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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » ChemOffice » 【求助】CHEM3D中不识别原子类型。
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hustyh0801

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】CHEM3D中不识别原子类型。 已有2人参与

小弟在CHEM3D中想输入带一个负电荷的N原子，但是软件显示No Atom Type 请教各位大侠有什么解决办法吗？
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1楼 2010-11-20 12:56:33
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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)
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Originally posted by hustyh0801 at 2010-11-20 12:56:33:
小弟在CHEM3D中想输入带一个负电荷的N原子，但是软件显示No Atom Type 请教各位大侠有什么解决办法吗？

是PDB格式吗？？呵呵！
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2楼2010-11-20 13:54:31
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hustyh0801

铁杆木虫 (著名写手)
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Originally posted by heyo_123 at 2010-11-20 13:54:31:

是PDB格式吗？？呵呵！

我就是通过CHEMDRAW 画的。然后在3D中打开，
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3楼2010-11-20 14:51:25
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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)
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Originally posted by hustyh0801 at 2010-11-20 14:51:25:

我就是通过CHEMDRAW 画的。然后在3D中打开，

局部带点离子的计算，不可以吧！只能对整体设置！
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4楼2010-11-20 19:33:31
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hustyh0801

铁杆木虫 (著名写手)
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Originally posted by heyo_123 at 2010-11-20 19:33:31:

局部带点离子的计算，不可以吧！只能对整体设置！

也就是说，电荷只能设置整体的，但是这样的话如果体系没有共轭离域，这个电荷岂不是没有确定的归属，这对后续的计算结果没有影响吗？？
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5楼2010-11-20 21:10:29
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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)
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Originally posted by hustyh0801 at 2010-11-20 21:10:29:

也就是说，电荷只能设置整体的，但是这样的话如果体系没有共轭离域，这个电荷岂不是没有确定的归属，这对后续的计算结果没有影响吗？？

电子这东西？？？在分子中好像不属于某一个原子吧？？
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6楼2010-11-20 21:21:00
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hustyh0801

铁杆木虫 (著名写手)
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Originally posted by heyo_123 at 2010-11-20 21:21:00:

电子这东西？？？在分子中好像不属于某一个原子吧？？

楼上的意思是说在计算过程中，程序会根据各原子的性质比如说电负性来确定电荷在各个原子的分布是吧？
举个例子说[N(R)2]-1其中R是烷基，从简单的八偶律来讲这个电荷在N上使N原子满足八电子，但是从分子轨道的理论而言这个电荷依然是分布于整个分子的，只是由于N的电负性等原因使得这一电子主要集中于N原子上。请问可以这样理解吗？
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7楼2010-11-20 21:33:33
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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)
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Originally posted by hustyh0801 at 2010-11-20 21:33:33:

楼上的意思是说在计算过程中，程序会根据各原子的性质比如说电负性来确定电荷在各个原子的分布是吧？
举个例子说[N(R)2]-1其中R是烷基，从简单的八偶律来讲这个电荷在N上使N原子满足八电子，但是从分子轨道的理 ...

对！
8楼2010-11-20 21:42:36
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hustyh0801

铁杆木虫 (著名写手)
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Originally posted by heyo_123 at 2010-11-20 21:42:36:

对！

学习了，感谢版主指导，以后有问题还请多多指教！
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9楼2010-11-20 21:51:38
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