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maoalbert

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助】nvt中速度一直增大 已有2人参与

各位大虫:
    小虫遇到了困难,我用Fortran编写MD模拟时,我发现速度一直增大,似乎没有收敛的趋势,请问这是没有达到平衡的缘故么?不知道一般要什么时候达到平衡!敬请讨论!谢谢!
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老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5, 模拟EPI+1):谢谢,精彩回答。 2010-10-20 15:02:59
你写程序是自己用还是只是为了学习?
如果是自己使用,我以前也说过,不鼓励初学者自己编程。MD程序如果不是很通用的那种,则一般来说不能算是很大型的程序,但是即使写一个并非很大型的完整的MD程序,实际上的任务量也相当可观,需要较多的技巧,以及对MD原理比较深入的理解。一时间是不容易完成的。而且对于分子模拟工作者来说,重要的是模拟思想,是相关的物理学、化学知识,而不是编程技巧,在编程上费力,我个人认为划不着。而且现在成熟通用的MD程序很多,大多数是免费的。如果有那个精力的话,建议初学者放在MD结果辅助分析程序的编写上。
初学者为了掌握MD的思想和基本方法、基本步骤,学编一些MD小程序也是可以的。这方面是有一些教程的,也有一些小型的参考程序,比如《分子模拟——从算法到应用》一书,比如《液体的计算机模拟》一书的附录程序等,其它也有不少。如果能读懂这些示例程序,对MD模拟的认识会加深许多。
当然,以上主要是对研究生而言,毕竟研究生的工作是有时间限制的。如果你是老师或者科研人员,在已经具备相当的基础的情况下,又有时间和精力,要编一些MD程序,供自己和别人使用,那倒是应该提倡的,毕竟我们有自主知识产权的计算软件还相当少。

[ Last edited by 老虎大王 on 2010-10-20 at 08:11 ]
4楼2010-10-20 08:04:34
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老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-10-19 16:40:39
速度一直增大,这就很难说了。原因可能如下:
1. 起始构型有问题。
2. 势函数有问题。
3. 程序的控温方法有问题。
4. 程序的其它错误。
2楼2010-10-19 16:23:35
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maoalbert

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-10-19 16:23:35:
速度一直增大,这就很难说了。原因可能如下:
1. 起始构型有问题。
2. 势函数有问题。
3. 程序的控温方法有问题。
4. 程序的其它错误。

起始构型,我是有规律摆放的,距离也不大,我是设为1的。
势函数应该也没什么问题,我是参考一篇文献照着做的。
控温方法,我用的是参考Berendsen heat bath algorithm,J chem phys (1984).pd f热浴的方法,不知道是否妥当。不知道用哪种控温方法好?请高手指点,谢谢!还有就是怎样才算是达到控温了?
其它的一些问题我就是在是不知道了,
哎!!我是刚学者自己编程的,所以有好多都不知道!
3楼2010-10-19 19:34:29
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maoalbert

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-10-20 08:04:34:
你写程序是自己用还是只是为了学习?
如果是自己使用,我以前也说过,不鼓励初学者自己编程。MD程序如果不是很通用的那种,则一般来说不能算是很大型的程序,但是即使写一个并非很大型的完整的MD程序,实际上的任 ...

多谢您的提点,多有受教!您不妨推荐一个好用的软件,能做粗粒化的MD就可以了!谢谢!我这也是老板让写的!哎!
5楼2010-10-20 09:41:52
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