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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】vasp作业提交脚本
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dingfengbo

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助】vasp作业提交脚本 已有4人参与

vasp中作业提交的脚本程序.pbs文件如下：
JOBINFOR=$PBS_JOBID
MASTERNODE=`hostname`
SCRATCHDIR=$PBS_JOBID
NCPU=`wc -l < $PBS_NODEFILE`

SERVER=$PBS_O_HOST
WORKDIR=$PBS_O_WORKDIR
MKDIR=/bin/mkdir
RSH=/usr/bin/rsh
CP=/bin/cp
cat $PBS_NODEFILE > $WORKDIR/mpihosts
#LAUNCH="/opt/pgi/7.11/linux86-64/7.1/mpi/openmpi/bin/mpirun --hostfile  $WORKDIR/mpihosts -np $NCPU"
LAUNCH="mpirun --hostfile  $WORKDIR/mpihosts -np $NCPU"
PROGRAMEXEC="./run"
#PROGRAMEXEC="/opt/vasp/vasp_pgi"
中红色显示的命令是什么意思？是用什么语言来编写的呢？希望会的能帮忙指点一下！谢谢

[ Last edited by dingfengbo on 2010-10-3 at 19:05 ]
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1楼 2010-10-03 19:04:15
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bingmou

金虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
cenwanglai(金币+1):谢谢回复！ 2010-10-07 11:24:12
PBS是一个作业提交软件，脚本的作用就是告诉这个软件如何对提交的人物分配CPU和权限。
所有人用一个脚本也是可以的
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5楼2010-10-05 20:08:04
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bingmou

金虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zxzj05(金币+1):奖励一下 2010-10-05 17:04:52
这就是专门的PBS脚本，其实仔细看看就明白了。
LAUNCH就是PROGRAMEXE启动的方式，mpirun调用hostfile和申请$NCPU个CPU，而run是真正启动的程序。
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3楼2010-10-03 22:02:32
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dingfengbo

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bingmou at 2010-10-03 22:02:32:
这就是专门的PBS脚本，其实仔细看看就明白了。
LAUNCH就是PROGRAMEXE启动的方式，mpirun调用hostfile和申请$NCPU个CPU，而run是真正启动的程序。

谢谢
另外还想请教一下PBS脚本编写用的是哪一种计算机语言？我们的是并行计算，我的帐号和其他的帐号能共用一个作业提交脚本吗？如果不能应该改什么地方呢？刚学对很多地方都不懂！烦请指教！谢谢
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4楼2010-10-05 11:14:54
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锐利的碎片

木虫 (正式写手)

star watcher
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
bingmou(金币+1):感谢指出！ 2010-10-06 09:59:01
PBS只影响计算资源分配，就是以脚本开头用#PBS开头的几个参数，其余的就是普通的shell脚本了。
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6楼2010-10-05 21:14:53
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