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daringhong

金虫 (小有名气)


[交流] 【求助/交流】DGGE中GC夹问题

请教一下,DGGE前做PCR,要在一对的引物中的一个引物一端加上长达几十个GC的发夹结构,那对于PCR的反应体系,特别是这一对引物,具有很大差别的退火温度和长度等等,这些因素对PCR反应体系是否会造成很大的影响?
我现在是先设计了一对引物,在没加GC之前先扩增了一下目的片段,感觉效果不错,然后换夹GC夹的试,就没目的条带了,不知道什么原因啊...
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xiadongliang

金虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
西瓜(金币+3): 鼓励 2011-06-12 08:58:02
一般来讲,GC夹子不影响引物的退火温度等,完全按照没有GC夹子的引物来做就好。
另外,我个人觉得,做DGGE一定要用好酶,不然扩增到GC夹子这一段GC含量很高的区域可能扩增无法继续,导致PCR挺好,但是电泳效果很差。
合成GC夹子引物也要到好的公司合成,一般公司合成这种引物的质量不能保证。
3楼2011-06-09 10:45:58
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葳蕤幽蓝

铜虫 (初入文坛)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
1949stone: 那就一起关注啊 2011-06-09 10:13:04
不知道楼主的问题解决了没呀?我也遇到同样的问题
2楼2011-06-09 10:09:54
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keke0812

新虫 (初入文坛)


★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
西瓜(金币+3): 鼓励交流 2011-06-12 08:58:27
我做过,退火温度计算时完全忽略GC夹子就行了,我的是52度
4楼2011-06-09 11:00:45
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葳蕤幽蓝

铜虫 (初入文坛)


★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
西瓜(金币+1): 最好另外发帖,这样关注度更高 2011-06-12 08:58:48
请教大家,我用不带夹的引物扩增,条带很好,一换带夹的就不行了,然后我用不带夹扩增出的pcr产物纯化后再用带夹的扩,结果出现了2条带,请问大家有没有遇到过这样的情况呀?实验很真实烦心呀~~
5楼2011-06-11 20:46:08
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