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meizhou

木虫 (知名作家)

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[交流] 【求助/交流】蛋白质与蛋白质的关系研究

实验现象：实验中发现某细胞病理中有几种细胞骨架蛋白被降解了，同时也通过蛋白杂交和酶活测定发现了几种蛋白酶的活化。
求助交流问题1: 那么我能通过怎样的实验设计，或者通过哪些蛋白质与蛋白质的关系数据库能找到是哪种具体的酶降解了哪种具体的蛋白？（记得以前听说有做生物信息的同学，专门做数据库，只要输入两种蛋白氨基酸序列，就能预测它们关系的）
求助交流问题2: 前面所指的数据库查到的蛋白相互作用关系，除了纯化酶和底物进行孵育，然后进行测序实验外，是否还有其他渠道和设计去证明这些关系？
求助交流问题3: 我能否通过蛋白杂交的方式，把印迹出来的条带挖下来洗洗，打质谱得到氨基酸序列啊？如果不能，是否应该通过二维电泳，然后做斑点印迹再挖胶吗？

[ Last edited by meizhou on 2010-12-6 at 18:48 ]

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1楼2010-12-06 18:46:15

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木虫 (著名写手)

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meizhou(金币+20):谢谢哥们 2010-12-10 12:31:10
dhd997(金币+3):good 2010-12-10 14:33:42

引用回帖:

Originally posted by meizhou at 2010-12-06 18:46:15:
实验现象：实验中发现某细胞病理中有几种细胞骨架蛋白被降解了，同时也通过蛋白杂交和酶活测定发现了几种蛋白酶的活化。
求助交流问题1: 那么我能通过怎样的实验设计，或者通过哪些蛋白质与蛋白质 ...

没有做过，帮你出出主意：

实验现象：实验中发现某细胞病理中有几种细胞骨架蛋白被降解了，同时也通过蛋白杂交和酶活测定发现了几种蛋白酶的活化。
求助交流问题1: 那么我能通过怎样的实验设计，或者通过哪些蛋白质与蛋白质的关系数据库能找到是哪种具体的酶降解了哪种具体的蛋白？（记得以前听说有做生物信息的同学，专门做数据库，只要输入两种蛋白氨基酸序列，就能预测它们关系的）

就是说你要看看能不能将骨架蛋白和你测到的蛋白酶能不能联系起来。
既然你已经知道是骨架蛋白，同多对你研究材料的了解，想必你能得到有关氨基酸序列，同样的道理你也能找到蛋白酶的信息，通过生物信息学的确可以进行预测，蛋白酶的各种结构域，但是推测的理论上的关系。

看来你也知道生物信息学，还处于发展阶段。

求助交流问题2: 前面所指的数据库查到的蛋白相互作用关系，除了纯化酶和底物进行孵育，然后进行测序实验外，是否还有其他渠道和设计去证明这些关系？

前面通过理论分析，下面是试验阶段。
纯化酶不是很必要，前提如果你已经知道有办法检测，是否降解。

比如通过预测得到蛋白酶的催化位点：比如是Gly-Glu*-pro。那么你可以通过化学方方法对你的骨架蛋白进行甲基，或者其他修饰方法（生物素）进行标记，酶切后看结果。另外你可以先对你的蛋白酶行进确认研究，通过对已知蛋白（如ABS）进行验证。验证方法同上，然后再对你的骨架蛋白进行研究。

求助交流问题3: 我能否通过蛋白杂交的方式，把印迹出来的条带挖下来洗洗，打质谱得到氨基酸序列啊？如果不能，是否应该通过二维电泳，然后做斑点印迹再挖胶吗？

此法就为直接，有效。无论是是否进行双向电用，能够拿到分离骨架蛋白就行。
通过对你的蛋白酶进行同位素标记，利用质谱，TOF 或者ion trap 有ETD最好，可以获得蛋白酶的定量信息作为辅助信息。通过分析酶，骨架蛋白的复合体，就能知道骨架蛋白的aa 序列。通常2-5多肽就能确定一个蛋白了。