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gleerat

木虫 (正式写手)

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[交流] 【求助成功】晶格优化的结果很诡异已有4人参与

我用侯柱峰在《VASP使用指南入门》中的“复杂的情况，以六角结构Mg的晶格常数为例”做的结构优化，不论我取值范围是多少，计算得到的能量在我取值范围内都是单调增的（所以每一次更换取值范围时，用murn得到的“平衡体积”对应的晶格轴参数都不一样）。我用的run_cell文件：

引用回帖:

#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 11.314 11.414 11. 514 11.614 11.714 11.814 11.914 12.014
do
cat > POSCAR < System = CaFe2As2 afm-opt
  1.0000000000000000
$i 0.0000000000000000 0.0000000000000000
   0.0000000000000000 5.4501999999999997 0.0000000000000000
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4 8 8
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  0.0000000000000000 -0.0000000000000000 -0.0000000000000000
  0.0000000000000000  0.5000000000000000  0.5000000000000000
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  0.3608571367508424  0.5000000000000000  0.5000000000000000
  0.8608571367508423 -0.0000000000000000  0.5000000000000000
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  0.6391428632491577 -0.0000000000000000  0.0000000000000000
  0.6391428632491577  0.5000000000000000  0.5000000000000000
  0.1391428632491576  0.0000000000000000  0.5000000000000000
  0.1391428632491576  0.5000000000000000  0.0000000000000000
!
cp INCAR.relax INCAR ; cp KPOINTS.relax KPOINTS
echo "c= $i Full Relaxtion"
/home/software/openmpi-1.2.2-intel9/bin/mpirun -np 4 /home/bin/vasp.openmpi
cp OUTCAR OUTCAR.relax ; cp OSZICAR OSZICAR.relax
cp CONTCAR POSCAR ; cp INCAR.static INCAR ; cp KPOINTS.static KPOINTS
echo "c= $i Static Selfconsistent"
/home/software/openmpi-1.2.2-intel9/bin/mpirun -np 4 /home/bin/vasp.openmpi
cp OSZICAR OSZICAR.static ; cp OUTCAR OUTCAR.static
cp INCAR.nsc INCAR ; cp KPOINTS.nsc KPOINTS
echo "c= $i Non-Selfconsistent"
/home/software/openmpi-1.2.2-intel9/bin/mpirun -np 4 /home/bin/vasp.openmpi
cp OUTCAR "c=$i_OUTCAR"
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'`
V=`grep "volume" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.4f \n", $5 }'`
echo $i $V $E >>EtVo.dat
echo $i $E >>murn.in
done

这是INCAR.relaxtion：

引用回帖:

System = CaFe2As2 afm1-opt
PREC = Accurate
ISPIN = 2
MAGMOM = 4*0 3 3 -3 -3 3 -3 -3 3 8*0
ISMEAR = 1
SIGMA = 0.20
ISTART = 0
EDIFF = 1E-5
EDIFFG = -1E-3
ICHARG = 2
ENCUT = 300
NSW = 60
IBRION = 2
ISIF = 5
POTIM = 0.2
LORBIT = 11

LREAL = Auto
LPLANE = .TRUE.
LSCALU = .FALSE.
NPAR = 4
NSIM = 4

我用ISIF=3做的自由驰豫得到的结果也是不一样的。（由于使用的原本就是实验值，所以ISIF=3貌似还是比较接近的，晶胞的三个轴没有变化，只是原子位置稍有变化）

引用回帖:

System = CaFe2As2 afm-opt
1.00000000000000
11.6639999999999997 0.0000000000000000 0.0000000000000000
   0.0000000000000000 5.4501999999999997 0.0000000000000000
   0.0000000000000000 0.0000000000000000 5.5061999999999998
4 8 8
Direct
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.0000000000000000
  0.0000000000000000  0.5000000000000000  0.5000000000000000
  0.5000000000000000  0.0000000000000000  0.5000000000000000
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.0000000000000000
  0.2500000000000000  0.2500000000000000  0.2500000000000000
  0.7500000000000000  0.7500000000000000  0.2500000000000000
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  0.7500000000000000  0.7500000000000000  0.7500000000000000
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  0.2500000000000000  0.2500000000000000  0.7500000000000000
  0.3542866275378103  0.0000000000000000  0.0000000000000000
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  0.1457133724621897  0.0000000000000000  0.5000000000000000
  0.1457133724621897  0.5000000000000000  0.0000000000000000

