24小时热门版块排行榜    

查看: 6650  |  回复: 32
本帖产生 1 个 模拟EPI ,点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

shengxiang

木虫 (著名写手)

[交流] 【讨论】系综问题

系综的定义大家或多或少的都有所了解,但是在进行动力学模拟时怎么选择系综呢?看很多文献中都是先跑NPT,然后再跑NVT(或者NVE),这样跑的目的应该是先用NPT跑出一个合适的密度(也就是盒子尺寸)。但是,可不可以用NPT系综一下跑到底呢?这对于数据的分析有什么影响?欢迎大家一起来讨论,金币可追加!

[ Last edited by ghcacj on 2010-11-1 at 10:47 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

晶体模型计算分析 分子动力学 MD分子动力学 动力学或热力学计算
长远发展 杂七杂八 分子模拟 MDSimulation

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ouhua

金虫 (著名写手)


shengxiang(金币+1):谢谢参与
不得一个专业,不明白
5楼2010-10-31 09:28:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 33 个回答

tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
shengxiang(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-10-31 09:11:01
可以在npt下一直跑,在计算性质相同的情况下,NPT系综需要的时间要比NVT长。

所以为了节省时间,大家都是先NPT,再是NVT。

cheers
2楼2010-10-31 08:53:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dellus

木虫 (职业作家)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
shengxiang(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+6):谢谢 2010-10-31 11:29:51
shengxiang(金币+10): 2010-11-01 23:31:51
当然可以采用一种系综进行模拟
各种系综之间原则上是等价的,例如,在一个简单体系,采用NVT计算出P0,再把这个P0放入NPT进行计算V,NVT中采用的V0应该在NPT得到V的error bar之内。这个是一个重要的检查程序对错的方法。

在模拟中选取哪一种系综要看你要研究的问题是什么
譬如说,如果研究的是分相问题,最好采用NPT,因为体系在NVT中会形成相界面,会造成两相的计算很不准;
相反,如果研究相界面之间的tenssion,NVT反而更合适;
再者,研究吸附问题,muVT是比较合适的系综。

像你说的先用NPT再用NVT很可能是这种情况,在做硬球模型时,直接把球放到比较小的盒子里很不方便(因为球和球不能接触),所以先把球放入一个很大的盒子,然后在大的压强下产生一个适合小盒子的initial configuration。
另外,产生一个适合密度的说法不太准确,因为你不一定知道NPT采用的压强是否适合。

[ Last edited by dellus on 2010-10-31 at 09:28 ]
岂能尽如人意,但求无愧于心。
4楼2010-10-31 09:27:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★ ★ ★
shengxiang(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+4):谢谢 2010-10-31 11:30:12
NPT虽然比NVT多了些运算,
但因为这个调压操作不是每步都进行,
在速度上并没有降低多少.
具体选用哪个系宗不是看是否有人气,
而需要看问题的性质和解决的方法

还有, 这个帖子发在专家会诊版好像不合适
7楼2010-10-31 11:11:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 国社科又开始会评了,不知道这次命运如何 +9 雨打竹帘 2026-08-30 13/650 2026-09-03 08:16 by kudofaye
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +8 gdd2018 2026-08-28 13/650 2026-09-03 06:22 by 羽毛枫f
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ero8OE6tv9cu 2026-09-02 4/200 2026-09-03 03:14 by rM1TE0WVDIIY
[博后之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ero8OE6tv9cu 2026-09-02 6/300 2026-09-02 23:59 by rM1TE0WVDIIY
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +14 Kittylucky 2026-08-27 15/750 2026-09-02 19:35 by liumei0601
[基金申请] 科研人应该花精力去思考如何解决问题,而不是去凝练问题 +7 瞬息宇宙 2026-09-01 14/700 2026-09-02 17:33 by ma0526
[基金申请] 要骂人了,新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西,结果有个评委还在说凝练得不够 +9 瞬息宇宙 2026-08-31 17/850 2026-09-02 14:04 by anjeeshine
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 10/500 2026-09-02 11:35 by 大不刘6
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗? +5 瞬息宇宙 2026-08-31 5/250 2026-09-02 10:13 by 雨冰共舞
[基金申请] 面上函评意见出来了,像什么等级? 20+4 Tsingking1 2026-08-27 17/850 2026-09-01 19:51 by 超级无敌华子
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉? +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
信息提示
请填处理意见