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snowmami

新虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】有人会用XcrysDen给各个原子标上序号么？

我用WIEN2k算ZnO摻Ni的超胞，到了计算DOS一步，我必须要知道我要算的那个原子在哪里，但是不会在XcrysDen上标出，我是个新手，请详细指教！

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1楼 2010-11-19 09:38:02

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gzqdyouxia

金虫 (著名写手)

★ ★
youzhizhe(金币+2):谢谢交流。 2010-12-05 22:47:09

引用回帖:

Originally posted by snowmami at 2010-11-21 15:41:13:

你说的是摻杂原子的计算，如果想得到Zn、O原子的PDOS不是要先选择好它的位置么，你一般是怎么选的呢？我是选一种和Ni原子编号接近的，另一种和Ni编号离得最远的，比如上面就选Zn1、O3和Zn17、O21这两种情况比较 ...

我有一个办法可以实现你的要求，你进入xcrysden后，看左下角，点击atominfo的键，然后再去点相关原子，就可以看到这个原子的坐标，再去比对你的结构文件中的坐标就可以了。
还有一个办法，你如果想看某个坐标处的原子在什么位置，你可以把这个坐标处的原子如O，从Z＝8变成Z＝7，在从xcrysden上看的时候，这个O就变成N了，就可以很清晰的看到他在什么位置，然后在改过来就好啦。
不知道对你有没有帮助，祝好运，对啦，我对你们那种画PDOS的方法很好奇，可不可以详细的说明一下是怎么画的阿。谢谢

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12楼2010-12-02 21:42:04

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gzqdyouxia

金虫 (著名写手)

★
zzy870720z(金币+1):谢谢提示 2010-11-19 22:23:15

按快捷键：s，会现实你的Ni原子的，不知道是不是你要的答案

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2楼2010-11-19 22:16:00

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snowmami

新虫 (正式写手)

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引用回帖:

Originally posted by gzqdyouxia at 2010-11-19 22:16:00:

