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【讨论】大家好，加水后跑完分子动力学，在log中发现了问题 已有4人参与
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加水后跑完分子动力学，在log中发现了一些问题，有很多warning和一些error，希望大家能帮我看看是不是我参数设计的问题还是我加的水时不合适造成的体系问题，谢谢各位了，期待大家的回复： 这是conf文件： ############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Minimization and Equilibration of # 1kimz in a Water Box ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure ../common/1kimz_wb.psf coordinates ../common/1kimz_wb.pdb set temperature 310 set outputname 1kimz_wb_eq firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters ../common/par_all27_prot_lipid.inp temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 10. switching on switchdist 8. pairlistdist 12 # Integrator Parameters timestep 2.0 ;# 1fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 5 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Periodic Boundary Conditions cellBasisVector1 80. 0. 0. cellBasisVector2 0. 70. 0. cellBasisVector3 0. 0 75. cellOrigin 29. 85. 42. wrapAll on # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSizeX 82 PMEGridSizeY 71 PMEGridSizeZ 78 # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell no useConstantArea no langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100. langevinPistonDecay 50. langevinPistonTemp $temperature # Output outputName $outputname restartfreq 500 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 250 xstFreq 250 outputEnergies 100 outputPressure 100 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization minimize 1000 reinitvels $temperature run 5000 ;# 100ps |
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zh1987hs(金币+2):thank you 2010-12-12 18:44:56
zh1987hs(金币+2):thank you 2010-12-12 18:44:56
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现在知道为什么总是算到第528步就算不下去的原因了，是因为cellOrigin是我写的是center的值，当我帮它改成0,0,0时就可以完全算完了。下一步我想改cutoff试试，能否消去 warning：Bad global exclusion count, possible error warning: Increasing cutoff during minimization may avoid this. ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 787!.... Constraint failure :simulation has become unstable 这个问题 |
4楼2010-12-12 17:59:28
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弄到凌晨了，问题也没解决。按照坛子里出现类似问题的帖子进行尝试，发现： （1）把步长变小，行不通，还是出现同样的问题： warning：Bad global exclusion count, possible error warning: Increasing cutoff during minimization may avoid this. ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 787!.... Constraint failure :simulation has become unstable （2）按照出现的错误： warning：Bad global exclusion count, possible error warning: Increasing cutoff during minimization may avoid this. 我把cutoff的值变大，NAMD的光标不删了，log也不更新，也就是NAMD直接罢工了（选了两个值试都不行） 我把cutoff的值变小，也不行同样出现： warning：Bad global exclusion count, possible error warning: Increasing cutoff during minimization may avoid this. （3）其他的原因：psf文件有问题？？我是菜鸟也看不出来，在产生psf文件的log里没发现有任何问题。 （4）原子重叠，哎，我都不知道怎样查看，笨。 我把我的psf与pdb放到网盘里了（咱们坛子传不上来）：http://u.115.com/?ac=my#ct=frame ... id=1&cid=998954 用户名：tonme 密码：002725 （5）期待大家的指点，谢谢了。 |
2楼2010-12-12 17:43:56
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最新进展： 缩小步长不行，还是出现同样的问题。 现在我把cutoff改为2或1，发现每当算到第528步的时候就算不下去了，log文件不更新了。在linux系统终端的那个光标还在闪，不知道这是为什么？？？ 另外： conf文件里的cellBasisVector1/2/3,我一直是按照这个公式进行的： cellBasisVector1 = |min(x)-max(x)|,0,0 cellBasisVector2 = 0,|min(y)-max(y)|,0 cellBasisVector3 = 0,0,|min(z)-max(z)| cellOrigin是写的是center的值， PME我是按照baoding说的那样，cellBasisVector/PMEGridSize<=1,且是2 or 3 or 5 的倍数 我也延长了minimize的时间，可没用，只算到第528步的时候log文件就停了，知识终端的光标还在闪。 大家帮我分析一下，这是什么问题啊？？还有哪里我需要修改的？？先谢谢各位了。 psf pdb 以及conf log文件均在：网盘里了（咱们坛子传不上来）： http://u.115.com/?ac=my#ct=frame ... id=1&cid=998954 用户名：tonme 密码：002725 |
3楼2010-12-12 17:44:09
wally8962
木虫 (著名写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 5366.7
- 红花: 2
- 帖子: 1062
- 在线: 471.1小时
- 虫号: 600024
- 注册: 2008-09-12
- 性别: GG
- 专业: 生物力学
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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ETITLE: TS BOND ANGLE DIHED IMPRP ELECT VDW BOUNDARY MISC KINETIC TOTAL TEMP POTENTIAL TOTAL3 TEMPAVG PRESSURE GPRESSURE VOLUME PRESSAVG GPRESSAVG ENERGY: 0 1516885.0341 277854.0605 2061.2502 746.9674 626012.3108 9999999999.9999 0.0000 0.0000 0.0000 9999999999.9999 0.0000 9999999999.9999 9999999999.9999 0.0000 178298079.1856 125069872.6716 420000.0000 178298079.1856 125069872.6716 vdw一开始是无穷大，最后还是无穷大。 原始构型太糟糕了，好好看看 加水用的什么参数？ |
5楼2010-12-12 18:13:40
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