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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Wien2k&FLAPW&ELK » 【求助】有人会用XcrysDen给各个原子标上序号么？
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snowmami

新虫 (正式写手)

[交流] 【求助】有人会用XcrysDen给各个原子标上序号么？

我用WIEN2k算ZnO摻Ni的超胞，到了计算DOS一步，我必须要知道我要算的那个原子在哪里，但是不会在XcrysDen上标出，我是个新手，请详细指教！
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1楼 2010-11-19 09:38:02
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gzqdyouxia

金虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢提示 2010-11-19 22:23:15
按快捷键：s，会现实你的Ni原子的，不知道是不是你要的答案
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2楼2010-11-19 22:16:00
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snowmami

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by gzqdyouxia at 2010-11-19 22:16:00:
按快捷键：s，会现实你的Ni原子的，不知道是不是你要的答案

你的回答很好，让我学了很重要的一招，还有什么快捷键，能否都告知？我的没有help文件，先谢谢你了
不过，我想表示原子顺序，在wien2k计算时生成的*.structnn文件里有第几个原子的编号，就是Zn、O、Ni后面的数字，下面是能否在XcrysDen中标上呢？
Zn1        NPT=  781  R0=0.00005000 RMT=    1.9400   Z: 30.0
                     1.0000000 0.0000000 0.0000000
                     0.0000000 1.0000000 0.0000000
                     0.0000000 0.0000000 1.0000000
      -2    0.66667000   0.33333000   0.00105000
                1                  8
Zn2        NPT=  781  R0=0.00005000 RMT=    1.9400   Z: 30.0
                     1.0000000 0.0000000 0.0000000
                     0.0000000 1.0000000 0.0000000
                     0.0000000 0.0000000 1.0000000
      -3    0.16667000   0.33333000   0.19025000
                2                  8
      -3    0.66667000   0.83333000   0.19025000
O 3        NPT=  781  R0=0.00010000 RMT=    1.7200   Z:  8.0
                     1.0000000 0.0000000 0.0000000
                     0.0000000 1.0000000 0.0000000
                     0.0000000 0.0000000 1.0000000
      -4    0.66667000   0.33333000   0.19025000
                1                  8
O 4        NPT=  781  R0=0.00010000 RMT=    1.7200   Z:  8.0
                     1.0000000 0.0000000 0.0000000
                     0.0000000 1.0000000 0.0000000
                     0.0000000 0.0000000 1.0000000
      -5    0.33333000   0.16667000   0.25105000
                2                  8
      -5    0.83333000   0.66667000   0.25105000
Zn5        NPT=  781  R0=0.00005000 RMT=    1.9400   Z: 30.0
                     1.0000000 0.0000000 0.0000000
                     0.0000000 1.0000000 0.0000000
                     0.0000000 0.0000000 1.0000000
      -6    0.33333000   0.16667000   0.75105000
                2                  8
      -6    0.83333000   0.66667000   0.75105000
Zn6        NPT=  781  R0=0.00005000 RMT=    1.9400   Z: 30.0
                     1.0000000 0.0000000 0.0000000
                     0.0000000 1.0000000 0.0000000
                     0.0000000 0.0000000 1.0000000
      -7    0.33333000   0.16667000   0.44025000
                2                  8
      -7    0.83333000   0.66667000   0.44025000
O 7        NPT=  781  R0=0.00010000 RMT=    1.7200   Z:  8.0
                     1.0000000 0.0000000 0.0000000
                     0.0000000 1.0000000 0.0000000
                     0.0000000 0.0000000 1.0000000
      -8    0.83333000   0.16667000   0.25105000
                1                  8
Zn8        NPT=  781  R0=0.00005000 RMT=    1.9400   Z: 30.0
                     1.0000000 0.0000000 0.0000000
                     0.0000000 1.0000000 0.0000000
                     0.0000000 0.0000000 1.0000000
      -9    0.83333000   0.16667000   0.75105000
                1                  8
Zn9        NPT=  781  R0=0.00005000 RMT=    1.9400   Z: 30.0
                     1.0000000 0.0000000 0.0000000
                     0.0000000 1.0000000 0.0000000
                     0.0000000 0.0000000 1.0000000
     -10    0.83333000   0.16667000   0.44025000
                1                  8
O 10       NPT=  781  R0=0.00010000 RMT=    1.7200   Z:  8.0
                     1.0000000 0.0000000 0.0000000
                     0.0000000 1.0000000 0.0000000
                     0.0000000 0.0000000 1.0000000
     -11    0.16667000   0.83333000   0.00105000
                1                  8
Zn11       NPT=  781  R0=0.00005000 RMT=    1.9400   Z: 30.0
                     1.0000000 0.0000000 0.0000000
