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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】如何作16S rDNA聚类/进化图？
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aloon111

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】如何作16S rDNA聚类/进化图？ 已有7人参与

看文献的聚类分析图，不知道是如何作出来的？还有上面的数字是怎么标上去的？有序列，有软件，但我就是做不出那个样子的图来。如《番茄叶霉菌拮抗放线菌的筛选、鉴定及发酵条件研究》这篇文章里的聚类分析图，请问大虾们这图是怎么做出来的。先谢谢大家了。
这个是如下：
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汇天下之贤
1楼 2010-10-27 13:39:54
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献
数字不是标上去的大哥，数字是利用N-J法构树的时候自动生成的，其意义类似于置信区间这样的一个概念，往往50%以下的部分都不要的。
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The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
2楼2010-10-27 13:54:36
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aloon111

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by brightfuture01 at 2010-10-27 13:54:36:
数字不是标上去的大哥，数字是利用N-J法构树的时候自动生成的，其意义类似于置信区间这样的一个概念，往往50%以下的部分都不要的。

兄弟，会做的话步骤怎么做的啊？谢谢啦。。
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汇天下之贤
3楼2010-10-27 13:59:20
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献
★
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。。。。。。。网上教程很多的，自己找下吧，还是图文教程。我习惯用MEGA 4.0 做系统发育树的图。。。。。。自己先试试看。
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The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
4楼2010-10-27 14:01:37
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minfeng0608

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
PHYLIP，MEGA4.0都可以的，那些数字是自举1000次以后生成的，是置信区间，一般大于50%的可信。。。
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5楼2010-11-17 21:14:52
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xxh6166

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
是啊，挺简单的，我刚做过
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6楼2010-11-21 10:12:42
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gjs713

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
用 几个软件结合起来做 效果挺好的。
先用 DNAMAN比对 修饰序列后，在用CLUSTER生成序列文件，最后在MEGA中生成系统树。你所说的数字 并不是自己标上去的，而是 在MEGA中自举检验你所做的系统树的置信度后所反映的值。
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勤奋、执着、专注，则无坚不破。
7楼2010-11-21 10:23:08
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小新jiayang

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by brightfuture01 at 2010-10-27 13:54:36:
数字不是标上去的大哥，数字是利用N-J法构树的时候自动生成的，其意义类似于置信区间这样的一个概念，往往50%以下的部分都不要的。

用MEGA软件建树时使用Bootstrap检验，可生成打分
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8楼2010-11-23 13:28:40
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黑藻先生

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1523432楼: Originally posted by brightfuture01 at 2010-10-27 13:54:36
数字不是标上去的大哥，数字是利用N-J法构树的时候自动生成的，其意义类似于置信区间这样的一个概念，往往50%以下的部分都不要的。

我跟导师商量的怎么觉得75%以上的才可信 也就是说50%太少了点=。=
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9楼2012-11-09 11:24:07
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