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ice_rain

铁杆木虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】关于vasp进行分子动力学模拟的求助

我对分子动力学一点也不了解，就想模拟一下氧化表面小分子的动力学行为。（不知道表述清楚不）遇到问题如下
1.POSCAR 中加上Selective dynamics，除了标记是做动力学模拟之外，是否有固定原子的作用。
2.由于是氧化表面，分子的吸附对表面影响不是很大，如果能固定个别原子，是否能只让吸附分子进行优化。或者让一个top layer也relax
3.关于模拟时间的问题，我没有做过动力学模拟的测试，一般的100多个原子的体系，1000步，动力学要用多少时间（CPU时间）（问题很弱，主要权衡时间和效果，有没有必要进行计算）。关于模拟体系的时间问题，如果是水分子，大约多少ps合适，或者多少步合适。
目前想到这些问题。谢谢大家的帮助。

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1楼 2010-10-22 10:46:32

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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

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★ ★ ★
bingmou(金币+3):感谢侯老师 2010-10-27 16:33:15
ice_rain(金币+5):侯老师太牛了。谢谢指导 2010-10-27 22:19:01

做MD之前，先要弄清楚，你想要研究或想了解的是什么问题。就你提到的“氧化表面小分子的动力学行为”，如果要进行分子动力学的模拟，需要做constraint MD 或restarint MD，前者是直接固定某些自由度并通过shake算法来实现，而后者通过加入某些限制的potential来限制自由度，这两者在当前版本的vasp中都没有实现。你可以改用CPMD里面的cpmd分子动力学，以及quantum-esspresso里面的pw.x模块里面基于BOMD的分子动力学，或cp.x模块基于cpmd分子动力学模拟。