                     0.0000000 1.0000000 0.0000000
                     0.0000000 0.0000000 1.0000000
     -12    0.16667000   0.83333000   0.19025000
                1                  8
O 12       NPT=  781  R0=0.00010000 RMT=    1.7200   Z:  8.0
                     1.0000000 0.0000000 0.0000000
                     0.0000000 1.0000000 0.0000000
                     0.0000000 0.0000000 1.0000000
     -13    0.33333000   0.66667000   0.25105000
                1                  8
Zn13       NPT=  781  R0=0.00005000 RMT=    1.9400   Z: 30.0
                     1.0000000 0.0000000 0.0000000
                     0.0000000 1.0000000 0.0000000
                     0.0000000 0.0000000 1.0000000
     -14    0.33333000   0.66667000   0.75105000
                1                  8
Zn14       NPT=  781  R0=0.00005000 RMT=    1.9400   Z: 30.0
                     1.0000000 0.0000000 0.0000000
                     0.0000000 1.0000000 0.0000000
                     0.0000000 0.0000000 1.0000000
     -15    0.33333000   0.66667000   0.44025000
                1                  8
O 15       NPT=  781  R0=0.00010000 RMT=    1.7200   Z:  8.0
                     1.0000000 0.0000000 0.0000000
                     0.0000000 1.0000000 0.0000000
                     0.0000000 0.0000000 1.0000000
     -16    0.16667000   0.33333000   0.50105000
                2                  8
     -16    0.66667000   0.83333000   0.50105000
Zn16       NPT=  781  R0=0.00005000 RMT=    1.9400   Z: 30.0
                     1.0000000 0.0000000 0.0000000
                     0.0000000 1.0000000 0.0000000
                     0.0000000 0.0000000 1.0000000
     -17    0.66667000   0.33333000   0.50105000
                1                  8
Zn17       NPT=  781  R0=0.00005000 RMT=    1.9400   Z: 30.0
                     1.0000000 0.0000000 0.0000000
                     0.0000000 1.0000000 0.0000000
                     0.0000000 0.0000000 1.0000000
     -18    0.16667000   0.33333000   0.69025000
                2                  8
     -18    0.66667000   0.83333000   0.69025000
O 18       NPT=  781  R0=0.00010000 RMT=    1.7200   Z:  8.0
                     1.0000000 0.0000000 0.0000000
                     0.0000000 1.0000000 0.0000000
                     0.0000000 0.0000000 1.0000000
     -19    0.66667000   0.33333000   0.69025000
                1                  8
O 19       NPT=  781  R0=0.00010000 RMT=    1.7200   Z:  8.0
                     1.0000000 0.0000000 0.0000000
                     0.0000000 1.0000000 0.0000000
                     0.0000000 0.0000000 1.0000000
     -20    0.33333000   0.16667000   0.94025000
                2                  8
     -20    0.83333000   0.66667000   0.94025000
O 20       NPT=  781  R0=0.00010000 RMT=    1.7200   Z:  8.0
                     1.0000000 0.0000000 0.0000000
                     0.0000000 1.0000000 0.0000000
                     0.0000000 0.0000000 1.0000000
     -21    0.83333000   0.16667000   0.94025000
                1                  8
O 21       NPT=  781  R0=0.00010000 RMT=    1.7200   Z:  8.0
                     1.0000000 0.0000000 0.0000000
                     0.0000000 1.0000000 0.0000000
                     0.0000000 0.0000000 1.0000000
     -22    0.16667000   0.83333000   0.50105000
                1                  8
Ni22       NPT=  781  R0=0.00005000 RMT=    1.9400   Z: 28.0
                     1.0000000 0.0000000 0.0000000
                     0.0000000 1.0000000 0.0000000
                     0.0000000 0.0000000 1.0000000
     -23    0.16667000   0.83333000   0.69025000
                1                  8
O 23       NPT=  781  R0=0.00010000 RMT=    1.7200   Z:  8.0
                     1.0000000 0.0000000 0.0000000
                     0.0000000 1.0000000 0.0000000
                     0.0000000 0.0000000 1.0000000
     -24    0.33333000   0.66667000   0.94025000
                1                  8
O 24       NPT=  781  R0=0.00010000 RMT=    1.7200   Z:  8.0
                     1.0000000 0.0000000 0.0000000
                     0.0000000 1.0000000 0.0000000
                     0.0000000 0.0000000 1.0000000
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3楼2010-11-20 17:41:29
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lan徉yang