按快捷键：s，会现实你的Ni原子的，不知道是不是你要的答案

你的回答很好，让我学了很重要的一招，还有什么快捷键，能否都告知？我的没有help文件，先谢谢你了
不过，我想表示原子顺序，在wien2k计算时生成的*.structnn文件里有第几个原子的编号，就是Zn、O、Ni后面的数字，下面是能否在XcrysDen中标上呢？
Zn1       NPT=  781  R0=0.00005000 RMT= 1.9400 Z: 30.0
                  1.0000000 0.0000000 0.0000000
                  0.0000000 1.0000000 0.0000000
                  0.0000000 0.0000000 1.0000000
   -2 0.66667000 0.33333000 0.00105000
            1                8
Zn2       NPT=  781  R0=0.00005000 RMT= 1.9400 Z: 30.0
                  1.0000000 0.0000000 0.0000000
                  0.0000000 1.0000000 0.0000000
                  0.0000000 0.0000000 1.0000000
   -3 0.16667000 0.33333000 0.19025000
            2                8
   -3 0.66667000 0.83333000 0.19025000
O 3       NPT=  781  R0=0.00010000 RMT= 1.7200 Z:  8.0
                  1.0000000 0.0000000 0.0000000
                  0.0000000 1.0000000 0.0000000
                  0.0000000 0.0000000 1.0000000
   -4 0.66667000 0.33333000 0.19025000
            1                8
O 4       NPT=  781  R0=0.00010000 RMT= 1.7200 Z:  8.0
                  1.0000000 0.0000000 0.0000000
                  0.0000000 1.0000000 0.0000000
                  0.0000000 0.0000000 1.0000000
   -5 0.33333000 0.16667000 0.25105000
            2                8
   -5 0.83333000 0.66667000 0.25105000
Zn5       NPT=  781  R0=0.00005000 RMT= 1.9400 Z: 30.0
                  1.0000000 0.0000000 0.0000000
                  0.0000000 1.0000000 0.0000000
                  0.0000000 0.0000000 1.0000000
   -6 0.33333000 0.16667000 0.75105000
            2                8
   -6 0.83333000 0.66667000 0.75105000
Zn6       NPT=  781  R0=0.00005000 RMT= 1.9400 Z: 30.0
                  1.0000000 0.0000000 0.0000000
                  0.0000000 1.0000000 0.0000000
                  0.0000000 0.0000000 1.0000000
   -7 0.33333000 0.16667000 0.44025000
            2                8
   -7 0.83333000 0.66667000 0.44025000
O 7       NPT=  781  R0=0.00010000 RMT= 1.7200 Z:  8.0
                  1.0000000 0.0000000 0.0000000
                  0.0000000 1.0000000 0.0000000
                  0.0000000 0.0000000 1.0000000
   -8 0.83333000 0.16667000 0.25105000
            1                8
Zn8       NPT=  781  R0=0.00005000 RMT= 1.9400 Z: 30.0
                  1.0000000 0.0000000 0.0000000
                  0.0000000 1.0000000 0.0000000
                  0.0000000 0.0000000 1.0000000
   -9 0.83333000 0.16667000 0.75105000
            1                8
Zn9       NPT=  781  R0=0.00005000 RMT= 1.9400 Z: 30.0
                  1.0000000 0.0000000 0.0000000
                  0.0000000 1.0000000 0.0000000
                  0.0000000 0.0000000 1.0000000
   -10 0.83333000 0.16667000 0.44025000
            1                8
O 10    NPT=  781  R0=0.00010000 RMT= 1.7200 Z:  8.0
                  1.0000000 0.0000000 0.0000000
                  0.0000000 1.0000000 0.0000000
                  0.0000000 0.0000000 1.0000000
   -11 0.16667000 0.83333000 0.00105000
            1                8
Zn11    NPT=  781  R0=0.00005000 RMT= 1.9400 Z: 30.0
                  1.0000000 0.0000000 0.0000000
                  0.0000000 1.0000000 0.0000000
                  0.0000000 0.0000000 1.0000000
   -12 0.16667000 0.83333000 0.19025000
            1                8
O 12    NPT=  781  R0=0.00010000 RMT= 1.7200 Z:  8.0
                  1.0000000 0.0000000 0.0000000
                  0.0000000 1.0000000 0.0000000
                  0.0000000 0.0000000 1.0000000
   -13 0.33333000 0.66667000 0.25105000
            1                8
Zn13    NPT=  781  R0=0.00005000 RMT= 1.9400 Z: 30.0
                  1.0000000 0.0000000 0.0000000
                  0.0000000 1.0000000 0.0000000
                  0.0000000 0.0000000 1.0000000
   -14 0.33333000 0.66667000 0.75105000
            1                8
Zn14    NPT=  781  R0=0.00005000 RMT= 1.9400 Z: 30.0
                  1.0000000 0.0000000 0.0000000
                  0.0000000 1.0000000 0.0000000
                  0.0000000 0.0000000 1.0000000
   -15 0.33333000 0.66667000 0.44025000
            1                8
O 15    NPT=  781  R0=0.00010000 RMT= 1.7200 Z:  8.0
                  1.0000000 0.0000000 0.0000000
                  0.0000000 1.0000000 0.0000000
                  0.0000000 0.0000000 1.0000000
   -16 0.16667000 0.33333000 0.50105000
            2                8
   -16 0.66667000 0.83333000 0.50105000
Zn16    NPT=  781  R0=0.00005000 RMT= 1.9400 Z: 30.0
                  1.0000000 0.0000000 0.0000000
                  0.0000000 1.0000000 0.0000000
                  0.0000000 0.0000000 1.0000000
   -17 0.66667000 0.33333000 0.50105000
            1                8
Zn17    NPT=  781  R0=0.00005000 RMT= 1.9400 Z: 30.0
                  1.0000000 0.0000000 0.0000000
                  0.0000000 1.0000000 0.0000000
                  0.0000000 0.0000000 1.0000000
   -18 0.16667000 0.33333000 0.69025000
            2                8
   -18 0.66667000 0.83333000 0.69025000
O 18    NPT=  781  R0=0.00010000 RMT= 1.7200 Z:  8.0
                  1.0000000 0.0000000 0.0000000
                  0.0000000 1.0000000 0.0000000
                  0.0000000 0.0000000 1.0000000
   -19 0.66667000 0.33333000 0.69025000
            1                8
O 19    NPT=  781  R0=0.00010000 RMT= 1.7200 Z:  8.0
                  1.0000000 0.0000000 0.0000000
                  0.0000000 1.0000000 0.0000000
                  0.0000000 0.0000000 1.0000000
   -20 0.33333000 0.16667000 0.94025000
            2                8
   -20 0.83333000 0.66667000 0.94025000
O 20    NPT=  781  R0=0.00010000 RMT= 1.7200 Z:  8.0
                  1.0000000 0.0000000 0.0000000
                  0.0000000 1.0000000 0.0000000
                  0.0000000 0.0000000 1.0000000
   -21 0.83333000 0.16667000 0.94025000
            1                8
O 21    NPT=  781  R0=0.00010000 RMT= 1.7200 Z:  8.0
                  1.0000000 0.0000000 0.0000000
                  0.0000000 1.0000000 0.0000000
                  0.0000000 0.0000000 1.0000000
   -22 0.16667000 0.83333000 0.50105000
            1                8
Ni22    NPT=  781  R0=0.00005000 RMT= 1.9400 Z: 28.0
                  1.0000000 0.0000000 0.0000000
                  0.0000000 1.0000000 0.0000000
                  0.0000000 0.0000000 1.0000000
   -23 0.16667000 0.83333000 0.69025000
            1                8
O 23    NPT=  781  R0=0.00010000 RMT= 1.7200 Z:  8.0
                  1.0000000 0.0000000 0.0000000
                  0.0000000 1.0000000 0.0000000
                  0.0000000 0.0000000 1.0000000
   -24 0.33333000 0.66667000 0.94025000
            1                8
O 24    NPT=  781  R0=0.00010000 RMT= 1.7200 Z:  8.0
                  1.0000000 0.0000000 0.0000000
                  0.0000000 1.0000000 0.0000000
                  0.0000000 0.0000000 1.0000000

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lan徉yang

铁虫 (初入文坛)

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zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-11-21 15:08:35

引用回帖:

Originally posted by snowmami at 2010-11-20 17:41:29:

你的回答很好，让我学了很重要的一招，还有什么快捷键，能否都告知？我的没有help文件，先谢谢你了
不过，我想表示原子顺序，在wien2k计算时生成的*.structnn文件里有第几个原子的编号，就是Zn、O、Ni后面的数 ...

这个好像不能吧，我也不太清楚，我们计算的时候都是现根据你想要计算的那个原子的坐标大体上确认一下位置，然后再通过替代那个原子（换成别的原子后颜色不一样）来进一步确认，也不是很麻烦，呵呵，希望你能得到高手指点，我们也学学。

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4楼2010-11-21 13:19:49

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snowmami

[交流] 【求助】有人会用XcrysDen给各个原子标上序号么？

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