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meizhou

木虫 (知名作家)

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[交流] 【求助/交流】蛋白质与蛋白质的关系研究

实验现象：实验中发现某细胞病理中有几种细胞骨架蛋白被降解了，同时也通过蛋白杂交和酶活测定发现了几种蛋白酶的活化。
求助交流问题1: 那么我能通过怎样的实验设计，或者通过哪些蛋白质与蛋白质的关系数据库能找到是哪种具体的酶降解了哪种具体的蛋白？（记得以前听说有做生物信息的同学，专门做数据库，只要输入两种蛋白氨基酸序列，就能预测它们关系的）
求助交流问题2: 前面所指的数据库查到的蛋白相互作用关系，除了纯化酶和底物进行孵育，然后进行测序实验外，是否还有其他渠道和设计去证明这些关系？
求助交流问题3: 我能否通过蛋白杂交的方式，把印迹出来的条带挖下来洗洗，打质谱得到氨基酸序列啊？如果不能，是否应该通过二维电泳，然后做斑点印迹再挖胶吗？

[ Last edited by meizhou on 2010-12-6 at 18:48 ]

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1楼2010-12-06 18:46:15

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meizhou

木虫 (知名作家)

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引用回帖:

Originally posted by 三磷酸腺苷 at 2010-12-10 10:30:09:
问题1：我相信已经有些文献已经报道了这些蛋白酶和骨架的关系，你可以去查查

问题2：in vitro的生化反应是一个证据，同时你可以过表达或者干扰该蛋白酶，看能不能在非病理状态下引起降解或阻断病理模型的降解
...

问题1：同样一种细胞骨架蛋白，可能存在两种以上的蛋白酶可以水解它。如果是要确切地知道是哪一种酶起到的作用，是否应该对骨架蛋白降解片断进行测序呢？
问题2：我做的是死体模型，类似法医方面，根据死后细胞变化推理死亡时间的
问题3：我通过蛋白杂交，得知一个大蛋白被降解成两个小片段了，我想知道它是从哪个共价键断裂的，是哪种蛋白酶促进了这种断裂。

[ Last edited by meizhou on 2010-12-10 at 11:47 ]