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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】DGGE中GC夹问题
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daringhong

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】DGGE中GC夹问题

请教一下，DGGE前做PCR,要在一对的引物中的一个引物一端加上长达几十个GC的发夹结构，那对于PCR的反应体系，特别是这一对引物，具有很大差别的退火温度和长度等等，这些因素对PCR反应体系是否会造成很大的影响？
我现在是先设计了一对引物，在没加GC之前先扩增了一下目的片段，感觉效果不错，然后换夹GC夹的试,就没目的条带了,不知道什么原因啊...
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1楼 2010-11-23 11:06:56
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daringhong

金虫 (小有名气)
引用回帖:
1985649楼: Originally posted by 木子勇夏 at 2013-01-22 15:33:47
虽然看到帖子是很久以前发的了，但是我想借用楼主地盘问个问题，GC夹的位置（比如是在上游引物还是下游引物，是在3’端还是5’端）对后续反应有什么影响呢？
楼主祝你实验顺利啊。

看过很多文献里，基本都是加在上游引物的，而且确定是加在5’端。祝实验顺利啊！
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7楼2013-01-23 02:09:59
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葳蕤幽蓝

铜虫 (初入文坛)
★
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1949stone: 那就一起关注啊 2011-06-09 10:13:04
不知道楼主的问题解决了没呀？我也遇到同样的问题
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2楼2011-06-09 10:09:54
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xiadongliang

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
西瓜(金币+3): 鼓励 2011-06-12 08:58:02
一般来讲，GC夹子不影响引物的退火温度等，完全按照没有GC夹子的引物来做就好。
另外，我个人觉得，做DGGE一定要用好酶，不然扩增到GC夹子这一段GC含量很高的区域可能扩增无法继续，导致PCR挺好，但是电泳效果很差。
合成GC夹子引物也要到好的公司合成，一般公司合成这种引物的质量不能保证。
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3楼2011-06-09 10:45:58
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keke0812

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
西瓜(金币+3): 鼓励交流 2011-06-12 08:58:27
我做过,退火温度计算时完全忽略GC夹子就行了,我的是52度
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4楼2011-06-09 11:00:45
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