但是侯本人在http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2299924说：

引用回帖:

弄这个run_cell的东西，主要是为了得到E-V曲线，然后通过状态方程拟合得到平衡体积和体弹性模量。如果你只想得到平衡体积以及相应的晶格常数和原子位置，直接ISIF=3做fully optimization就可以了。

用run_cell做的优化应该跟ISIF的结果是一样的，但是我的结果明显不一样，请大家帮忙分析一下原因。

[ Last edited by gleerat on 2010-11-13 at 13:05 ]

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明察、慎思、笃行

1楼2010-10-04 11:09:34

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valenhou001

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ym23(金币+2):欢迎常来交流 2010-10-12 09:28:23

你计算的体系，晶格常数有三个变量(a,b,c，即它们是不等的),另外还有原子的位置需要优化。因此为了得到状态曲线，需采用ISIF=4对一系列体积点进行固定体积的变原胞形状以及原子位置的优化。因此做run_cell脚本里面做relaxation时的输入文件可设置为：
System = CaFe2As2 afm1-opt
PREC = Accurate
ISPIN = 2
MAGMOM = 4*0 3 3 -3 -3 3 -3 -3 3 8*0
ISMEAR = 1
SIGMA = 0.20
ISTART = 0
EDIFF = 1E-5
EDIFFG = -1E-3
ICHARG = 2
ENCUT = 300
NSW = 60
IBRION = 2
ISIF = 4
POTIM = 0.2
#LORBIT = 11

LREAL = Auto
#LPLANE = .TRUE.
#LSCALU = .FALSE.
#PAR = 4
#SIM = 4

在特到了一些体积点对应的总能，及 V----E的数据点，采用状态方程拟合后，得到平衡体积，再采用run_cell里面的初始b和c（这里假定run_cell里面的循环变量是对晶格常数a的）由V_0 = a*b*c得到这个平衡体积下 a, ，然后再做一次ISIF=4固定体积，变原胞和优化原子位置的结构优化。

原来的例子中是对六角晶体的Mg进行计算，该体系只需要优化晶格形状就可以了，不需要优化原子位置，因此可以采用ISIF=5。

你贴出来的结果显示，平衡体积还在303.1000的值以下，还得做一些体积值比303.1000小的体积的计算。

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anatta1

8楼2010-10-05 22:06:37

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valenhou001

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zxzj05(金币+1):奖励回帖交流，谢谢！ 2010-10-04 22:03:49

两种方式得到的结果不能完全一样，存在很小且可忽略的差别是可以理解和接受的。

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2楼2010-10-04 18:17:48

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bingmou(金币+1):感谢指出！ 2010-10-05 10:15:13

引用回帖:

Originally posted by gleerat at 2010-10-04 11:09:34:
我用侯柱峰在《VASP使用指南入门》中的“复杂的情况，以六角结构Mg的晶格常数为例”做的结构优化，不论我取值范围是多少，计算得到的能量在我取值范围内都是单调增的（所以每一次更换取值范围时，用murn得到的“平 ...

很明显你的INCAR.relaxation中的设置有问题，里面设置的只是做总能的计算(也就是静态计算)，没有设置任何与结构优化相关的参数。

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3楼2010-10-04 18:20:33

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ym23(金币+1):欢迎常来交流 2010-10-12 09:28:03

引用回帖:

Originally posted by valenhou001 at 2010-10-04 18:20:33:

很明显你的INCAR.relaxation中的设置有问题，里面设置的只是做总能的计算(也就是静态计算)，没有设置任何与结构优化相关的参数。

不好意思，我把INCAR.static当成INCAR.relaxtion贴过来了。原文我已经改过来了

引用回帖:

我基本上是直接复制您的内容做的输入文件，我把我做结构优化的文件放在纳米盘中了，如果您有疑问可以看看。谢谢http://d.namipan.com/d/e829bc715 ... 9260a993315b2030300

[ Last edited by gleerat on 2010-10-4 at 19:22 ]

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明察、慎思、笃行

4楼2010-10-04 19:05:42

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