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wang-lf09木虫 (小有名气)
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[交流]
【求助】单机四核并行效率怎么这么低？ 已有9人参与
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小虫单机四核并行运算，总共50个原子，但一个晚上都没算完(9个小时吧)，内存占用不少，但cpu的效率很低，50%都不到，有的核好像就没在运算，只有百分之几。请问大侠这是怎么回事？软件哪个地方出了问题？下面是终端输出，烦请指点。单机四核并行效率好的话，一般都能算多少原子的体系？随便什么意见，恳请多发表下啊，谢谢啦！ libibverbs: Warning: RLIMIT_MEMLOCK is 32768 bytes. This will severely limit memory regilibibverbs: Warning: RLIMIT_MEMLOCK is 32768 bytes. This will severely limit memory registrations. libibverbs: Warning: RLIMIT_MEMLOCK is 32768 bytes. This will severely limit memory registrations. -------------------------------------------------------------------------- [[5695,1],1]: A high-performance Open MPI point-to-point messaging module was unable to find any relevant network interfaces: Module: OpenFabrics (openib) Host: localhost.localdomain Another transport will be used instead, although this may result in lower performance. -------------------------------------------------------------------------- running on 4 nodes distr: one band on 1 nodes, 4 groups vasp.4.6.36 17Feb09 complex POSCAR found : 1 types and 50 ions LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation ----------------------------------------------------------------------------- | | | W W AA RRRRR N N II N N GGGG !!! | | W W A A R R NN N II NN N G G !!! | | W W A A R R N N N II N N N G !!! | | W WW W AAAAAA RRRRR N N N II N N N G GGG ! | | WW WW A A R R N NN II N NN G G | | W W A A R R N N II N N GGGG !!! | | | | Your FFT grids (NGX,NGY,NGZ) are not sufficient for an accurate | | calculation. | | The results might be wrong | | good settings for NGX NGY and NGZ are | | 31 31 and 31 | | Mind: This setting results in a small but reasonable wrap around error | | It is also necessary to adjust these values to the FFT routines you use| | | ----------------------------------------------------------------------------- POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup WARNING: wrap around errors must be expected [localhost.localdomain:07887] 3 more processes have sent help message help-mpi-btl-base.txt / btl:no-nics [localhost.localdomain:07887] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages FFT: planning ... 1 reading WAVECAR entering main loop N E dE d eps ncg rms rms(c) |
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