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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】关于16srRNA菌种鉴定问题
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coolairen

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】关于16srRNA菌种鉴定问题 已有3人参与

第一次发帖，好紧张

    自己筛了一株细菌，对其进行了诱变，拿到北京一个民营的菌种鉴定中心进行16srRNA的鉴定，结果出来后，去NCBI进行比对，发现诱变前后两株菌不是一个种，本来是想比较诱变前后基因序列的变化，现在显示竟然不是一株菌，心里那个凉啊。
    我对分子生物学不是很懂，在这里请教一下高手：对细菌进行诱变后，会使细菌的种属发生改变吗？我还怀疑是不是鉴定中心的人给搞错了，他们说比对的时候减去前面的50个碱基和后面150个碱基，我不明白是什么意思？是不是前面50个碱基里有引物片段，不准确？

   请高手指点。多谢了
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1楼 2010-10-16 11:07:05
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
大哥们，是16S rRNA gene。。测序也是测DNA啊，都做微生物的要专业点。。。
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14楼2014-03-10 13:06:52
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天龙n部

金虫 (小有名气)
★
coolairen(金币+1):谢谢参与
silicare:pfu 2010-10-16 15:06:28
coolairen(金币+1):谢谢，多明白了一些。16s不是我自己做的，北京的这家公司做的。PCR具体用的什么东西我不知道，也不是很懂，这个我要问问这家公司 2010-10-16 18:10:46
16s是你自己做的吗（我指基因操作）？前面和后面切点式为了切掉通用引物片段。一般诱变种属不会变。你PCR用的是puf酶吗？测序的一半都用高保真的酶的。还有你想比较诱变后基因的变化，也不是比较16s啊16s还是很保守序列啊。
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2楼2010-10-16 14:19:59
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stliimoon

金虫 (小有名气)
★ ★
coolairen(金币+1):谢谢参与
dhd997(金币+1):谢谢交流。 2010-10-16 14:50:34
实在是不明白你做过诱变后，去做16sRNA鉴定是做什么用的，16sRNA是用来鉴定菌种的，你要是不知道你的菌是什么种属，才去做菌种鉴定，你这都知道是什么菌了，去做什么啊，先不管你做的成功不成功，你这方法有点问题吧。
其次，你诱变后是用来做什么的，你先看诱变后对你要的东西有没有变，要是变了再找寻相关的基因序列和蛋白表达等的变化。
你原来的菌种已经已知种属了吗？要是已知的或是鉴定过，那么有可能是聚合酶的问题或提基因组时养菌染菌了。要是没有明确鉴定过，请确认一下通用引物是不是有什么问题。
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3楼2010-10-16 14:42:55
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silicare

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合伙创业版兼职版主

优秀版主
★
coolairen(金币+1):谢谢参与
眼前的证据表明，你的菌可能被污染了
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4楼2010-10-16 15:06:49
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