understanding Molecular Simulation一书中，第四章和附录D中，介绍通过block average来计算statistical error，进而判断计算时间是否足够长的方法。用同样的方法，可以检测势能是否达到平衡。

推荐第二个方法！
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6楼2011-11-10 10:40:21
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wangyulinup

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 043114076 at 2010-12-12 19:52:04
看statis 中的势能项就行了

前辈，求你指导我：如何看STATIS，是用gui提取吗？如何用gui提取。恳请您留Q或加我Q1575957761（免贵姓王），万分感激！！
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7楼2014-06-26 15:55:16
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lanlinger13

金虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
7楼: Originally posted by wangyulinup at 2014-06-26 15:55:16
前辈，求你指导我：如何看STATIS，是用gui提取吗？如何用gui提取。恳请您留Q或加我Q1575957761（免贵姓王），万分感激！！...

安装好dlpoly的GUI，按照GUI的手册，都有说明的。不难的！
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8楼2014-11-20 11:00:42
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