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gtolv8688

铜虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】如何对CCDC下载的晶体结构理论加氢已有1人参与

我是做MOF吸附的，从CCDC中下载了MOF-9的cif文件，导入到MS中发现没有加氢。我在小木虫上搜索了一下，好像用Xshell可以理论加氢，我下载了Xshell6.3.1并导入了cif文件，结果发现只显示一个原子，右键Show all atoms也不管用。我又重新从CCDC中导出了res文件，这次看到了一个很乱的结构，键连得乱七八糟的。右键选择加氢，结果加完更乱了。请教熟悉晶体解析的高手们我要怎么做才能正确地为我的结构加上氢啊？有没有加化学键的命令啊？

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Livewithproblem！

1楼2010-10-29 16:34:48

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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

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引用回帖:

Originally posted by gtolv8688 at 2010-10-30 16:47:55:
再请问xi老师一下，我把res文件导入xshell中以后，加上氢了，我看一些关于加氢的资料说加氢以后需要精修和检查，我点refine之后弹出一个对话框说却hkl文件，这个要怎么处理呢？如何精修和检查氢加的对不对呢？而且 ...

文献上的结构，没有.hkl，哪能精修？

再者，理论加氢，既然是理论性的，理想化的，为何要精修？

你下载他的结构，只是为了研究一下结构吧，精修是不必要的。氢加得对不对，看它合理否就知道了。
Yaghi的这个结构，似乎有一个中间偶氮部分有点问题，好像C-N太长了。所以不连了。另外，溶分子也无序。所以看起来就不好看了。