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chendarid0

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】关于荧光定量PCR中cdna合成的问题 已有7人参与

各位高手请指点啊 ,小弟在此谢过了
我是做荧光定量pcr的 在其上游步骤cdna合成中 我用primescript 1st strand cdna synthesis kit 时得到的cdna用内参引物β-actin进行半定量pcr鉴定结果发现目的条带比较淡,但无其他杂带。但是我用他们公司推荐的专门用于荧光定量pcr的可以去除基因组dna污染的试剂盒primescript RT reagent kit with gDNA eraser时可以得到目的条带比较亮,但是却有小于100bp的引物二聚体,呈弥散雾状分布在下方,听师姐说cdna合成后是需要基因组dna的去除的,请问各位高手这是怎么回事
谢谢
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三人行必有我师
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chendarid0

银虫 (初入文坛)

请高手回复啊 ,不然我这帖子就石沉大海了啊

请高手指点啊 不然我这帖子就石沉大海了啊
三人行必有我师
2楼2010-11-02 08:59:13
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taigongzaici

新虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
听师姐说cdna合成后是需要基因组dna的去除的
那是必须的
3楼2010-11-02 09:36:04
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silicare

荣誉版主 (文坛精英)

合伙创业版兼职版主

优秀版主


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
有基因组存在,定量就不准了
4楼2010-11-02 12:36:49
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chendarid0

银虫 (初入文坛)

谢谢你的回复 我再试试吧

引用回帖:
Originally posted by silicare at 2010-11-02 12:36:49:
有基因组存在,定量就不准了

谢谢你的回复 我再尝试下啊
三人行必有我师
5楼2010-11-03 09:59:02
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tsq0126

金虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):鼓励交流。 2010-11-04 11:06:12
那可以在反转录之前用DNA酶消化一下,或者现在TAKARA公司也有专门的反转录试剂盒,本身就含有DNA酶,反转录的同时也把基因组DNA消化啦,很简单的,一起才以前一千钱左右。
6楼2010-11-04 09:38:06
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zhwenxing

木虫 (著名写手)

尛森蟲


silicare(金币+1):谢谢参与 2010-11-04 11:57:21
1、严格的提取RNA是最关键的一步,如果有条件就上Qiagen的盒子或者用Trizol等自己按照方法提取。

2、良好的总RNA,如果需要,可以纯化,获取mRNA,纯化的柱子好坏有差异,一般一分钱一分货。

3、可参考一下 fermentas的revert Aid系列的反转录酶,选择适合你的种类。

4、反转录后的效率测定,一定注意严格定量哦!引物的合成,请采用色谱级别。稀释时注意均匀。

5、实时定量的反应条件确定吗?管子等都得考虑上乘的质量哈。
7楼2010-11-04 11:19:06
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chendarid0

银虫 (初入文坛)

我有这试剂盒 但有问题

引用回帖:
Originally posted by tsq0126 at 2010-11-04 09:38:06:
那可以在反转录之前用DNA酶消化一下,或者现在TAKARA公司也有专门的反转录试剂盒,本身就含有DNA酶,反转录的同时也把基因组DNA消化啦,很简单的,一起才以前一千钱左右。

我有这种可以去除基因组DNA的primerscript RT reagent kit with gDNA eraser(perfect real time)的专门为荧光定量的试剂盒,可是得到的CDNA进行以内参基因β-actin为引物pcr扩增时出现非特异性扩增。以前用那种不含基因组DNA去除的普通试剂盒primerscript 1st strand cdna synthesis kit 时反而没有非特异性扩增,这是怎么回事呢? 我是想用去除基因组DNA的primerscript RT reagent kit with gDNA eraser(perfect real time)的专门为荧光定量的试剂盒,怎样才能避免非特异性扩增呢?
非特异性扩增一般在目的条带下面呈雾状团簇状分布,有点像云朵,也有小于100bp的引物二聚体。
请各位高手指点一二,小弟不胜感激!
三人行必有我师
8楼2010-11-05 09:51:02
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chendarid0

银虫 (初入文坛)

谢谢你的回复

引用回帖:
Originally posted by zhwenxing at 2010-11-04 11:19:06:
1、严格的提取RNA是最关键的一步,如果有条件就上Qiagen的盒子或者用Trizol等自己按照方法提取。

2、良好的总RNA,如果需要,可以纯化,获取mRNA,纯化的柱子好坏有差异,一般一分钱一分货。

3、可参考一下 ...

谢谢这位高人的指点,谢谢
三人行必有我师
9楼2010-11-05 09:52:21
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chendarid0

银虫 (初入文坛)

谢谢你的回复

引用回帖:
Originally posted by silicare at 2010-11-02 12:36:49:
有基因组存在,定量就不准了

谢谢你的回复啊!
三人行必有我师
10楼2010-11-05 09:53:35
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