应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 【求助】CuBTC MOF + CO2 MuSiC 问题
554/6返回列表上一页123456下一页
查看: 6658  |  回复: 101
查看全部回帖 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 3 个 模拟EPI ，点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

qphll

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】CuBTC MOF + CO2 MuSiC 问题 已有12人参与

在用MuSiC测试体系: CO2+CuBTC的时候, 发现了两个问题:
(1) 采用与文献相同模拟, 相同参数, 相同软件的情况下, 吸附量差别很大;
(2) 改变压力做吸附等温线, 不同压力下的吸附量竟然差别不大.

应该是哪里的设置有些问题. 让我细细道来, 大家评论一下.

拿来测试的文献是: Molecular Simulations and Experimental Studies of CO2, CO and N2 adsorption in Metal-Organic Frameworks, J. Phys. Chem. C, 114, 15735, 2010

更具体一点, 试图重复的数据是该文献Figure-2中, 298K下CO2在CuBTC中的吸附. 在GetData的帮助下, Figure-2中CO2在CuBTC的吸附量大致如下:

Pressure, KPa              Loading, mol/kg
41.28                          2.22
120.67                        5.40
321.05                       10.93
530.09                       12.94
720.96                       14.03
1149.34                      14.95

以41.28KPa这个压力点为例, 贴出所有我计算中用到的文件.
回复此楼

» 猜你喜欢
Life, Love, Laugh.
1楼 2010-11-03 14:13:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+8):谢谢 2010-11-07 11:38:06
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2010-11-05 19:56:27:
还发现，atm-atm文件里关于CO2原子和CuBTC之间的库伦作用，你设置为了WFCOUL计算，和你使用的EMAP中的EWALD方法是冲突，不知道这样情况下，程序运行时会用哪个方法。

这个没有问题. 原因有二:

(1) 目前MuSiC只是支持生成 LJ Pamp和 EWALD Emap, 参加官方文档.

虽然这个文档是零八年三月更新的, 但是在最新的版本源代码中, 我没有找到针对这个的更新. 所以应该还是只是支持这两类? (欢迎讨论!)

http://zeolites.cqe.northwestern ... ntation/node39.html

Current code makes pmaps and emaps for only two types of interactions. pmap for LJ, emap for EWALD. There are no combined maps yet. Non-orthogonal cases are still being tested (as of 21 march 2008)

(2) 在生成emap文件以后, 在实际计算时, 程序只是考虑emap文件中的数值. atm_atm_file中关于库仑计算的WFCOUL参数, 已经影响不到实际计算了.

总结一下,
在我这里, 如果有用到EMAP, 那么EMAP的生成是EWALD方法(只能选择这个方法), GCMC计算时对库仑力的处理, 从EMAP来, 也是EWALD方法; 如果不用EMAP, 我对体系库仑力的处理采用WFCOUL.
赞一下(1人) 回复此楼
Life, Love, Laugh.
44楼2010-11-07 05:14:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2010-11-08 13:36:12:
能将你生成EMAP时用到的Sorb-Sorb（分子-分子文件）贴出来吗？

CuBTC   CuBTC   NCOUL   OFF
CuBTC   CuBTC    COUL   OFF

probe     probe    NCOUL OFF
probe     probe    COUL  OFF


probe     CuBTC   NCOUL OFF  
probe     CuBTC    COUL  SUM FAST FIXED EWALD SFACTOR  KMAX@15  KAPPA@6.7  LOCUT@1e-10
赞一下 回复此楼
Life, Love, Laugh.
47楼2010-11-11 11:38:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)
这两天在开会, 几天没有更新, 待会写一些update.
赞一下 回复此楼
Life, Love, Laugh.
48楼2010-11-11 11:43:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by qphll at 2010-11-04 11:02:01:


说得有道理. VDW cutoff的调整, 也是我其中的一个尝试. 回头再来update, 先做会正事....

积累了好多东西没有做, 开会就像休假, 早出晚归...

先update一下这个有关VDW的问题.

上图:



由此可以看到, VDW CUTOFF是蛮能影响结果的.

正像前楼说的,  如果要和文献比较, 那么就要完全一致. 如果是自己来摸索, 一定也要做一些测试, 直到CUTOFF几乎不影响最终的结果为止.

