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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 新药研发 » 质量控制 » 【求助】计算机辅助药物设计
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姚海峰

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】计算机辅助药物设计

计算机辅助药物设计的相关资源，包括软件，非常感谢
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1楼2010-11-08 23:38:22
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zhouwei8511

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
药物设计SPROUT，你看看能不能申请个试用。凡默谷公司的。
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7楼2011-12-09 15:28:38
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zhenguo86

木虫 (著名写手)
我有软件太大，可从迅雷下载，我下了三周，才下载完
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2楼2010-11-10 10:26:11
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ronalbeck

银虫 (正式写手)
★
caoyuan521(金币+1):谢谢参与！ 2010-11-10 21:50:26
姚海峰(金币+10):非常感谢你，希望以后我们能继续合作 2010-11-10 23:53:19
中文名: 计算机辅助药物设计软件
英文名: Molegro Virtual Docker for Mac
资源格式: 压缩包
版本: v4.1.0 苹果版
制作发行: Molegro ApS.地区: 丹麦
语言: 英文
简介:

软件类型：行业软件－健康医药
软件性质：商业破解软件
操作系统：Mac OS X
应用平台：Mac OS X 10.5或更高版本
问题反馈： info@molegro.com
网站链接：http://www.molegro.com/index.php
Molegro Vitual Docker --计算机辅助药物设计软件。是跨平台(Windows/MacOSX/Linux)的预测蛋白质跟化学小分子结合的软件，软件提供在Docking过程中所需的所有功能，从分子结构的preparation到binding site的预测以及最后的小分子的结合未知及构造 (conformation)。软件本身由最新的演算法，可以提供高准确性的docking结果，以及简单好用的视窗界面操作。
Molegro Virtual Docking提供：
1、高准确性的docking结果，与其他docking软件想比较之下，为准确率最好的(MVD: 87%, Glide: 82%, Surflex: 75%, FlexX: 58%)
2、简单易用的软件界面：提供互动步骤方法 (wizard)，让使用者可以很快的设定及执行docking，也针对docking结果提供完整的视觉及分析工具。
3、跨平台的整合：Molegro Virtual Docker 提供在Linux, Windows,及Mac平台的版本以及其结果可以在各平台存取

软件提供Docking的互动步骤来进行Docking的计算，在互动模式中，可以提供：

选择哪些分子要进行Docking计算；
选择哪个键结区域来进行Docking计算(MVD)会先自动计算出有可能的binding pockets
设定演算法及计算过程的参数设定
管理及增加额外的限制条件
在计算的过程中检查计算过程中的错误状况
其他特征:
a. 可以在Mac (PowerPC及Intel), Linux (32-bit及64-bit), 及 Windows的平台执行
b. 提供巨集的功能
c. 提供客制化的分子表面及骨干的表示
d. Biomolecule generator可以转换PDB档案给软件来用
e. 提供文字标示分子的特性
f. 提供线上帮助及检查新版更新
g. 提供使用MVD本身的scripting language及其他程式语言(Python已经包含)
h. Pose Modifier可以提供使用者修改化学分子的结构

Overview

Molegro Virtual Docker is an integrated platform for predicting protein - ligand interactions. Molegro Virtual Docker handles all aspects of the docking process from preparation of the molecules to determination of the potential binding sites of the target protein, and prediction of the binding modes of the ligands.
Molegro Virtual Docker offers high-quality docking based on a novel optimization technique combined with a user interface experience focusing on usability and productivity.
The Molegro Virtual Docker (MVD) has been shown to yield higher docking accuracy than other state-of-the-art docking products (MVD: 87%, Glide: 82%, Surflex: 75%, FlexX: 58%).

Molegro Virtual Docker provides

High docking accuracy: the docking engine has been proven to correctly identify binding modes with high accuracy. Molegro Virtual Docker has been shown to outperform other docking programs with regard to identification of correct binding modes (see the technology pages for more information).
Easy-to-use interface: the built-in wizards enable the user to easily setup and perform docking runs. Advanced visualization and analysis tools are provided to examine ligand-receptor interactions and fine-tune found docking solutions.
Cross-platform: supported on Linux, Windows and Mac, allowing easy interoperability between platforms.








来自：http://www.verycd.com/topics/2839970/
或看一下这个帖子：http://www.namipan.com/d/13.3.pd ... 50322c5dc3aa08c0300
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3楼2010-11-10 14:52:36
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jumper158

金虫 (正式写手)
姚海峰(金币+1): 2010-11-17 10:15:33
我推荐几个常用的，DS，schrodinger
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5楼2010-11-15 21:10:19
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