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cheilove

禁虫 (正式写手)
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1楼 2010-10-20 01:55:48
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364602sanwen

金虫 (正式写手)

有网站地址么？

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
韩国有一家网站，整理了Genbank里所有的16S rDNA,然后进行系统命名，我们都知道如果想知道一个细菌是那个种，必须要知道16S.换句话说你拿到你的菌株16S 就可以去他的网站比对了。

有网站地址么？
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9楼2010-11-05 14:44:43
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taigongzaici

新虫 (小有名气)
生物信息学可是大牛啊。好好学吧，
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2楼2010-10-20 08:28:13
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reasonspare

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+5):很好，很详细 2010-10-20 09:19:46
引用回帖:
Originally posted by cheilove at 2010-10-20 01:55:48:
老师是做马铃薯生物技术的。说既然我计算机比较好，就建议我做马铃薯（主要材料）的生物信息学，可以不做实验，我了个晕，编程，测序？我问那这方向以后干嘛啊。他说可以转向计算机软件，可以搞药物开发啊。我…。 ...

建议搂主，回头好好的补一补 生物信息学，不管你作为不作为你的主打方向，都是有好处的：

生物信息学，是一个很系统的东西，也是一个很有用的东西。除了每天去genbank，意外你还要多事情要做：
我只给你举些常见的例子：
模型分析型：好多国内外优秀生物学服务器，都是基于自己的一个模型（可能是一个很小的SCI paper）发展成为学界大牛 （PFAM: http://pfam.sanger.ac.uk/search. 模型：hidden Markov models （HMMs））通过对部分一致基因的分析，就能拿到保守位点，从而对未知基因进行功能预测: 尤其是基因家族。其他的保守位点分析如：MEME,

大小通吃型：就如Genbank,Uniprot 就属于这种性质，想象一下全世界所有人的测序结果都要提交那里。如果你想知道你的基因是否有人研究过，也要到那里进行比较。其意义我就不说。

专业性：就如MASCOT, KEGG.我就业不多说了

拣便宜型：现在如果建立一个genbank第二，已经是没有意义的事情了，所以许多人开始捡便宜，我就给你举个例子（实际情况可能有误差） :韩国有一家网站，整理了Genbank里所有的16S rDNA,然后进行系统命名，我们都知道如果想知道一个细菌是那个种，必须要知道16S.换句话说你拿到你的菌株16S 就可以去他的网站比对了。哈哈，很简单不是吗。



编程 搂住看了不要晕：你不要想想象windows的那种大程序，动不动上万页纸。
比如从Genbank拿ABC transporter或任何逆向分析的基因家族来说吧：一小段代码：绝对不超过一页纸，就能让你拿到所有生物的基因。如果稍微补充一下代码（几句话），就能让你的代码每天/月去扫描一遍Genbank，如果有人提交到了genbank，你这里也能得到更新。这就是生物学。

当然我之举了一个例子，而且相当狭义，
生物学信息学的东西很多那。

就拿到你提到的药物卡发来说：
说神秘一点也不神秘：
比如你想开发一个针对马铃薯的除草剂。你手头上有个除草剂挺好，就是把马铃薯也搞死了。 你要研究一个新药物，能除草但是不能杀马铃薯。
于是你了解这个除草剂的成分，功能，靶蛋白（大多数除草剂都有靶蛋白如GABA）,当然你就能找到马铃薯的这个蛋白的序列。通过蛋白质建模工具，你就知道药物和蛋白的结合位点。通过调节药物的空间结构，比如添加一个羟基，增加一个苯环，使得该药物对马铃薯不是很敏感，这样你就目的就达到了，找个人合成这个化学物质，拿马铃薯试一试，效果不错，申请专利，效果不好，发表文章，效果很差，重新再来。
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大慈大悲观世音救苦救难观世音有求必应观世音普渡众生观世音千手千眼观世音官大敢管观世音无处不在观世音普观普长观世音南无观世音菩萨
3楼2010-10-20 09:02:21
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cheilove

禁虫 (正式写手)
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4楼2010-10-20 11:30:24
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