[ Last edited by qphll on 2010-11-11 at 12:37 ]
赞一下 回复此楼
Life, Love, Laugh.
50楼2010-11-11 12:27:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)
★ ★
zh1987hs(金币+2):鼓励交流 2010-11-16 16:32:17
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2010-11-11 12:19:13:
那很奇怪的是我也照着文献做的，计算文件几乎和你一样，为何结果偏小？

差别有多少? 等我将文件整理好传给你, 所有参数, 包括计算步数完全一摸一样, 那结果的区别, 只是可能来源于随机数的调用. 在足够步数的情况下, 这个随机数带来的差别是可以忽略的.

所以如果有差别, 那么只能说明计算的步数还不够, 体系没有达到真正的平衡. 我还没有看能量的变化. 回头看完以后再上能量图.
赞一下(1人) 回复此楼
Life, Love, Laugh.
51楼2010-11-11 12:31:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)
★ ★
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-11-16 16:32:43
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2010-11-11 12:36:52:

计算步数肯定不少，1000W，但是41.19那个逸度点，计算到的吸附量只有16.5mole/uc左右，真是很奇怪，不过我的计算文件和你的不完全一样，做了一些我觉得不会影响结果的修改，比如将你的Cu-BTC中的Cb和Cc原子用一 ...

Ca, Cb, Cc的区别只是电荷, 它们的VDW是一样的. 看你怎样使用, 可能在EMAP文件的时候, 或者WFCOUL的时候, 区别就体现出来了. 我的看法, 只要有一个参数值不一样, 我就另命名一下.
赞一下(1人) 回复此楼
Life, Love, Laugh.
53楼2010-11-11 12:42:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-11-11 13:45:31
update ?

对于CO2@CuBTC的测试, 其实还没有完全收工.

如果我们看看计算中采用的VDW:

         sigma, angstrom
Cu:          3.11
Ca:          3.75
Cb:          3.75
Cc:          3.75
O:           2.96
H:           2.42

C_CO2:    2.80
O_CO2:    3.05

考虑到计算盒子的长度是 26.343 angstrom, 我采用的最大的VDW CUTOFF就是13.1 angstrom, 但是, 请注意一下, 一般计算的时候, 我们说 VDW能量的贡献, 一般至少在 4*sigma以上才能忽略.

这里是不能满足这个条件啦!!! 所以, 对于CuBTC 的 unit cell , 采用 1*1*1是不建议的!!!
赞一下(1人) 回复此楼
Life, Love, Laugh.
55楼2010-11-11 13:01:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2010-11-11 12:45:07:

好的，我接受你的建议，让CuBTC结构和文章保持一致，不过说实话，你找的这篇文献还真没说是用Music做的。

哈哈, 那个老板在她做博后的时候, 我就认识她啦. 她那个时候就是在西北Snurr那里. 今天开会的时候, 还听了她组里两个学生的报告, 还跟她握手寒暄了几句. 绝对是MuSiC计算的.
赞一下 回复此楼
Life, Love, Laugh.
56楼2010-11-11 13:08:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-11-11 13:45:24
update

如果大家有注意比较的话, (可惜我没有上传完整的log文件), 理想统计情况是我们希望将接受概率控制在50%左右.


看看这里的情况, 上图...



可以看到, 在其他情况不变的情况下, Map文件中, HighEnergyCutOFF的变化, 可以调节Acc. Ratio.

比较的是前面那些点中的 120.67 KPa那个压力点.

有什么启发吗???

[ Last edited by qphll on 2010-11-11 at 13:24 ]
赞一下(1人) 回复此楼
Life, Love, Laugh.
58楼2010-11-11 13:22:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+10):谢谢 2010-11-11 13:45:44
update:

CO2@CuBTC 用到的文件.

做了很多的测试, 修改了好多的参数. 请根据帖子里面提到的测试来修改, 如果你也想做同样的测试的话.


http://g.zhubajie.com/urllink.php?id=10185145clqphqz5y1h4gpue
赞一下(2人) 回复此楼
Life, Love, Laugh.
59楼2010-11-11 13:40:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 qphll 的主题更新
554/6返回列表上一页123456下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