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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】动力学模拟中溶剂的选择
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jinguolian

木虫 (正式写手)

硕士

[交流] 【求助】动力学模拟中溶剂的选择

在做动力学模拟时，分子不溶于水，结束时分子跑到水相外面去了，想换其他溶剂，但不中的怎么换，那为大侠帮帮忙解决下，谢谢。
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人生如戏
1楼 2010-09-23 22:02:30
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4):谢谢 2010-09-29 15:46:28
引用回帖:
Originally posted by jinguolian at 2010-09-23 22:02:30:
在做动力学模拟时，分子不溶于水，结束时分子跑到水相外面去了，想换其他溶剂，但不中的怎么换，那为大侠帮帮忙解决下，谢谢。

1.如果你的分子不溶于水，做在水中的分子动力学模拟的意义何在？
2.很多情况下，是因为你在进行分子动力学模拟没有设置周期性边界条件才跑到水相外面去的，而不是你说的因为不溶于水。
3.如果你要换溶剂，根据不同的分子动力学模拟软件有不同的方法
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2楼2010-09-23 22:49:07
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虬龙天翔

银虫 (小有名气)
奥，回答的很有道理，受益匪浅。
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3楼2010-09-24 09:07:05
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jinguolian

木虫 (正式写手)

硕士
1楼的能不能告诉我具体的设置方法？
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人生如戏
4楼2010-09-24 10:14:41
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-09-29 15:46:36
引用回帖:
Originally posted by jinguolian at 2010-09-24 10:14:41:
1楼的能不能告诉我具体的设置方法？

楼主能告诉你的软件吗？汗
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5楼2010-09-24 21:19:45
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jinguolian

木虫 (正式写手)

硕士
ds做的动力学
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人生如戏
6楼2010-09-25 08:23:10
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-09-29 15:46:43
引用回帖:
Originally posted by jinguolian at 2010-09-25 08:23:10:
ds做的动力学

商业软件我都没用过。不过这种软件的教程对周期性边界条件的设置应该有说明的吧~你可以先确认一下你设没设边界条件啊~
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7楼2010-09-25 08:43:50
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