铁虫 (初入文坛)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-11-21 15:08:35
引用回帖:
Originally posted by snowmami at 2010-11-20 17:41:29:

你的回答很好，让我学了很重要的一招，还有什么快捷键，能否都告知？我的没有help文件，先谢谢你了
不过，我想表示原子顺序，在wien2k计算时生成的*.structnn文件里有第几个原子的编号，就是Zn、O、Ni后面的数 ...

这个好像不能吧，我也不太清楚，我们计算的时候都是现根据你想要计算的那个原子的坐标大体上确认一下位置，然后再通过替代那个原子（换成别的原子后颜色不一样）来进一步确认，也不是很麻烦，呵呵，希望你能得到高手指点，我们也学学。
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4楼2010-11-21 13:19:49
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snowmami

新虫 (正式写手)
★
youzhizhe(金币+1):鼓励交流。 2010-12-03 01:31:00
引用回帖:
Originally posted by lan徉yang at 2010-11-21 13:19:49:

这个好像不能吧，我也不太清楚，我们计算的时候都是现根据你想要计算的那个原子的坐标大体上确认一下位置，然后再通过替代那个原子（换成别的原子后颜色不一样）来进一步确认，也不是很麻烦，呵呵，希望你能得到 ...

你说的是摻杂原子的计算，如果想得到Zn、O原子的PDOS不是要先选择好它的位置么，你一般是怎么选的呢？我是选一种和Ni原子编号接近的，另一种和Ni编号离得最远的，比如上面就选Zn1、O3和Zn17、O21这两种情况比较，看哪个更利于分析，就用哪个，不知这样对么，还请高手多多指教！
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5楼2010-11-21 15:41:13
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bingmou

金虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-11-21 23:06:41
这些快捷键在软件里面都有
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6楼2010-11-21 19:45:09
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lan徉yang

铁虫 (初入文坛)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-11-21 23:06:50
引用回帖:
Originally posted by snowmami at 2010-11-21 15:41:13:

你说的是摻杂原子的计算，如果想得到Zn、O原子的PDOS不是要先选择好它的位置么，你一般是怎么选的呢？我是选一种和Ni原子编号接近的，另一种和Ni编号离得最远的，比如上面就选Zn1、O3和Zn17、O21这两种情况比较 ...

你计算原子dos所用的方法和我们的差不多，都是选近邻和次近邻的，其他选择位置的方法，我们也是借鉴别人文献的。看来我们是同一条战线的战友，希望以后多多交流啊，呵呵。
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7楼2010-11-21 20:34:51
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snowmami

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by bingmou at 2010-11-21 19:45:09:
这些快捷键在软件里面都有

请问是打开help么？
我的help打不开，可能是安装的问题，您能告诉我一些常用的么？主要是标上序号用哪个？先谢谢了
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8楼2010-11-22 15:52:35
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bingmou

金虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-11-22 23:37:18
引用回帖:
Originally posted by snowmami at 2010-11-22 15:52:35:

请问是打开help么？
我的help打不开，可能是安装的问题，您能告诉我一些常用的么？主要是标上序号用哪个？先谢谢了

不是help，而是打开各个菜单的时候每个功能的后面都有快捷键提示的
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9楼2010-11-22 21:38:30
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snowmami

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by bingmou at 2010-11-22 21:38:30:

不是help，而是打开各个菜单的时候每个功能的后面都有快捷键提示的

谢谢回复，你说得我明白，但是我根本不知道标原子序号该用点击哪个菜单，自然不能找到相对应的快捷键了，呵呵，见笑了
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10楼2010-11-23 15:08:05
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gzqdyouxia

金虫 (著名写手)
★
youzhizhe(金币+1):谢谢交流。 2010-12-05 22:47:20
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Originally posted by snowmami at 2010-11-23 15:08:05:

谢谢回复，你说得我明白，但是我根本不知道标原子序号该用点击哪个菜单，自然不能找到相对应的快捷键了，呵呵，见笑了

快捷键还用学么，键盘上就那么几个键，挨个试试不就知道效果了，大不了在加上shift，ctrl，或者ctrl+shift
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11楼2010-12-02 21:33:57
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gzqdyouxia

金虫 (著名写手)
★ ★
youzhizhe(金币+2):谢谢交流。 2010-12-05 22:47:09
引用回帖:
Originally posted by snowmami at 2010-11-21 15:41:13:

你说的是摻杂原子的计算，如果想得到Zn、O原子的PDOS不是要先选择好它的位置么，你一般是怎么选的呢？我是选一种和Ni原子编号接近的，另一种和Ni编号离得最远的，比如上面就选Zn1、O3和Zn17、O21这两种情况比较 ...

