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汕头大学海洋科学接受调剂
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fly771125

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助成功】AmorphousCellConst 无定形晶胞构建时出错,求助解决方法,谢谢

构建glucose无定形晶胞,
之前做个5 molecules, 20 monomers of chain length each molecule, 没有问题,

今天做30 monomer,2 molecules都不成功
warning 如下:
AmorphousCellConstruct has finished with no arc file.
This usually indicates that all building attempts resulted in structures containing ring catenations or spearing.
ERROR Please see the acclog file for further details.

我的理解就是Glucose有环状存在,在做amorphous cell 构建时环过多容易产生spearing和catenation

能否有人告诉我解决的办法,非常感谢!

求助成功

[ Last edited by fly771125 on 2010-12-15 at 05:36 ]
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人往往因为丁点儿的梦想,就有了属于自己的传奇!
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fly771125

木虫 (正式写手)


zzy870720z(金币+1):谢谢总结,如果问题解决,请帮忙吧标题修改为【求助成功】,谢谢合作 2010-12-11 08:36:25
没有太完美的解决方法,写几个仅供参考
1,体系初始密度设小一些
2,使用ramp逼近需要的密度
3,盒子里面填充溶剂来避免环之间太近

cite the answer by qasd

Thank you! I will try these ways to solve my problem.
人往往因为丁点儿的梦想,就有了属于自己的传奇!
5楼2010-12-11 03:01:07
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fly771125

木虫 (正式写手)

没有人碰到这个问题吗?
人往往因为丁点儿的梦想,就有了属于自己的传奇!
2楼2010-12-02 01:24:46
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pumf

木虫 (正式写手)


ellsaking(金币+1):谢谢回帖交流~ 2010-12-07 09:42:52
没碰到过,我一直碰到的是没有力场,但是明明在AC的compass力场中有我要建立的原子的力场,且我用discover运算也没有问题,但是就是用AC建模的时候不行。请知道的高手指教,多谢了。
3楼2010-12-07 09:40:02
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fly771125

木虫 (正式写手)

Does anyone help us to figure it out?
人往往因为丁点儿的梦想,就有了属于自己的传奇!
4楼2010-12-08 06:14:53
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