我有一个办法可以实现你的要求，你进入xcrysden后，看左下角，点击atominfo的键，然后再去点相关原子，就可以看到这个原子的坐标，再去比对你的结构文件中的坐标就可以了。
还有一个办法，你如果想看某个坐标处的原子在什么位置，你可以把这个坐标处的原子如O，从Z＝8变成Z＝7，在从xcrysden上看的时候，这个O就变成N了，就可以很清晰的看到他在什么位置，然后在改过来就好啦。
不知道对你有没有帮助，祝好运，对啦，我对你们那种画PDOS的方法很好奇，可不可以详细的说明一下是怎么画的阿。谢谢
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12楼2010-12-02 21:42:04
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snowmami

新虫 (正式写手)
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Originally posted by gzqdyouxia at 2010-12-02 21:42:04:

我有一个办法可以实现你的要求，你进入xcrysden后，看左下角，点击atominfo的键，然后再去点相关原子，就可以看到这个原子的坐标，再去比对你的结构文件中的坐标就可以了。
还有一个办法，你如果想看某个坐标处 ...

这个办法可行，但不是很方便，还是要谢谢你的帮助
另外，我不太明白你的意思，需要我详细介绍什么画PDOS的方法呢？大家不都一样么，通过编辑*.int中的内容进行的。不知道你对我的回答是否满意，可以再次交流
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13楼2010-12-05 20:56:06
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gzqdyouxia

金虫 (著名写手)
★
youzhizhe(金币+1):谢谢交流。 2010-12-05 22:47:48
引用回帖:
Originally posted by snowmami at 2010-12-05 20:56:06:

这个办法可行，但不是很方便，还是要谢谢你的帮助
另外，我不太明白你的意思，需要我详细介绍什么画PDOS的方法呢？大家不都一样么，通过编辑*.int中的内容进行的。不知道你对我的回答是否满意，可以再次交流

哦，我听你上面帖子说画PDOS还要关注坐标，很好奇，我平时画就是直接编辑＊.int就好了，从来没看过坐标
还有，我新发现xcrysden中atominfo里好像有标记原子序号，不知道是不是和struct中的序号一致
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14楼2010-12-05 21:01:54
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snowmami

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by gzqdyouxia at 2010-12-05 21:01:54:

哦，我听你上面帖子说画PDOS还要关注坐标，很好奇，我平时画就是直接编辑＊.int就好了，从来没看过坐标
还有，我新发现xcrysden中atominfo里好像有标记原子序号，不知道是不是和struct中的序号一致

是这样的，我之所以想知道每个原子的序号，原因是：在编辑*.int文件时不是要指定原子么，一个2*2*2的ZnO超胞中有很多Zn和O原子，算Zn原子、O原子的PDOS时，不是要知道究竟是哪一个？位置对应于struct文件在什么地方？离掺杂原子是远还是近么？难道大家都没有考虑过这些问题？很纳闷.......
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15楼2010-12-07 15:26:34
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gongjijun

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by snowmami at 2010-12-07 15:26:34:

是这样的，我之所以想知道每个原子的序号，原因是：在编辑*.int文件时不是要指定原子么，一个2*2*2的ZnO超胞中有很多Zn和O原子，算Zn原子、O原子的PDOS时，不是要知道究竟是哪一个？位置对应于struct文件在什么 ...

这倒是个问题，请高手出来讲讲吧！
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16楼2010-12-07 17:26:05
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Anchor晓晓

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问楼主问题解决了么？我是刚刚也想知道这个问题，搜索到了您，我是想计算原子之间的位移方差，所以想要确定是哪个原子与哪个原子，而且这个atomID和我们的coordinate里面的应该是一一对应的吧？我用的计算软件是OCTOPUS，还望楼主能解答。感谢感谢
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17楼2020-06-22 17:41:37
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